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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2h9g | ||||||
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タイトル | Crystal structure of phage derived Fab BdF1 with human Death Receptor 5 (DR5) | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM/APOPTOSIS / PHAGE DISPLAY / PROTEIN ENGINEERING / COMBINATORIAL MUTAGENESIS / ANTIBODY LIBRARY / DEATH RECEPTOR-5 / agonists / IMMUNE SYSTEM-APOPTOSIS COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() TRAIL receptor activity / TRAIL binding / TRAIL signaling / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / defense response to tumor cell ...TRAIL receptor activity / TRAIL binding / TRAIL signaling / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / defense response to tumor cell / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / RIPK1-mediated regulated necrosis / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / response to endoplasmic reticulum stress / Cell surface interactions at the vascular wall / cellular response to mechanical stimulus / signaling receptor activity / regulation of apoptotic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / cell surface / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hymowitz, S.G. / Compaan, D.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Activation of the Proapoptotic Death Receptor DR5 by Oligomeric Peptide and Antibody Agonists. 著者: Li, B. / Russell, S.J. / Compaan, D.M. / Totpal, K. / Marsters, S.A. / Ashkenazi, A. / Cochran, A.G. / Hymowitz, S.G. / Sidhu, S.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 207.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 164.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 478 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 495.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 36.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 52.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Refine code: 4
NCSアンサンブル:
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詳細 | The biological assembly consists of one light chain, one heavy chain bound to one receptor chain. The crystallographic assymetric unit contains two biologically relevent assemblies (chains A,B,R and chain H,L,S) |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 23287.793 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 抗体 | 分子量: 24139.262 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 14578.320 Da / 分子数: 2 / 断片: extra cellular domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 株 (発現宿主): HI5 / 参照: UniProt: O14763 #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.1 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Crystals from drops containing an equal volume of protein and well solution consisting of 20% PEG 3350, 0.2M Na2HPO4, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.1-6.8. The crystals were cryo-protected with well ...詳細: Crystals from drops containing an equal volume of protein and well solution consisting of 20% PEG 3350, 0.2M Na2HPO4, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.1-6.8. The crystals were cryo-protected with well solution supplemented with 20% PEG 200., pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月14日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 54784 / Num. obs: 54784 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 6.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 5470 / Rsym value: 0.419 / % possible all: 97.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: Chain S from 1d0g Chain AB from 1FVE 解像度: 2.32→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 16.749 / SU ML: 0.199 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic with TLS refinement / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / ESU R: 0.367 / ESU R Free: 0.273 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS for refinement only
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.83 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.32→30 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.32→2.367 Å / Total num. of bins used: 25
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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