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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2hdd | ||||||
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タイトル | ENGRAILED HOMEODOMAIN Q50K VARIANT DNA COMPLEX | ||||||
![]() |
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![]() | TRANSCRIPTION/DNA / DNA BINDING / COMPLEX (DNA BINDING PROTEIN-DNA) / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() posterior compartment specification / analia development / anterior head segmentation / posterior head segmentation / anterior/posterior lineage restriction, imaginal disc / trunk segmentation / genital disc development / genital disc anterior/posterior pattern formation / spiracle morphogenesis, open tracheal system / wing disc anterior/posterior pattern formation ...posterior compartment specification / analia development / anterior head segmentation / posterior head segmentation / anterior/posterior lineage restriction, imaginal disc / trunk segmentation / genital disc development / genital disc anterior/posterior pattern formation / spiracle morphogenesis, open tracheal system / wing disc anterior/posterior pattern formation / wing disc morphogenesis / neuroblast fate determination / imaginal disc-derived wing vein specification / segment polarity determination / ventral midline development / compartment pattern specification / gonad development / RSC-type complex / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / axon guidance / neuron differentiation / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of gene expression / negative regulation of neuron apoptotic process / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tucker-Kellogg, L. / Rould, M.A. / Chambers, K.A. / Ades, S.E. / Sauer, R.T. / Pabo, C.O. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Engrailed (Gln50-->Lys) homeodomain-DNA complex at 1.9 A resolution: structural basis for enhanced affinity and altered specificity. 著者: Tucker-Kellogg, L. / Rould, M.A. / Chambers, K.A. / Ades, S.E. / Sauer, R.T. / Pabo, C.O. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 63.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 44.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 382.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 387.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.703806, -0.704302, 0.092822), ベクター: |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 6389.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 | ||
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#2: DNA鎖 | 分子量: 6496.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 | ||
#3: タンパク質 | 分子量: 7426.592 Da / 分子数: 2 / Mutation: Q50K / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: COMPLEX WAS CRYSTALLIZED BY HANGING DROP VAPOR DIFFUSION OVER .75M AMOAC AND 1% PEG400; DROP STARTS AT 1M AMOAC., pH 7.00, vapor diffusion - hanging drop | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 48 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 123 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年6月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI MIRROR + NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 27136 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.035 / Rsym value: 0.044 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.38 / % possible all: 84 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 94 % / 冗長度: 3.4 % |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 1.97 Å / % possible obs: 94 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / % reflection Rfree: 10 % / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 84 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 6 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |