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- PDB-2hew: The X-ray crystal structure of murine OX40L -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hew
タイトルThe X-ray crystal structure of murine OX40L
要素Tumor necrosis factor ligand superfamily member 4
キーワードCYTOKINE / trimer / TNFSF
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of immune effector process / cellular response to nitrogen dioxide / memory T cell activation / T-helper 2 cell activation / response to nitrogen dioxide / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell costimulation / positive regulation of interleukin-4-dependent isotype switching to IgE isotypes / positive regulation of T cell costimulation / positive regulation of T-helper 2 cell activation / defense response to nematode ...positive regulation of immune effector process / cellular response to nitrogen dioxide / memory T cell activation / T-helper 2 cell activation / response to nitrogen dioxide / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell costimulation / positive regulation of interleukin-4-dependent isotype switching to IgE isotypes / positive regulation of T cell costimulation / positive regulation of T-helper 2 cell activation / defense response to nematode / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of immunoglobulin mediated immune response / negative regulation of activation-induced cell death of T cells / CD4-positive, alpha-beta T cell costimulation / TNFs bind their physiological receptors / tumor necrosis factor receptor superfamily binding / negative regulation of T-helper 1 cell differentiation / regulation of adaptive immune response / negative regulation of regulatory T cell differentiation / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / positive regulation of B cell activation / positive regulation of alpha-beta T cell proliferation / acute inflammatory response / positive regulation of type 2 immune response / positive regulation of interleukin-13 production / negative regulation of T cell apoptotic process / positive regulation of memory T cell differentiation / tumor necrosis factor receptor binding / negative regulation of interleukin-17 production / positive regulation of memory T cell activation / negative regulation of cytokine production / positive regulation of immunoglobulin production / blood vessel development / positive regulation of interleukin-4 production / positive regulation of activated T cell proliferation / negative regulation of type II interferon production / positive regulation of interleukin-10 production / positive regulation of T cell migration / T cell proliferation / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / cholesterol metabolic process / positive regulation of chemokine production / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of interleukin-2 production / cytokine activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of T cell cytokine production / positive regulation of interleukin-6 production / response to virus / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of inflammatory response / cellular response to prostaglandin E stimulus / cellular response to lipopolysaccharide / regulation of inflammatory response / inflammatory response / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / cell surface / extracellular space / membrane
類似検索 - 分子機能
Tumor necrosis factor ligand superfamily member 4 / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor ligand superfamily member 4
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Hymowitz, S.G. / Compaan, D.M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: The Crystal Structure of the Costimulatory OX40-OX40L Complex.
著者: Compaan, D.M. / Hymowitz, S.G.
履歴
登録2006年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年11月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3823
ポリマ－17,0641
非ポリマー3172
水1,856103
1
F: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 4
ヘテロ分子

F: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 4
ヘテロ分子

F: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1459
ポリマ－51,1933
非ポリマー9526
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area5420 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area18140 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)74.149, 74.149, 48.815
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11F-246-

HOH

21F-292-

HOH

詳細The biological assembly is a trimer which is generated by a crystallographic 3-fold. The asymmetric unit contains a promomer.

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要素

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor ligand superfamily member 4 / OX40 ligand / OX40L / CD252 antigen


分子量: 17064.396 Da / 分子数: 1 / 断片: extracellular domain (residues 51-198) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tnfsf4, Ox40l, Txgp1l
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: P43488
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.79 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1 M NaAcetate, 2M Ammonium Sulfate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンCHESS A110.976
シンクロトロンALS 5.0.220.9199, 0.9050, 0.9202
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2101CCD2003年9月9日
2CCD
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Horizontal focusing, 5.05 deg. asymmetric cut Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9761
20.91991
30.9051
40.92021
反射解像度: 1.45→30 Å / Num. all: 27220 / Num. obs: 27220 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.3 % / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 1.45→1.5 Å / 冗長度: 14 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 2706 / Rsym value: 0.466 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.45→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 1.935 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.064 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1922 2635 9.9 %RANDOM
Rwork0.16505 ---
all0.16765 26568 --
obs0.16765 23933 97.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.786 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2 Å2-0.1 Å20 Å2
2---0.2 Å20 Å2
3---0.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1022 0 19 103 1144
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0221072
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02985
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2751.9811461
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.75332288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3875127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.15524.4949
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.47315182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.943156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2174
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021149
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02205
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1890.2152
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.180.2983
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1710.2522
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0790.2663
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1710.276
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0380.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2030.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2560.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2070.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7942.5838
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0592.5258
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.29551061
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1152.5486
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9535400
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.82232436
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free7.2923103
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.67932034
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.48 Å / Total num. of bins used: 25
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226 164 -
Rwork0.159 1466 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -8.9097 Å / Origin y: 54.0568 Å / Origin z: 32.782 Å
111213212223313233
T-0.0281 Å20.0006 Å2-0.0113 Å2--0.0606 Å2-0.0169 Å2---0.022 Å2
L1.2563 °20.1382 °20.0472 °2-1.8668 °21.0084 °2--1.6017 °2
S0.0001 Å °-0.061 Å °0.1595 Å °0.0766 Å °-0.0924 Å °0.151 Å °-0.031 Å °-0.1332 Å °0.0923 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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