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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2h2n | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human soluble calcium-activated nucleotidase (SCAN) with calcium ion | ||||||
要素 | Soluble calcium-activated nucleotidase 1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / NUCLEOTIDASE / FIVE-BLADE BETA PROPELLER / CALCIUM-BINDING PROTEIN / NUCLEOTIDE-BINDING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nucleoside diphosphate phosphatase / UDP phosphatase activity / ADP phosphatase activity / GDP phosphatase activity / proteoglycan biosynthetic process / Golgi cisterna membrane / specific granule lumen / tertiary granule lumen / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / ficolin-1-rich granule lumen ...nucleoside diphosphate phosphatase / UDP phosphatase activity / ADP phosphatase activity / GDP phosphatase activity / proteoglycan biosynthetic process / Golgi cisterna membrane / specific granule lumen / tertiary granule lumen / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / ficolin-1-rich granule lumen / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Yang, M. / Horii, K. / Herr, A.B. / Kirley, T.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006 タイトル: Calcium-dependent dimerization of human soluble calcium activated nucleotidase: characterization of the dimer interface. 著者: Yang, M. / Horii, K. / Herr, A.B. / Kirley, T.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2h2n.cif.gz | 141.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2h2n.ent.gz | 108.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2h2n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2h2n_validation.pdf.gz | 451.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2h2n_full_validation.pdf.gz | 463.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2h2n_validation.xml.gz | 27.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2h2n_validation.cif.gz | 38.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/2h2n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/2h2n | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a dimer (chains A and B) in the asymmetric unit. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37808.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CANT1, SHAPY / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q8WVQ1, nucleoside diphosphate phosphatase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ACT / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.38 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: 8% PEG 4000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate pH4.8, 10 mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54178 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年11月20日 / 詳細: OSMIC CONFOCAL MIRRORS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: OSMIC CONFOCAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.3→31.08 Å / Num. obs: 27727 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.43 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Χ2: 0.9 / Net I/σ(I): 17.9 / Scaling rejects: 1641 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→31.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 7.05 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.388 / ESU R Free: 0.259 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.747 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→31.08 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
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