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- PDB-3qv2: Structure Analysis of Entamoeba histolytica methyltransferase EhMeth -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qv2
タイトルStructure Analysis of Entamoeba histolytica methyltransferase EhMeth
要素5-cytosine DNA methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Methyltransferase / DNMT2 / EhMeth
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpN substrates / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpNpG substrates / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / methylation / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / DNA Methylase, subunit A, domain 2 / DNA Methylase; Chain A, domain 2 / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold ...: / DNA Methylase, subunit A, domain 2 / DNA Methylase; Chain A, domain 2 / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / 5-cytosine DNA methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Schulz, E.C. / Roth, H.M. / Ankri, S. / Ficner, R.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure Analysis of Entamoeba histolytica Methyltransferase
著者: Schulz, E.C. / Roth, H.M. / Ankri, S. / Ficner, R.
履歴
登録2011年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5-cytosine DNA methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5475
ポリマ－37,8741
非ポリマー6734
水4,035224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.970, 46.970, 303.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 5-cytosine DNA methyltransferase / DNA (Cytosine-5)-methyltransferase


分子量: 37874.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
遺伝子: meth, EHI_069140 / プラスミド: pGEX-6P3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q6Q386, DNA (cytosine-5-)-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.49 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1 M MES, 22% PEG 8000 (w/v), 0.2 M (NH4)2SO4, pH 6,5, vapor diffusion, temperature 298K
PH範囲: 6,5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.981 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.981 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 19536 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 10.99
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.15-2.20.5152.46199.9
2.2-2.30.4382.9199.6
2.3-2.50.3123.91199.7
2.5-3.320.1278.65199.6
3.32-3.730.05618.19198.9
3.73-4.140.04322.98199.2
4.14-4.550.03625.97198.7
4.55-140.03426.62196.4
14-170.01937.69181.6
17-500.03135.12183.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.7_650精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
DNAデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→46.416 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.49 / SU ML: 0.25 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2671 1098 5.93 %
Rwork0.2183 --
obs0.2212 18527 94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 19.534 Å2 / ksol: 0.318 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.4122 Å20 Å2-0 Å2
2--4.4122 Å20 Å2
3----6.283 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→46.416 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2616 0 41 224 2881
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022720
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6143680
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5171058
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045404
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002467
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.24790.33541130.28011940X-RAY DIFFRACTION86
2.2479-2.36640.34291300.27282030X-RAY DIFFRACTION90
2.3664-2.51460.31221310.26022064X-RAY DIFFRACTION92
2.5146-2.70880.28031350.24892146X-RAY DIFFRACTION95
2.7088-2.98130.26191400.22762225X-RAY DIFFRACTION97
2.9813-3.41260.31541450.21922260X-RAY DIFFRACTION98
3.4126-4.29910.21031470.18432319X-RAY DIFFRACTION98
4.2991-46.42730.23371570.18652445X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.00720.00260.00280.0059-0.00370.01020.0059-0.00110.01540.0001-0.00470.0099-0.0298-0.016-0.00520.15730.09480.0928-0.0611-0.0057-0.07626.7963-17.446629.0402
20.02190.0147-0.0020.0106-0.0036-0.00020.0253-0.03370.01610.00250.0164-0.0328-0.03470.0273-0.01540.1461-0.08240.025-0.02570.1006-0.077120.236-19.018929.4757
30.0207-0.0123-0.02390.04030.03760.0415-0.00610.025-0.02310.0045-0.03610.0003-0.0565-0.00150.03270.12490.07250.02340.0577-0.00950.057116.6621-32.971218.7314
40.058-0.0538-0.05120.09950.03760.04580.05780.0157-0.0527-0.07490.0189-0.0298-0.0259-0.0209-0.02780.10480.0614-0.038-0.07210.10540.00196.0195-32.15923.4349
50.01110.00280.03920.00070.00890.1348-0.0049-0.01640.0111-0.00710.01050.00590.0015-0.07880.00060.3480.17750.10380.24510.05370.1181-3.7204-12.042511.3288
60.00510.0072-0.00310.02210.00730.0190.01980.00110.01230.00110.01230.0125-0.0481-0.0238-0.01280.33720.1220.10460.1010.01360.063411.969-8.7657-4.2641
70.00960.0033-0.01850.01670.00660.04540.02930.0092-0.0161-0.0193-0.0105-0.0039-0.0348-0.0256-0.01280.18250.11070.03350.05370.09410.027512.1662-13.84020.3907
80.1219-0.0891-0.1370.0650.10020.1542-0.0022-0.0005-0.0050.01650.03570.0037-0.0006-0.0051-0.03070.37830.2343-0.13940.5456-0.05660.30890.6094-9.8852-8.9787
90.36810.00830.0692.5238-1.4810.8839-0.03790.03780.00730.10080.02640.01290.1650.09060.01690.3370.07880.09350.18710.09090.123710.6392-8.1409-14.3703
100.00040.0022-0.00150.0074-0.00250.00070.0188-0.00450.01220.0023-0.0012-0.0025-0.017-0.0033-0.01250.3810.07830.10860.040.00290.02059.9589-7.791711.497
110.0708-0.0213-0.03920.0586-0.01840.09120.0257-0.00550.039-0.03430.0483-0.0191-0.12870.0237-0.02370.21240.05190.04050.01920.05350.015411.0189-14.973616.8625
120.0538-0.0203-0.03390.00760.01280.02130.0054-0.0155-0.0037-0.01010.01360.00760.0155-0.0032-0.01560.15270.0409-0.06990.2372-0.04480.105-7.4518-23.949133.8732
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 4:31)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 32:70)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 71:101)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 102:180)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 181:196)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 197:226)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 227:249)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 250:254)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 255:266)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 267:285)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 286:317)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 318:322)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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