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- PDB-2h31: Crystal structure of human PAICS, a bifunctional carboxylase and ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h31
タイトルCrystal structure of human PAICS, a bifunctional carboxylase and synthetase in purine biosynthesis
要素Multifunctional protein ADE2
キーワードLIGASE / LYASE / alpha-beta-alpha
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoribosylaminoimidazole carboxylase / : / phosphoribosylaminoimidazole carboxylase activity / phosphoribosylaminoimidazolesuccinocarboxamide synthase / phosphoribosylaminoimidazolesuccinocarboxamide synthase activity / purine nucleobase biosynthetic process / 'de novo' XMP biosynthetic process / Purine ribonucleoside monophosphate biosynthesis / 'de novo' AMP biosynthetic process / GMP biosynthetic process ...phosphoribosylaminoimidazole carboxylase / : / phosphoribosylaminoimidazole carboxylase activity / phosphoribosylaminoimidazolesuccinocarboxamide synthase / phosphoribosylaminoimidazolesuccinocarboxamide synthase activity / purine nucleobase biosynthetic process / 'de novo' XMP biosynthetic process / Purine ribonucleoside monophosphate biosynthesis / 'de novo' AMP biosynthetic process / GMP biosynthetic process / 'de novo' IMP biosynthetic process / cadherin binding / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Class II PurE / SAICAR synthetase signature 1. / SAICAR synthetase signature 2. / SAICAR synthetase, conserved site / SAICAR synthetase/ADE2, N-terminal / SAICAR synthetase / PurE domain / AIR carboxylase / AIR carboxylase / Rossmann fold - #1970 ...Class II PurE / SAICAR synthetase signature 1. / SAICAR synthetase signature 2. / SAICAR synthetase, conserved site / SAICAR synthetase/ADE2, N-terminal / SAICAR synthetase / PurE domain / AIR carboxylase / AIR carboxylase / Rossmann fold - #1970 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBON DIOXIDE / Bifunctional phosphoribosylaminoimidazole carboxylase/phosphoribosylaminoimidazole succinocarboxamide synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Li, S.-X. / Tong, Y.-P. / Xie, X.-C. / Li, S.-G. / Bi, R.-C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Octameric structure of the human bifunctional enzyme PAICS in purine biosynthesis.
著者: Li, S.X. / Tong, Y.P. / Xie, X.C. / Wang, Q.H. / Zhou, H.N. / Han, Y. / Zhang, Z.Y. / Gao, W. / Li, S.G. / Zhang, X.C. / Bi, R.C.
履歴
登録2006年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multifunctional protein ADE2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5072
ポリマ－47,4631
非ポリマー441
水41423
1
A: Multifunctional protein ADE2
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)380,05916
ポリマ－379,7078
非ポリマー3528
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation5_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation6_556x,-y,-z+11
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation8_556-y,-x,-z+11
Buried area40220 Å2
ΔGint-231 kcal/mol
Surface area116570 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)133.666, 133.666, 60.618
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number89
Space group name H-MP422
詳細The biological assembly is a octamer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: -x,-y,z and -y,x,z and y,-x,z and -x,y,-z and x,-y,-z and y,x,-z and -y,-x,-z.

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要素

#1: タンパク質 Multifunctional protein ADE2 / Phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase / Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase


分子量: 47463.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PAICS, ADE2, AIRC, PAIS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P22234, phosphoribosylaminoimidazolesuccinocarboxamide synthase, phosphoribosylaminoimidazole carboxylase
#2: 化合物 ChemComp-CO2 / CARBON DIOXIDE / 二酸化炭素


分子量: 44.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.86 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.0M succinic acid pH 7.0, 0.1M hepes pH 7.0, 0.5%(w/v) PEG1500, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 0.9780, 0.9796, 0.9643
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月28日
放射モノクロメーター: SGM-TRAIN / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9781
20.97961
30.96431
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 14136 / Num. obs: 14136 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
ADSCデータ収集
HKL-2000データ削減
SOLVE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.287 1375 RANDOM
Rwork0.241 --
all0.245 14136 -
obs0.245 12062 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2978 0 3 23 3004
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.534

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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