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- PDB-2hal: An episulfide cation (thiiranium ring) trapped in the active site... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hal
タイトルAn episulfide cation (thiiranium ring) trapped in the active site of HAV 3C proteinase inactivated by peptide-based ketone inhibitors
要素
  • Hepatitis A Protease 3C
  • N-ACETYL-LEUCYL-PHENYLALANYL-PHENYLALANYL-GLUTAMATE-FLUOROMETHYLKETONE INHIBITOR
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HEPATITIS A VIRUS / 3C PROTEASE / INHIBITOR DESIGN / METHYLKETONE / EPISULFIDE / PICORNAIN / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell mitochondrial outer membrane / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / host multivesicular body / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport ...host cell mitochondrial outer membrane / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / host multivesicular body / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Hepatitis A virus, protein VP1-2A / : / Hepatitis A virus viral protein VP / 2B protein soluble domain / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid ...Hepatitis A virus, protein VP1-2A / : / Hepatitis A virus viral protein VP / 2B protein soluble domain / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acetyl-L-leucyl-L-phenylalanyl-N-[(1S,2R)-1-(2-carboxyethyl)-3-fluoro-2-hydroxypropyl]-L-phenylalaninamide / N-[(BENZYLOXY)CARBONYL]-L-ALANINE / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis A virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Yin, J. / Cherney, M.M. / Bergmann, E.M. / James, M.N.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: An Episulfide Cation (Thiiranium Ring) Trapped in the Active Site of HAV 3C Proteinase Inactivated by Peptide-based Ketone Inhibitors.
著者: Yin, J. / Cherney, M.M. / Bergmann, E.M. / Zhang, J. / Huitema, C. / Pettersson, H. / Eltis, L.D. / Vederas, J.C. / James, M.N.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Dual Modes of Modification of Hepatitis A Virus 3C Protease by a Serine-Derived beta-lactone: Selective Crystallization and formation of a functional catalytic triad in the active site
著者: Yin, J. / Cherney, M.M. / Bergmann, E.M. / Lall, M.S. / Jain, R.P. / Vederas, J.C. / James, M.N.G.
#2: ジャーナル: VIROLOGY / 年: 1999
タイトル: Crystal Structure of an Inhibitor Complex of the 3C Proteinase from Hepatitis A Virus (HAV) and Implications for the Polyprotein Processing in HAV
著者: Bergmann, E.M. / Cherney, M.M. / Mckendrick, J. / Frormann, S. / Luo, C. / Malcolm, B.A. / Vederas, J.C. / James, M.N.
#3: ジャーナル: J.VIROL. / 年: 1997
タイトル: The Refined Crystal Structure of the 3C Gene Product from Hepatitis A Virus: Specific Proteinase Activity and RNA Recognition
著者: Bergmann, E.M. / Mosimann, S.C. / Chernaia, M.M. / Malcolm, B.A. / James, M.N.
履歴
登録2006年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32012年12月12日Group: Other
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hepatitis A Protease 3C
I: N-ACETYL-LEUCYL-PHENYLALANYL-PHENYLALANYL-GLUTAMATE-FLUOROMETHYLKETONE INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1113
ポリマ－23,8882
非ポリマー2231
水7,837435
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1490 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area10090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.584, 56.240, 81.052
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Hepatitis A Protease 3C


分子量: 23288.844 Da / 分子数: 1 / 断片: 3C proteinase, residues 1520-1731 / 変異: C24S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hepatitis A virus (ウイルス) / 属: Hepatovirus / 遺伝子: 3C / プラスミド: pHAV-3CEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): D1210 / 参照: UniProt: Q81090, UniProt: P08617*PLUS, picornain 3C
#2: タンパク質・ペプチド N-ACETYL-LEUCYL-PHENYLALANYL-PHENYLALANYL-GLUTAMATE-FLUOROMETHYLKETONE INHIBITOR / AC-LFFE-FMK


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 598.706 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
参照: N-acetyl-L-leucyl-L-phenylalanyl-N-[(1S,2R)-1-(2-carboxyethyl)-3-fluoro-2-hydroxypropyl]-L-phenylalaninamide
#3: 化合物 ChemComp-BBL / N-[(BENZYLOXY)CARBONYL]-L-ALANINE / N-BENZYLOXYCARBONYL-L-SERINE-BETALACTONE / N-(ベンジルオキシカルボニル)-L-アラニン


分子量: 223.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H13NO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 435 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE COORDINATES OF METHYLKETONE GLUTAMATE AND EPISULFIDE METHYLGLUTAMATE ARE ALTERNATE ...THE COORDINATES OF METHYLKETONE GLUTAMATE AND EPISULFIDE METHYLGLUTAMATE ARE ALTERNATE CONFORMATIONS OF THE SAME INHIBITOR. IN THE METHYLKETONE GLUTAMATE CONFORMATION, THE INHIBITOR FORMS ONLY ONE SINGLE COVALENT BOND (FROM ATOM C1) TO SG OF CYS172 (ALTERNATE CONFORMATION B OF CYS172). IN EPISULFIDE METHYLGLUTAMATE CONFORMATION, THE INHIBITOR FORMS TWO COVALENT BONDS (FROM ATOMS C1 AND C, RESPECTIVELY) TO SG OF CYS172 (ALTERNATE CONFORMATION A), LEADING TO THE FORMATION OF AN EPISULFIDE CATION (THIIRANIUM RING).
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.51 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2.5% PEG 8000, 1.5% Glycerol, 10mM Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月29日
放射モノクロメーター: crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→40 Å / Num. all: 39555 / Num. obs: 38893 / % possible obs: 85.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.35→1.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.288 / % possible all: 42.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2H6M

2h6m


解像度: 1.35→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 1.979 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20416 1948 5 %RANDOM
Rwork0.18418 ---
all0.18524 38864 --
obs0.18524 36916 85.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.008 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.61 Å20 Å20 Å2
2---0.11 Å20 Å2
3----0.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1686 0 16 435 2137
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0221726
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.211.9742330
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1035215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.09324.86172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.47315302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.513157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2263
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021278
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.2886
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.21195
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1110.2307
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1530.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1220.257
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.54881097
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.372151729
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.65518706
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.08520601
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.13431803
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free5.1113435
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.28931693
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.385 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 64 -
Rwork0.231 1244 -
obs--39.47 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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