PDB-2h7w: Crystal structure of Chagasin, the endogenous cysteine-protease i...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2h7w

タイトル

Crystal structure of Chagasin, the endogenous cysteine-protease inhibitor from Trypanosoma cruzi

要素

Chagasin

キーワード

HYDROLASE INHIBITOR / beta-strands / Immunoglobulin-fold

機能・相同性

機能・相同性情報

ciliary pocket / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / cytoplasmic vesicle / cell surface
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Figueiredo da Silva, A.A. / Guimaraes, B.G.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of chagasin, the endogenous cysteine-protease inhibitor from Trypanosoma cruzi.
著者: Figueiredo da Silva, A.A. / Vieira, L.C. / Krieger, M.A. / Goldenberg, S. / Zanchin, N.I. / Guimaraes, B.G.

履歴

登録	2006年6月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2h7w.cif.gz	98.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2h7w.ent.gz	76.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2h7w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2h7w_validation.pdf.gz	439.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2h7w_full_validation.pdf.gz	442.4 KB	表示
XML形式データ	2h7w_validation.xml.gz	12.2 KB	表示
CIF形式データ	2h7w_validation.cif.gz	17.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/2h7w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/2h7w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3kaa-1 6umu-d 4rxw-d 5hfr-4 2r35-d 5fe0-2 2ope-3 3kaa-2 3v1g-d 1x7v-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chagasin

B: Chagasin

29 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Chagasin

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Chagasin

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.779, 48.779, 183.602
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	151
Space group name H-M	P3₁12

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-169- HOH
2	1	B-171- HOH

#1: タンパク質	Chagasin 分子量: 14479.073 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) 株: Dm28c / 遺伝子: cha / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) slyD- / 参照: UniProt: Q966X9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.48 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: protein: 15 mg/ml in 10 mM tris-Hcl, pH 7.4, 0.1 M sodium chloride. reservoir: 15% PEG 8000, 0.1M ammonium sulphate, 0.1M cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.427 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月17日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.427 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→24.175 Å / Num. obs: 28099 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.7 % / B_iso Wilson estimate: 26.29 Å² / R_sym value: 0.072 / Net I/σ(I): 22.5
反射シェル	解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 10.9 % / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / R_sym value: 0.405 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
MAR345		データ収集
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.7→24.175 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 4.484 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23776	1414	5 %	RANDOM
R_work	0.20539	-	-	-
all	0.20706	28099	-	-
obs	0.20706	26684	99.85 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.814 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.55 Å²	0.27 Å²	0 Å²
2-	-	0.55 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→24.175 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1647	0	0	190	1837

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	1697
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.468	1.927	2318
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.223	5	214
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.2	24.085	71
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.142	15	241
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.553	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	256
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1312
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	902
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.32	0.2	1168
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	224
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.207	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.14	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.807	1.5	1078
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.326	2	1726
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.015	3	692
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.095	4.5	592
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.356	102	-
R_work	0.312	1989	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.2783	-5.1408	5.0615	8.9388	-1.8899	4.5187	-0.0154	-0.4835	-0.1339	0.8654	-0.2906	0.12	-0.8517	0.3278	0.306	0.1846	-0.0752	-0.0615	0.0478	0.1128	-0.1489	16.91	19.6855	28.5639
2	0.0964	0.1495	0.2759	3.763	-3.3964	4.9322	0.1294	0.0264	-0.0001	0.0837	0.0089	0.0814	-0.0395	-0.1947	-0.1383	0.0565	0.0454	-0.0175	0.0594	0.045	-0.0092	12.0371	18.4731	19.9278
3	0.038	0.1804	-0.257	2.193	-1.3055	1.7433	0.0372	-0.0309	-0.023	-0.0588	-0.0574	-0.0313	0.2266	0.0467	0.0201	0.0855	0.0572	-0.0164	0.035	0.0429	-0.0151	13.8962	16.5136	17.7712
4	0.4723	-0.7299	-0.077	2.2902	0.094	0.0535	-0.082	-0.0051	0.1038	0.2677	0.0838	-0.2769	0.0683	0.0334	-0.0019	0.0881	0.0719	-0.0495	0.0213	-0.0309	0.0348	37.9372	7.2736	14.3729
5	1.6416	-1.9906	0.1842	7.4442	-0.8918	0.1095	-0.0453	0.0395	0.3087	-0.0252	0.0364	-0.6278	0.0785	0.043	0.0089	0.027	0.0419	-0.0295	0.0107	-0.001	0.071	41.8296	5.7526	8.4481
6	0.8252	-0.3739	0.3821	2.4603	0.1438	0.2208	-0.0221	0.0283	0.1564	0.1183	0.0253	-0.1453	0.0028	-0.1306	-0.0032	0.0769	0.0748	-0.011	0.014	-0.0105	0.0318	30.6252	7.3747	9.6323

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 14	24 - 35
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	15 - 38	36 - 59
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	39 - 110	60 - 131
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	2 - 38	23 - 59
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	39 - 76	60 - 97
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	77 - 109	98 - 130

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