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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2heg | ||||||
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タイトル | Phospho-Aspartyl Intermediate Analogue of Apha class B acid phosphatase/phosphotransferase | ||||||
![]() | Class B acid phosphatase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Apha class B Acid Phosphatase/Phosphotransferase | ||||||
機能・相同性 | ![]() L-phosphoserine phosphatase activity / acid phosphatase / acid phosphatase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / magnesium ion binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Leone, R. / Calderone, V. / Cappelletti, E. / Benvenuti, M. / Mangani, S. | ||||||
![]() | #1: ![]() タイトル: The First Structure of a Bacterial Class B Acid Phosphatase Reveals Further Structural Heterogeneity Among Phosphatases of Haloacid Deahalogenase Fold 著者: Calderone, V. / Forleo, C. / Benvenuti, M. / Thaller, M.C. / Rossolini, G.M. / Mangani, S. #2: ![]() タイトル: Biochemical Characterization of the Class B Acid Phosphatase (Apha) of Escherichia Coli Mg1655 著者: Passariello, C. / Forleo, C. / Micheli, V. / Schippa, S. / Leone, R. / Mangani, S. / Thaller, M.C. / Rossolini, G.M. #3: ![]() タイトル: A Structure-Based Proposal for the Catalytic Mechanism of Bacterial Acid Phosphatase Apha Belonging to the Dddd Superfamily of Phosphohydrolases 著者: Calderone, V. / Forleo, C. / Benvenuti, M. / Thaller, M.C. / Rossolini, G.M. / Mangani, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 116.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 88.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 431.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 431.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 43.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2b82S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological assembly is a tetramer generated from the dimer in the asymmetric unit by the operations:x,y,z, 1-x,y,1-z |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23533.264 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.67 % |
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結晶化 | 温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: reservoir: Na acetate 50mM, PEG6000 18% (w/v), 0.6% Spermine (w/v) protein concentration: 3.5 mg/ml, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 279K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月17日 |
放射 | モノクロメーター: Khozu monochromator with a McLennon controller containing a LN2 cooled Si111 crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.939239 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→51.23 Å / Num. obs: 75720 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.068 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.58 Å / Rmerge(I) obs: 0.358 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB code 2B82 解像度: 1.5→51.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.772 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→51.23 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
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