PDB-2h4e: Crystal structure of Cys10 sulfonated transthyretin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2h4e

タイトル

Crystal structure of Cys10 sulfonated transthyretin

要素

Transthyretin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Amyloid / Sulfite / Transthyretin / Familial amyloidotic polyneuropathy

機能・相同性

機能・相同性情報

Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Gales, L. / Damas, A.M.

引用

ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2007
タイトル: Structural basis for the protective role of sulfite against transthyretin amyloid formation.
著者: Gales, L. / Saraiva, M.J. / Damas, A.M.

履歴

登録	2006年5月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年1月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2h4e.cif.gz	63.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2h4e.ent.gz	46.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2h4e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2h4e_validation.pdf.gz	449 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2h4e_full_validation.pdf.gz	449.8 KB	表示
XML形式データ	2h4e_validation.xml.gz	14 KB	表示
CIF形式データ	2h4e_validation.cif.gz	19.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/2h4e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/2h4e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1f86S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3a4d-1 5h0x-1 1f86-2 4tnf-1 4pwe-1 3do4-2 4tl5-1 6e75-1 5u4b-1 5h0z-1 4tlk-1 4tls-1 3a4e-1 1sok-1 4tne-1 2g9k-1 1iii-1 1f41-1 4i85-1 5akv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (14) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (10) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (14)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (10)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (1)
#237 - 2019年9月
ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Transthyretin

B: Transthyretin

ヘテロ分子

27.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transthyretin

B: Transthyretin

ヘテロ分子

A: Transthyretin

B: Transthyretin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.331, 85.945, 63.404
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-525- HOH

#1: タンパク質	Transthyretin / Prealbumin / TBPA / TTR / ATTR 分子量: 13857.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTR, PALB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02766
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.85 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: 0.2M sodium acetate, 2.0 M ammonium sulphate, 6 % glycerol, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→63.4 Å / Num. all: 39635 / Num. obs: 39607 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.5 % / R_merge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 28.5
反射シェル	解像度: 1.45→1.53 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.303 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1F86

1f86

解像度: 1.45→63.37 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 1.989 / SU ML: 0.039 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19818	2104	5 %	RANDOM
R_work	0.18289	-	-	-
obs	0.18365	39607	99.93 %	-
all	-	39635	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.277 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.22 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.45 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→63.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1786	0	5	221	2012

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	1813
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.22	1.945	2482
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.801	5	232
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.697	24.03	67
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.056	15	273
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.189	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	288
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1350
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.192	0.2	746
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.31	0.2	1232
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.105	0.2	158
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.17	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.112	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.824	1.5	1175
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.368	2	1875
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.972	3	728
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.903	4.5	605
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.451→1.488 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.234	178	-
R_work	0.219	2833	-
obs	-	-	99.93 %

精密化 TLS

S11: -0.027 Å ° / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9893	-0.4163	-0.0035	1.0556	0.1061	0.5822	-0.0639	0.1019	0.0668	-0.0387	-0.0314	0.0228	-0.0026	0.0657	-0.0261	0.002	0.008	-0.0324	-0.0151	-0.0297	-20.6574	13.2679	-6.1775
2	0.6166	0.2539	-0.2086	1.4624	-0.4887	0.6605	0.0766	0.0882	-0.0644	-0.0294	0.0759	0.0207	0.0238	0.0564	-0.0264	-0.0026	0.006	-0.0214	0.0149	-0.0398	-23.5338	12.9427	-25.3289

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	10 - 124	10 - 124
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	10 - 124	10 - 124

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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