PDB-2hf6: Solution structure of human zeta-COP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2hf6

タイトル

Solution structure of human zeta-COP

要素

Coatomer subunit zeta-1

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / COP I

機能・相同性

機能・相同性情報

COPI vesicle coat / intra-Golgi vesicle-mediated transport / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / transport vesicle / COPI-mediated anterograde transport / intracellular protein transport / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing

データ登録者

Yu, W. / Jin, C. / Xia, B.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Solution structure of human zeta-COP: direct evidences for structural similarity between COP I and clathrin-adaptor coats
著者: Yu, W. / Lin, J. / Jin, C. / Xia, B.

履歴

登録	2006年6月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2011年11月30日	Group: Database references
改定 1.4	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2hf6.cif.gz	929.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2hf6.ent.gz	789.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2hf6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2hf6_validation.pdf.gz	354 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2hf6_full_validation.pdf.gz	445.1 KB	表示
XML形式データ	2hf6_validation.xml.gz	52.2 KB	表示
CIF形式データ	2hf6_validation.cif.gz	69.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/2hf6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/2hf6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2f2d-d 6pbs-5 6pbs-11 9ant-1 6pbs-8 5jlx-2 2cxl-d 4j2j-1 9ant-2 1w90-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (5) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #64 - 2005年4月キネシン (Kinesin) 類似性 (1) #14 - 2001年2月インスリン (Insulin) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Coatomer subunit zeta-1

17 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Coatomer subunit zeta-1 / Zeta-1 coat protein / Zeta-1 COP / zeta-COP 分子量: 17049.582 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-149 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COPZ1, COPZ / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: P61923

#1: タンパク質

Coatomer subunit zeta-1 / Zeta-1 coat protein / Zeta-1 COP / zeta-COP

分子量: 17049.582 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-149 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COPZ1, COPZ / プラスミド: pET24a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: P61923

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	HN(CA)CB,CBCA(CO)NH
1	2	1	HNCO,HN(CA)CO
1	3	1	HC(C)H COSY
1	4	1	HC(C)H TOCSY
1	5	1	3D 13C-separated NOESY
1	6	1	3D 15N-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1.5mM zeta-COP, 20mM Potassium phosphate (pH 7.0), 50mM NaCl, 1mM EDTA , 20mM DTT, 10mM PMSF, 0.01% sodium azide, 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	800	1
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	600	2
Bruker DRX	Bruker	DRX	600	3

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
NMRPipe	cyana 2.0	F. Delaglio, S. Grzesiek, G. W. Vuister, G. Zhu, J. Pfeifer and A. Bax	解析
NMRView	5	B. A. Johnson and R. A. Blevins	データ解析
DIANA	cyana2.0	Guntert, P., Mumenthaler, C. & W thrich, K	構造決定
Amber	7	David A. Case, et. al.	精密化
XwinNMR	3.5	Bruker	collection

精密化

手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: torsion angle dynamics performed by DYANA; simulated annealing performed by AMBER

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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