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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2hcf | ||||||
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タイトル | Crystal structure of hydrolase haloacid dehalogenase-like family (np_662590.1) from Chlorobium tepidum TLS at 1.80 A resolution | ||||||
要素 | Hydrolase, haloacid dehalogenase-like family | ||||||
キーワード | HYDROLASE / np_662590.1 / hydrolase haloacid dehalogenase-like family / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics / JCSG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Chlorobaculum tepidum (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of hydrolase haloacid dehalogenase-like family (np_662590.1) from Chlorobium tepidum TLS at 1.80 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2hcf.cif.gz | 60.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2hcf.ent.gz | 46.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2hcf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2hcf_validation.pdf.gz | 425.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2hcf_full_validation.pdf.gz | 426.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2hcf_validation.xml.gz | 12.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2hcf_validation.cif.gz | 18.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/2hcf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/2hcf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26194.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Chlorobaculum tepidum (バクテリア) 遺伝子: np_662590.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8KBS5 | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.41 % |
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結晶化 | 温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 8.5 詳細: 0.2M MgCl2, 30.0% PEG-4000, 0.1M TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91837, 0.97915, 0.97929 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月5日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.8→27.951 Å / Num. obs: 21098 / % possible obs: 92.2 % / Biso Wilson estimate: 25.562 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 8.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 多波長異常分散 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→27.951 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 6.882 / SU ML: 0.11 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.144 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. MG MODELED IN THE ACTIVE SITE BASED ON CRYSTALLIZATION CONDITIONS AND RELATED STRUCTURES. 4. MG MODELED NEAR GLU 63 BASED ON GEOMETRY AND CRYSTLLIZATION CONDITIONS. 5. CHLORINE MODELED BASED ON CRYSTALLIZATION CONDITIONS. 6. RESIDUES 40-42 WERE DISORDERED AND NOT MODELED. 7. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.764 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→27.951 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 22.239 Å / Origin y: 44.9764 Å / Origin z: 15.7082 Å
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Refine TLS-ID: 1 / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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