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万見
- PDB-2h3l: Crystal Structure of ERBIN PDZ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h3l
タイトルCrystal Structure of ERBIN PDZ
要素LAP2 protein
キーワードCELL ADHESION / PDZ Domain
機能・相同性
機能・相同性情報


basal protein localization / ErbB-2 class receptor binding / negative regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / hemidesmosome / postsynaptic specialization / intermediate filament cytoskeleton organization / negative regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / RHOB GTPase cycle ...basal protein localization / ErbB-2 class receptor binding / negative regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / hemidesmosome / postsynaptic specialization / intermediate filament cytoskeleton organization / negative regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / RHOB GTPase cycle / Drug-mediated inhibition of ERBB2 signaling / Resistance of ERBB2 KD mutants to trastuzumab / Resistance of ERBB2 KD mutants to sapitinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to tesevatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to neratinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to osimertinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to afatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to AEE788 / Resistance of ERBB2 KD mutants to lapatinib / Drug resistance in ERBB2 TMD/JMD mutants / RHOC GTPase cycle / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / response to muramyl dipeptide / RHOG GTPase cycle / basement membrane / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / protein targeting / Signaling by ERBB2 / RAC1 GTPase cycle / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / basal plasma membrane / integrin-mediated signaling pathway / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / Signaling by ERBB2 ECD mutants / neuromuscular junction / epidermal growth factor receptor signaling pathway / Signaling by ERBB2 KD Mutants / structural constituent of cytoskeleton / Downregulation of ERBB2 signaling / cell junction / cellular response to tumor necrosis factor / basolateral plasma membrane / nuclear membrane / response to lipopolysaccharide / cell adhesion / nuclear speck / signaling receptor binding / glutamatergic synapse / signal transduction / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / PDZ domain / Pdz3 Domain / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / PDZ domain ...: / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / PDZ domain / Pdz3 Domain / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / PDZ domain / Leucine-rich repeat / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1 Å
データ登録者Appleton, B.A. / Zhang, Y. / Wu, P. / Yin, J.P. / Hunziker, W. / Skelton, N.J. / Sidhu, S.S. / Wiesmann, C.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Comparative structural analysis of the Erbin PDZ domain and the first PDZ domain of ZO-1. Insights into determinants of PDZ domain specificity.
著者: Appleton, B.A. / Zhang, Y. / Wu, P. / Yin, J.P. / Hunziker, W. / Skelton, N.J. / Sidhu, S.S. / Wiesmann, C.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Convergent and Divergent Ligand Specificity Amongst the PDZ Domains of the LAP and ZO Families
著者: Zhang, Y. / Yeh, S. / Appleton, B.A. / Held, H.A. / Kausalya, J.P. / Phua, D.C.Y. / Wong, W.L. / Lasky, L.A. / Wiesmann, C. / Hunziker, W. / Sidhu, S.S.
履歴
登録2006年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LAP2 protein
B: LAP2 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3932
ポリマ－22,3932
非ポリマー00
水4,828268
1
A: LAP2 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1971
ポリマ－11,1971
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: LAP2 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1971
ポリマ－11,1971
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.864, 44.032, 57.265
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.18, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 LAP2 protein / Erbb2-interacting protein / Erbin / Densin-180-like protein


分子量: 11196.597 Da / 分子数: 2 / 断片: PDZ domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERBIN / プラスミド: pET22d / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96RT1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.44 %
結晶化温度: 292 K / pH: 7.5
詳細: 0.1 M TRIS-HCL, 35% PEG 4000, pH 7.5-8.5, vapor diffusion, temperature 292K, pH 7.50

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.849
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年5月2日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Mx-ray1
放射波長波長: 0.849 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1→30 Å / Num. obs: 100042 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.2 % / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル解像度: 1→1.04 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.517 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry: 1MFG

1mfg


解像度: 1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 0.66 / SU ML: 0.016 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.024 / ESU R Free: 0.025 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.169 4711 5 %RANDOM
Rwork0.148 ---
all0.14872 100218 --
obs-94642 94.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.19 Å20 Å2-0.04 Å2
2--0.11 Å20 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1543 0 0 268 1811
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0221570
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021450
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5181.972118
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82133384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.325199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.20724.53375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.96315272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2971512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2232
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021769
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02303
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2280.2254
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.190.21403
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1690.2766
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.080.2947
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1240.2151
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0930.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2130.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1590.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.7072.51271
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3572.5419
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.36551599
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.2392.5633
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.9985519
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.03533505
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free15.0685268
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.65952993
LS精密化 シェル解像度: 1→1.02 Å / Total num. of bins used: 25
Rfactor反射数%反射
Rfree0.222 231 -
Rwork0.228 4732 -
obs--83.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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