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万見
- PDB-2hba: Crystal Structure of N-terminal Domain of Ribosomal Protein L9 (N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hba
タイトルCrystal Structure of N-terminal Domain of Ribosomal Protein L9 (NTL9) K12M
要素50S ribosomal protein L9
キーワードRNA BINDING PROTEIN / L9 / ribosomal protein / NTL9 / K12M
機能・相同性
機能・相同性情報


cytosolic large ribosomal subunit / rRNA binding / structural constituent of ribosome / translation
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal Protein L9; domain 1 / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal ...Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal Protein L9; domain 1 / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / Large ribosomal subunit protein bL9
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Cho, J.-H. / Kim, E.Y. / Schindelin, H. / Raleigh, D.P.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Energetically significant networks of coupled interactions within an unfolded protein.
著者: Cho, J.H. / Meng, W. / Sato, S. / Kim, E.Y. / Schindelin, H. / Raleigh, D.P.
履歴
登録2006年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32014年8月13日Group: Database references
改定 1.42014年9月24日Group: Database references
改定 1.52017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.62021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.72024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 50S ribosomal protein L9
B: 50S ribosomal protein L9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,32621
ポリマ－11,3792
非ポリマー94719
水1,71195
1
A: 50S ribosomal protein L9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,0288
ポリマ－5,6901
非ポリマー3387
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: 50S ribosomal protein L9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,29913
ポリマ－5,6901
非ポリマー60912
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
B: 50S ribosomal protein L9
ヘテロ分子

B: 50S ribosomal protein L9
ヘテロ分子

A: 50S ribosomal protein L9
ヘテロ分子

A: 50S ribosomal protein L9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,65342
ポリマ－22,7594
非ポリマー1,89438
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_454-x-1,y,-z-1/21
crystal symmetry operation5_455x-1/2,y+1/2,z1
crystal symmetry operation7_454-x-1/2,y+1/2,-z-1/21
Buried area7950 Å2
ΔGint-666 kcal/mol
Surface area11220 Å2
手法PISA
4
B: 50S ribosomal protein L9
ヘテロ分子

B: 50S ribosomal protein L9
ヘテロ分子

A: 50S ribosomal protein L9
ヘテロ分子

A: 50S ribosomal protein L9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,65342
ポリマ－22,7594
非ポリマー1,89438
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation5_455x-1/2,y+1/2,z1
crystal symmetry operation8_445x-1/2,-y-1/2,-z1
Buried area5040 Å2
ΔGint-686 kcal/mol
Surface area14330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.614, 74.416, 50.755
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-227-

HOH

21B-307-

HOH

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要素

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L9 / BL17


分子量: 5689.709 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain / 変異: K12M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: rplI / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P02417
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.64 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 10 mM Imidazole (pH 8.0), 200 mM Zn Acetate, 2.5 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 8.1 % / Av σ(I) over netI: 11.4 / 数: 107776 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 0.85 / D res high: 2.3 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 8443 / % possible obs: 97.2
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
6.245010010.0311.2357.7
4.956.2410010.0470.6569.4
4.334.9510010.0490.6919.6
3.934.3310010.0470.6399.9
3.653.9310010.060.7989.9
3.443.6510010.0690.7810.1
3.263.4410010.0840.8229
3.123.2610010.0980.8695.7
33.1210010.1120.8864.1
2.9310010.1350.8853.1
2.812.910010.1650.895
2.732.8110010.1850.914
2.662.7399.510.2180.918
2.592.6699.610.1950.902
2.532.5999.810.2140.904
2.482.539810.220.939
2.432.4895.310.2160.818
2.382.4390.610.2440.886
2.342.3885.310.230.795
2.32.3476.210.2991.018
反射解像度: 1.25→50 Å / Num. all: 26328 / Num. obs: 26328 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Χ2: 1.234 / Net I/σ(I): 23.6
反射 シェル解像度: 1.25→1.29 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Num. unique all: 1904 / Χ2: 0.887 / % possible all: 69.9

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位相決定

位相決定手法: 単一同系置換・異常分散
Phasing dmFOM : 0.74 / FOM acentric: 0.75 / FOM centric: 0.71 / 反射: 1372 / Reflection acentric: 1059 / Reflection centric: 313
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
10-19.8840.790.820.75593227
6.3-100.70.710.719813365
5-6.30.720.720.7322917356
4.4-50.770.780.7323518649
3.8-4.40.770.780.7240633175
3.5-3.80.70.710.6324520441

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.09位相決定
RESOLVE2.09位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCデータ収集
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.25→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 1.028 / SU ML: 0.021 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.044 / ESU R Free: 0.041 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.164 1306 5 %RANDOM
Rwork0.144 ---
all0.145 ---
obs0.145 26264 94.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.758 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2 Å20 Å20 Å2
2---0.95 Å20 Å2
3---0.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数796 0 23 95 914
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.022824
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02793
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6731.9921090
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.75531876
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8425102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.38427.57633
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.58915180
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1410.2119
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02879
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02143
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.280.2160
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1770.2695
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.2395
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0960.2509
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.3840.260
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.280.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1130.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1750.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.7010.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2263675
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7143220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3374805
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.5666362
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.5968285
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.18231905
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free11.313114
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.28331609
LS精密化 シェル解像度: 1.25→1.284 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 68 -
Rwork0.234 1253 -
obs-1321 66.12 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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