PDB-2hez: Bifidobacterium longum bile salt hydrolase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2hez

タイトル

Bifidobacterium longum bile salt hydrolase

要素

Bile salt hydrolase

キーワード

HYDROLASE / alpha / beta

機能・相同性

機能・相同性情報

chenodeoxycholoyltaurine hydrolase / chenodeoxycholoyltaurine hydrolase activity / choloylglycine hydrolase activity / choloylglycine hydrolase / bile acid biosynthetic process / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / peptidoglycan-based cell wall / transferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Bifidobacterium longum (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Suresh, C.G. / Kumar, R.S. / Brannigan, J.A.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structural and Functional Analysis of a Conjugated Bile Salt Hydrolase from Bifidobacterium longum Reveals an Evolutionary Relationship with Penicillin V Acylase.
著者: Kumar, R.S. / Brannigan, J.A. / Prabhune, A.A. / Pundle, A.V. / Dodson, G.G. / Dodson, E.J. / Suresh, C.G.

履歴

登録	2006年6月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年9月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月5日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2hez.cif.gz	137.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2hez.ent.gz	108.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2hez.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2hez_validation.pdf.gz	457.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2hez_full_validation.pdf.gz	474.9 KB	表示
XML形式データ	2hez_validation.xml.gz	28.9 KB	表示
CIF形式データ	2hez_validation.cif.gz	40.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/2hez ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/2hez	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2hf0C 3pvaS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2hf0-1 2fmn-1 2rg2-1 1zpt-1 3fsu-1 3mji-d 2rf8-1 3fst-1 2oqc-1 4wl3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bile salt hydrolase

B: Bile salt hydrolase

ヘテロ分子

70.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bile salt hydrolase

B: Bile salt hydrolase

ヘテロ分子

A: Bile salt hydrolase

B: Bile salt hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
141 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	125.243, 125.243, 117.028
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

詳細

The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: -x+1, -y, z+3/2.

#1: タンパク質	Bile salt hydrolase 分子量: 35102.777 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bifidobacterium longum (バクテリア) 遺伝子: bsh / プラスミド: pET 26b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9KK62, choloylglycine hydrolase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.4 %
結晶化	温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: ammonium sulfate 30% w/v, 0.5 M sodium formate, sucrose (1M) 100ml, 40 uL of b-octyl glucosidase (0.50% w/v), pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年11月8日 / 詳細: Mirrors
放射	モノクロメーター: Osmic mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.49→20 Å / Num. obs: 37135 / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / R_merge(I) obs: 0.06
反射シェル	解像度: 2.49→2.55 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3PVA

3pva

解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 6.727 / SU ML: 0.149 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.264 / ESU R Free: 0.211 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.216	1844	5 %	RANDOM
R_work	0.17443	-	-	-
obs	0.17659	35045	99.65 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.015 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.38 Å²	-0.19 Å²	0 Å²
2-	-	-0.38 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4932	0	5	227	5164

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.024	0.021	5035
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.184	1.922	6848
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.242	5	626
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.85	24.219	256
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.621	15	747
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.874	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.144	0.2	718
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3988
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.25	0.2	2456
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.324	0.2	3455
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	308
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.233	0.2	168
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.154	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.236	1.5	3181
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.065	2	4992
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.138	3	2150
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.702	4.5	1856
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.299	137	-
R_work	0.248	2519	-
obs	-	-	99.59 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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