PDB-2h4p: Crystal structure of wildtype MENT in the cleaved conformation

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2h4p

タイトル

Crystal structure of wildtype MENT in the cleaved conformation

要素

(Heterochromatin-associated protein MENT) x 2

キーワード

HYDROLASE INHIBITOR / Serine protease inhibitor / Serpin

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleate erythrocyte maturation / chromosome condensation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / chromatin DNA binding / chromatin organization / chromatin / extracellular space / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Buckle, A.M. / McGowan, S. / Irving, J.A. / Whisstock, J.C.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2006
タイトル: X-ray crystal structure of MENT: evidence for functional loop-sheet polymers in chromatin condensation.
著者: McGowan, S. / Buckle, A.M. / Irving, J.A. / Ong, P.C. / Bashtannyk-Puhalovich, T.A. / Kan, W.T. / Henderson, K.N. / Bulynko, Y.A. / Popova, E.Y. / Smith, A.I. / Bottomley, S.P. / Rossjohn, J. ...

履歴

登録	2006年5月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年7月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2h4p.cif.gz	97 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2h4p.ent.gz	70.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2h4p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2h4p_validation.pdf.gz	432.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2h4p_full_validation.pdf.gz	434.9 KB	表示
XML形式データ	2h4p_validation.xml.gz	18.1 KB	表示
CIF形式データ	2h4p_validation.cif.gz	26.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/2h4p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/2h4p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2dutC 2h4qC 2h4rC 1hleS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6hge-4 2riw-d 4zk3-d 6fho-d 4rsq-12 4rsq-5 4rsq-9 3q03-2 5om7-d 3m13-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Heterochromatin-associated protein MENT

B: Heterochromatin-associated protein MENT

49.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.486, 47.526, 57.794
Angle α, β, γ (deg.)	96.89, 93.81, 116.65
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Heterochromatin-associated protein MENT / MENT 分子量: 45267.750 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-369 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: ment-1 / プラスミド: PET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O73790
#2: タンパク質・ペプチド	Heterochromatin-associated protein MENT / MENT 分子量: 4186.003 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 377-409 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: ment-1 / プラスミド: PET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O73790
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.93 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 15% PEG 8000, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

Reflection

Av σ(I) over netI: 21.2 / 数: 73300 / R_merge(I) obs: 0.04 / Χ²: 1.26 / D res high: 1.7 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 40805 / % possible obs: 85.2

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared
3.66	30	94.4	1	0.036	0.978
2.91	3.66	98.3	1	0.03	0.994
2.54	2.91	98.2	1	0.034	1.069
2.31	2.54	97.9	1	0.043	1.197
2.14	2.31	96.6	1	0.054	1.303
2.02	2.14	92.8	1	0.07	1.427
1.91	2.02	85.1	1	0.088	1.486
1.83	1.91	74.6	1	0.11	1.514
1.76	1.83	62.5	1	0.15	1.607
1.7	1.76	51	1	0.159	1.566

反射

解像度: 1.7→30 Å / Num. all: 40805 / Num. obs: 40805 / % possible obs: 85.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / R_merge(I) obs: 0.04 / Χ²: 1.259 / Net I/σ(I): 21.2

反射シェル

解像度: 1.7→1.76 Å / R_merge(I) obs: 0.159 / Num. unique all: 2435 / Χ²: 1.566 / % possible all: 51

-
位相決定

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	56.796 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
ADSC		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HLE

1hle

解像度: 1.7→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 4.203 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.214	2077	5.1 %	RANDOM
R_work	0.191	-	-	-
all	0.192	40804	-	-
obs	0.192	40804	84.78 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.253 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.77 Å²	3.09 Å²	0.71 Å²
2-	-	1.99 Å²	0.12 Å²
3-	-	-	-2.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3024	0	0	287	3311

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.022	3084
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2809
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.805	1.954	4162
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.634	3	6514
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.354	5	380
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.247	24.308	130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.394	15	545
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.113	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.05	0.2	477
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	3365
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	628
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.171	0.2	585
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.153	0.2	2773
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	1495
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.078	0.2	1734
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.078	0.2	275
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.042	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.117	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.11	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.65	3	2011
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.095	3	766
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.038	5	3092
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.5	7	1259
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.182	10	1070

LS精密化シェル

解像度: 1.696→1.74 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.323	81	-
R_work	0.241	1561	-
obs	-	1642	46.52 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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