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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 2hf0 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Bifidobacterium longum bile salt hydrolase | ||||||
Components | Bile salt hydrolase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / alpha / beta | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationchenodeoxycholoyltaurine hydrolase / chenodeoxycholoyltaurine hydrolase activity / choloylglycine hydrolase activity / choloylglycine hydrolase / bile acid biosynthetic process / Hydrolases; Acting on carbon-nitrogen bonds, other than peptide bonds; In linear amides / Transferases; Acyltransferases; Transferring groups other than aminoacyl groups / peptidoglycan-based cell wall / transferase activity Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Bifidobacterium longum (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Suresh, C.G. / Kumar, R.S. / Brannigan, J.A. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2006Title: Structural and Functional Analysis of a Conjugated Bile Salt Hydrolase from Bifidobacterium longum Reveals an Evolutionary Relationship with Penicillin V Acylase. Authors: Kumar, R.S. / Brannigan, J.A. / Prabhune, A.A. / Pundle, A.V. / Dodson, G.G. / Dodson, E.J. / Suresh, C.G. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 2hf0.cif.gz | 140.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb2hf0.ent.gz | 113.2 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 2hf0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 2hf0_validation.pdf.gz | 414.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 2hf0_full_validation.pdf.gz | 436.8 KB | Display | |
| Data in XML | 2hf0_validation.xml.gz | 17.4 KB | Display | |
| Data in CIF | 2hf0_validation.cif.gz | 26.2 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/2hf0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/2hf0 | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ![]()
| ||||||||
| Unit cell |
| ||||||||
| Details | The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: -x+1, -y, z+3/2. |
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Components
| #1: Protein | Mass: 35054.781 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bifidobacterium longum (bacteria) / Gene: bsh / Plasmid: pET 26b / Species (production host): Escherichia coli / Production host: ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.47 Å3/Da / Density % sol: 64.58 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 303 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.1 Details: ammonium sulfate 30% w/v, 0.5 M sodium formate, sucrose (1M) 100ml, 40 uL of b-octyl glucosidase (0.50% w/v), pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: BM14 / Wavelength: 1.5148 Å |
| Detector | Detector: CCD / Date: Jan 30, 2004 |
| Radiation | Monochromator: Mirror / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.5148 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.25→107.211 Å / Num. all: 48000 / Num. obs: 46662 / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 |
| Reflection shell | Resolution: 2.25→2.3 Å / % possible all: 99 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 10.94 / SU ML: 0.138 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.21 / ESU R Free: 0.186 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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| Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 35.781 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→20 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Resolution: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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