PDB-2h5n: Crystal Structure of Protein of Unknown Function PG1108 from Porp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2h5n

タイトル

Crystal Structure of Protein of Unknown Function PG1108 from Porphyromonas gingivalis W83

要素

Hypothetical protein PG_1108

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / hypothetical protein / SAD / MCSG / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

Co-chaperone DjlA, N-terminal / TerB-like / Tellurite resistance protein TerB / TerB-like / TerB-like / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / metal ion binding / TerB domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Porphyromonas gingivalis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Nocek, B. / Bigelow, L. / Moy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of hypothetical protein PG_1108 from Porphyromonas gingivalis W83
著者: Nocek, B. / Bigelow, L. / Moy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2006年5月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年7月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_related / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_related.db_name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 300

BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAIN(S) ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

類似構造データ	3tpz-d 2q7v-d 1p3r-d 3h0d-d 3f8r-1 3f8d-2 4jnq-1 3f8p-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: apc80971

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hypothetical protein PG_1108

B: Hypothetical protein PG_1108

C: Hypothetical protein PG_1108

D: Hypothetical protein PG_1108

ヘテロ分子

58.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

D: Hypothetical protein PG_1108

B: Hypothetical protein PG_1108

ヘテロ分子

B: Hypothetical protein PG_1108

ヘテロ分子

A: Hypothetical protein PG_1108

C: Hypothetical protein PG_1108

ヘテロ分子

A: Hypothetical protein PG_1108

C: Hypothetical protein PG_1108

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
117 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
crystal symmetry operation	1_455	x-1,y,z	1
crystal symmetry operation	3_655	-x+1,y,-z+1/2	1
crystal symmetry operation	5_455	x-1/2,y+1/2,z	1
crystal symmetry operation	7_555	-x+1/2,y+1/2,-z+1/2	1
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x,y,-z+1/2	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.961, 84.826, 164.535
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-1056- HOH
2	1	D-211- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	ILE	ILE	ASN	ASN	A	A	10 - 132	10 - 132
2	ILE	ILE	LYS	LYS	B	B	10 - 131	10 - 131
3	ILE	ILE	ASN	ASN	C	C	10 - 132	10 - 132
4	MET	MET	ASN	ASN	D	D	11 - 132	11 - 132

#1: タンパク質	Hypothetical protein PG_1108 分子量: 14635.183 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7MVF6
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.38 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 20% 1,4 butanediol, 0.1 imidazole pH 8.0, 0.1 M Zn(oAC)2, 0.1M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年1月25日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.01→40 Å / Num. all: 35653 / Num. obs: 35476 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 15.1
反射シェル	解像度: 2.01→2.08 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.466 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
Coot		モデル構築
CCP4		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.01→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 8.443 / SU ML: 0.121 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24365	1869	5 %	RANDOM
R_work	0.18825	-	-	-
obs	0.19094	35476	99.5 %	-
all	-	37345	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.528 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.47 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.12 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.01→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3822	0	3	331	4156

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	3942
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.621	1.987	5306
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.142	5	514
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.399	25.973	149
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.358	15	792
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.695	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.115	0.2	641
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2798
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	1939
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.291	0.2	2857
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.25	0.2	285
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.266	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.312	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.851	1.5	2655
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.161	2	4087
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.027	3	1478
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.129	4.5	1219
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 836 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	medium positional	0.7	0.5
2	B	medium positional	0.7	0.5
3	C	medium positional	0.48	0.5
4	D	medium positional	0.57	0.5
1	A	medium thermal	1.15	2
2	B	medium thermal	1.33	2
3	C	medium thermal	0.95	2
4	D	medium thermal	1.11	2

