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- PDB-2hev: Crystal structure of the complex between OX40L and OX40 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hev
タイトルCrystal structure of the complex between OX40L and OX40
要素
  • Tumor necrosis factor ligand superfamily member 4
  • Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4
キーワードCYTOKINE / receptor-ligand complex / TNFSF / TNFRSF
機能・相同性
機能・相同性情報


chemokine (C-C motif) ligand 11 production / memory T cell activation / T-helper 2 cell activation / response to nitrogen dioxide / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell costimulation / positive regulation of interleukin-4-dependent isotype switching to IgE isotypes / positive regulation of immunoglobulin production => GO:0002639 / defense response to nematode / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of immunoglobulin mediated immune response ...chemokine (C-C motif) ligand 11 production / memory T cell activation / T-helper 2 cell activation / response to nitrogen dioxide / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell costimulation / positive regulation of interleukin-4-dependent isotype switching to IgE isotypes / positive regulation of immunoglobulin production => GO:0002639 / defense response to nematode / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of immunoglobulin mediated immune response / regulation of adaptive immune response / negative regulation of T-helper 1 cell differentiation / tumor necrosis factor receptor superfamily binding / tumor necrosis factor receptor activity / negative regulation of regulatory T cell differentiation / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / TNFs bind their physiological receptors / acute inflammatory response / positive regulation of alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of B cell activation / positive regulation of type 2 immune response / positive regulation of interleukin-13 production / positive regulation of memory T cell differentiation / negative regulation of interleukin-17 production / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of interleukin-4 production / plasma membrane => GO:0005886 / positive regulation of interleukin-10 production / negative regulation of type II interferon production / T cell proliferation / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of B cell proliferation / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of cytokine production / cytokine activity / response to virus / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of T cell cytokine production / positive regulation of inflammatory response / cellular response to prostaglandin E stimulus / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of type II interferon production / virus receptor activity / regulation of inflammatory response / cellular response to lipopolysaccharide / inflammatory response / immune response / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / cell surface / signal transduction / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tumor necrosis factor ligand superfamily member 4 / Tumour necrosis factor receptor 4 / Tumour necrosis factor receptor 4, N-terminal / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / Tumour necrosis factor domain / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. ...Tumor necrosis factor ligand superfamily member 4 / Tumour necrosis factor receptor 4 / Tumour necrosis factor receptor 4, N-terminal / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / Tumour necrosis factor domain / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Putative ephrin-receptor like / Ribbon / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor ligand superfamily member 4 / Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Hymowitz, S.G. / Compaan, D.M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: The Crystal Structure of the Costimulatory OX40-OX40L Complex.
著者: Compaan, D.M. / Hymowitz, S.G.
履歴
登録2006年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42021年10月20日Group: Advisory / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 4
R: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1094
ポリマ－31,6672
非ポリマー4422
水1,56787
1
F: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 4
R: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4
ヘテロ分子

F: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 4
R: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4
ヘテロ分子

F: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 4
R: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,32812
ポリマ－95,0006
非ポリマー1,3276
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)111.903, 111.903, 233.238
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11F-201-

HOH

詳細The crystallographic assymmetric unit consists of one ligand protomer and one receptor protomer. A crystallographic 3-fold axis generates the biologically relevant trimer

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要素

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor ligand superfamily member 4 / OX40 ligand / OX40L / Glycoprotein Gp34 / TAX transcriptionally-activated glycoprotein 1 / CD252 antigen


分子量: 15858.034 Da / 分子数: 1 / 断片: extracellular domain (residues 51-183) / 変異: N90D, N114D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFSF4, TXGP1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: P23510
#2: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4 / OX40L receptor / ACT35 antigen / TAX transcriptionally-activated glycoprotein 1 receptor / CD134 antigen


分子量: 15808.759 Da / 分子数: 1 / 断片: extracellular domain (residues 29-170) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFRSF4, TXGP1L
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: P43489
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 8% PEG 20000, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 22255 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.1 % / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 6.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 2195 / Rsym value: 0.505 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: murine OX40L

解像度: 2.41→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 11.211 / SU ML: 0.136 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / ESU R: 0.229 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2511 2221 10 %RANDOM
Rwork0.20825 ---
all0.21248 ---
obs0.21248 22103 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.975 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.91 Å20.96 Å20 Å2
2--1.91 Å20 Å2
3----2.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.41→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2067 0 28 87 2182
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0222143
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021831
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1091.9742910
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.69434310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8665264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.7925.10496
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.01915360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.3321510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2320
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022359
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02393
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1720.2343
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1680.21692
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.170.2976
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.080.21284
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1550.284
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1240.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1580.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3280.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2422.51708
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3682.5537
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.87752155
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9092.5938
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8525755
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.406→2.456 Å / Total num. of bins used: 25
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 133 -
Rwork0.276 1144 -
obs--99.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8381-0.8241-2.18812.17960.58234.3252-0.2276-0.0799-0.44350.14530.06640.23250.419-0.06360.1612-0.10620.00150.002-0.185-0.0049-0.0686-7.878550.602372.1994
21.9807-0.29572.38912.64171.083711.06230.10670.2259-0.2228-0.2702-0.2205-0.09240.15460.38390.1138-0.06820.03890.0388-0.15330.0193-0.092513.70141.258666.6269
33.74383.7855-2.054310.279-12.476717.89150.37410.43770.53741.14230.10230.431-1.4776-0.653-0.47640.18920.04960.0457-0.10010.0097-0.05511.695243.292995.7162
412.74052.0421-12.354812.4875-14.415934.56040.1582-1.63-0.65021.3331-0.49320.1028-1.02661.53120.3350.321-0.083100.1111-0.0175-0.12558.771633.7127113.0385
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1F58 - 183
2X-RAY DIFFRACTION2R29 - 108
3X-RAY DIFFRACTION3R109 - 140
4X-RAY DIFFRACTION4R141 - 168

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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