PDB-2h4q: Crystal structure of a M-loop deletion variant of MENT in the cle...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2h4q

タイトル

Crystal structure of a M-loop deletion variant of MENT in the cleaved conformation

要素

(Heterochromatin-associated protein MENT) x 2

キーワード

HYDROLASE INHIBITOR / Serine protease inhibitor / Serpin

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleate erythrocyte maturation / chromosome condensation / chromatin DNA binding / serine-type endopeptidase inhibitor activity / chromatin organization / chromatin / extracellular space / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Whisstock, J.C. / Buckle, A.M. / McGowan, S. / Irving, J.A.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2006
タイトル: X-ray crystal structure of MENT: evidence for functional loop-sheet polymers in chromatin condensation.
著者: McGowan, S. / Buckle, A.M. / Irving, J.A. / Ong, P.C. / Bashtannyk-Puhalovich, T.A. / Kan, W.T. / Henderson, K.N. / Bulynko, Y.A. / Popova, E.Y. / Smith, A.I. / Bottomley, S.P. / Rossjohn, J. ...

履歴

登録	2006年5月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年7月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年11月10日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2h4q.cif.gz	100.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2h4q.ent.gz	74.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2h4q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2h4q_validation.pdf.gz	437.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2h4q_full_validation.pdf.gz	439.1 KB	表示
XML形式データ	2h4q_validation.xml.gz	19.3 KB	表示
CIF形式データ	2h4q_validation.cif.gz	28.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/2h4q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/2h4q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2dutC 2h4pC 2h4rC 1qlpS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3dy0-d 4y3k-1 4y40-1 1tl9-d 3qv2-d 5f87-5 4au4-5 5t8q-1 2xi9-1 6csj-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Heterochromatin-associated protein MENT

B: Heterochromatin-associated protein MENT

48.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Heterochromatin-associated protein MENT

B: Heterochromatin-associated protein MENT

x 6

ソフトウェアが定義した集合体
289 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-y,x-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x+y,-x,z	1
crystal symmetry operation	4_555	y,x,-z	1
crystal symmetry operation	5_555	x-y,-y,-z	1
crystal symmetry operation	6_555	-x,-x+y,-z	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	150.194, 150.194, 175.485
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-370- HOH
2	1	A-427- HOH
3	1	A-556- HOH
4	1	A-679- HOH

#1: タンパク質	Heterochromatin-associated protein MENT / MENT 分子量: 43953.160 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-369 / 変異: A361V, deletion mutant(residues 61-88) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: ment-1 / プラスミド: pBAD-HisA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: O73790
#2: タンパク質・ペプチド	Heterochromatin-associated protein MENT / MENT 分子量: 4186.003 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 377-409 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: ment-1 / プラスミド: pBAD-HisA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: O73790
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 350 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.99 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1M sodium acetate, 12-15% PEG 8000, pH 5.5-6.5, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-13 / 波長: 1.5148 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年4月7日 / 詳細: OSMIC MIRRORS

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5148 Å / 相対比: 1

Reflection

Av σ(I) over netI: 14.4 / 数: 151605 / R_merge(I) obs: 0.062 / Χ²: 1.25 / D res high: 2.1 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 44120 / % possible obs: 99.3

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared
4.52	50	94.9	1	0.021	1.142
3.59	4.52	99.4	1	0.025	1.145
3.14	3.59	99.8	1	0.042	1.26
2.85	3.14	99.9	1	0.082	1.291
2.65	2.85	99.9	1	0.136	1.287
2.49	2.65	100	1	0.19	1.237
2.37	2.49	99.9	1	0.269	1.234
2.26	2.37	99.9	1	0.34	1.278
2.18	2.26	99.9	1	0.453	1.305
2.1	2.18	100	1	0.587	1.288

反射

解像度: 2.1→105.4 Å / Num. all: 44451 / Num. obs: 44451 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 20.7

反射シェル

解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.587 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 94.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
CrystalClear	(MSC/RIGAKU)	データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QLP

1qlp

解像度: 2.1→24.35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 7.437 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.213	1782	4 %	RANDOM
R_work	0.188	-	-	-
all	0.189	44118	-	-
obs	0.189	44118	99.29 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.052 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.7 Å²	-0.35 Å²	0 Å²
2-	-	-0.7 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→24.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3093	0	0	350	3443

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.022	3164
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2880
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.874	1.955	4264
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.662	3	6710
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.645	5	383
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.243	24.071	140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.186	15	583
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.132	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.052	0.2	480
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	3439
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	648
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.177	0.2	600
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.155	0.2	2928
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	1528
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.077	0.2	1789
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	314
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.135	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.147	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.202	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.862	3	2030
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.123	3	771
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.376	5	3124
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.881	7	1334
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.838	10	1140

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.286	126	-
R_work	0.274	3104	-
obs	-	3230	99.57 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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