LS精密化シェル

解像度: 2.01→2.063 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.286	119	-
R_work	0.223	2492	-
obs	-	-	95.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	52.3657	-9.3812	-5.815	1.8706	1.619	2.3999	-0.0682	-0.4913	0.638	-0.0046	0.0964	-0.035	-0.0283	0.2351	-0.0283	0.0535	-0.0258	-0.054	-0.0147	0.0494	0.0869	-4.5967	18.7166	44.1471
2	0.3968	-0.2046	-0.027	1.9183	1.3058	0.9226	-0.0153	0.0376	0.102	-0.0541	0.0598	-0.083	0.0354	0.1271	-0.0445	0.0502	0.028	-0.0124	0.0193	0.0218	0.0557	22.3808	11.543	33.3357
3	6.7635	-10.4404	0.6487	25.1364	-6.2124	3.0727	0.7298	0.1227	0.322	-1.4354	-0.6568	-0.4079	0.4465	0.4244	-0.0729	0.1519	-0.0048	0.04	0.0816	0.0353	-0.019	28.2907	7.1849	15.7309
4	4.9783	-1.2767	-4.4284	1.6028	-1.5293	9.5078	0.0302	-0.1045	-0.1424	-0.3295	-0.0441	0.1653	-0.1066	0.151	0.0139	0.0383	-0.0023	-0.0121	0.0486	0.0738	0.0662	21.4656	15.0558	18.9871
5	7.567	-4.3328	-8.727	5.0165	6.3703	10.8085	-0.1561	0.5446	0.5102	0.0822	-0.0694	0.3972	-0.384	0.1031	0.2255	-0.0285	0.0214	-0.0265	0.0583	0.0643	0.1323	15.3082	17.9001	27.7171
6	19.8412	-7.4947	-2.9968	11.3118	1.3678	0.9104	0.7653	0.5009	1.3507	-0.8647	-0.3058	-0.8303	-0.6506	0.1124	-0.4595	0.1573	0.0105	0.0716	0.0471	0.0608	0.1142	24.868	22.0966	31.4028
7	3.6444	1.9078	1.5311	24.7386	-8.3022	10.7889	0.1197	-0.1683	0.4212	0.2357	-0.3719	-1.5307	-0.107	0.4103	0.2522	0.0037	0.038	0.0162	-0.0109	-0.008	0.2113	32.3877	8.7294	34.1406
8	10.0705	1.0867	-4.0675	1.4197	-0.3905	1.6446	0.0391	-0.1466	0.2202	0.2507	0.0677	0.0063	0.0408	-0.0254	-0.1069	0.0787	0.059	-0.0017	0.0345	0.0375	0.0485	21.312	4.9018	39.0562
9	2.9348	-0.4593	4.6843	8.9375	3.2379	9.2727	-0.0425	-0.0835	-0.1592	0.2519	-0.1506	0.823	0.2372	-0.618	0.1931	0.0242	0.0402	0.0488	0.0158	0.0043	0.0972	10.94	5.8012	36.2903
10	3.8089	1.6055	-3.9116	1.6127	-4.1481	10.6907	-0.1142	0.0463	0.3141	-0.1977	-0.0444	0.5465	-0.1012	-0.0595	0.1585	0.0388	0.0345	-0.0513	0.0436	0.0249	0.0726	15.2243	8.8099	25.6811
11	23.5069	-7.5564	-19.0068	23.7902	8.3688	15.6071	0.1352	1.0276	0.4539	-1.176	-1.029	0.9581	-0.2121	0.0372	0.8937	0.1667	-0.0011	-0.259	0.0635	0.0587	0.0185	12.9037	6.0272	13.451
12	2.9049	-1.4124	0.5814	2.8393	-0.1852	4.6208	0.0607	0.2735	-0.1446	-0.1067	-0.1758	0.066	-0.092	-0.0561	0.1151	0.0423	0.0251	-0.0562	0.054	-0.017	0.0384	18.7358	-0.9498	21.928
13	10.6895	-1.8445	6.3811	6.9847	-5.7549	7.058	0.2499	-0.3079	-0.4763	-0.02	0.3526	0.49	0.2369	-0.3319	-0.6025	0.0074	0.0187	-0.0295	0.0289	-0.0279	0.0461	14.0723	-0.2174	29.4575
14	0.0922	1.0923	-0.0502	13.0054	0.009	5.8602	-0.1245	0.1216	0.2305	-0.349	0.1545	1.124	-0.4404	-0.7444	-0.03	-0.0898	0.0859	-0.0783	0.1584	0.0849	0.2142	6.1293	9.1166	23.82
15	2.0169	-0.6949	1.5881	0.6105	-0.4827	2.4397	0.143	0.0568	-0.2028	0.0453	0.0339	-0.0007	-0.0301	-0.0122	-0.1768	0.0251	-0.0223	-0.0346	0.0213	-0.0137	0.0585	29.92	-13.7469	34.1435
16	1.2037	-3.9631	-1.2264	17.7019	4.7666	1.3636	0.0943	-0.0129	-0.1025	-0.373	-0.237	0.505	-0.1219	-0.0462	0.1426	0.0439	0.0031	-0.081	0.0581	-0.0055	0.0127	20.0285	-13.9189	19.3043
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15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	B	10 - 29	10 - 29
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	B	30 - 38	30 - 38
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	B	39 - 46	39 - 46
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	B	47 - 53	47 - 53
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	B	54 - 64	54 - 64
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	B	65 - 70	65 - 70
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	B	71 - 76	71 - 76
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	B	77 - 81	77 - 81
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	B	82 - 86	82 - 86
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	B	87 - 95	87 - 95
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	B	96 - 102	96 - 102
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	B	103 - 114	103 - 114
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	B	115 - 122	115 - 122
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	B	123 - 131	123 - 131
29	X-RAY DIFFRACTION	29	C	C	10 - 17	10 - 17
30	X-RAY DIFFRACTION	30	C	C	18 - 29	18 - 29
31	X-RAY DIFFRACTION	31	C	C	30 - 36	30 - 36
32	X-RAY DIFFRACTION	32	C	C	37 - 42	37 - 42
33	X-RAY DIFFRACTION	33	C	C	43 - 51	43 - 51
34	X-RAY DIFFRACTION	34	C	C	52 - 62	52 - 62
35	X-RAY DIFFRACTION	35	C	C	63 - 68	63 - 68
36	X-RAY DIFFRACTION	36	C	C	69 - 79	69 - 79
37	X-RAY DIFFRACTION	37	C	C	80 - 84	80 - 84
38	X-RAY DIFFRACTION	38	C	C	85 - 94	85 - 94
39	X-RAY DIFFRACTION	39	C	C	95 - 104	95 - 104
40	X-RAY DIFFRACTION	40	C	C	105 - 117	105 - 117
41	X-RAY DIFFRACTION	41	C	C	118 - 123	118 - 123
42	X-RAY DIFFRACTION	42	C	C	124 - 133	124 - 133
43	X-RAY DIFFRACTION	43	D	D	11 - 24	11 - 24
44	X-RAY DIFFRACTION	44	D	D	25 - 34	25 - 34
45	X-RAY DIFFRACTION	45	D	D	35 - 42	35 - 42
46	X-RAY DIFFRACTION	46	D	D	43 - 48	43 - 48
47	X-RAY DIFFRACTION	47	D	D	49 - 54	49 - 54
48	X-RAY DIFFRACTION	48	D	D	55 - 63	55 - 63
49	X-RAY DIFFRACTION	49	D	D	64 - 69	64 - 69
50	X-RAY DIFFRACTION	50	D	D	70 - 77	70 - 77
51	X-RAY DIFFRACTION	51	D	D	78 - 82	78 - 82
52	X-RAY DIFFRACTION	52	D	D	83 - 94	83 - 94
53	X-RAY DIFFRACTION	53	D	D	95 - 105	95 - 105
54	X-RAY DIFFRACTION	54	D	D	106 - 117	106 - 117
55	X-RAY DIFFRACTION	55	D	D	118 - 123	118 - 123
56	X-RAY DIFFRACTION	56	D	D	124 - 133	124 - 133

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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