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万見
- PDB-2h2m: Solution Structure of the N-terminal domain of COMMD1 (Murr1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h2m
タイトルSolution Structure of the N-terminal domain of COMMD1 (Murr1)
要素COMM domain-containing protein 1
キーワードMETAL TRANSPORT / all alpha-helical
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cholesterol import / positive regulation of endosome to plasma membrane protein transport / negative regulation of sodium ion transmembrane transport / negative regulation of hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / plasma membrane to endosome transport / low-density lipoprotein particle clearance / regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / copper ion homeostasis / negative regulation of protein localization to cell surface / phosphatidic acid binding ...positive regulation of cholesterol import / positive regulation of endosome to plasma membrane protein transport / negative regulation of sodium ion transmembrane transport / negative regulation of hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / plasma membrane to endosome transport / low-density lipoprotein particle clearance / regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / copper ion homeostasis / negative regulation of protein localization to cell surface / phosphatidic acid binding / Golgi to plasma membrane transport / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / positive regulation of protein localization to cell surface / sodium channel inhibitor activity / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / protein localization to cell surface / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / positive regulation of protein ubiquitination / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / cholesterol homeostasis / nucleotide-excision repair / protein destabilization / recycling endosome / protein transport / Neddylation / early endosome / endosome membrane / endosome / copper ion binding / protein homodimerization activity / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
COMMD1 N-terminal domain / COMM domain-containing protein 1 / COMMD1 N-terminal domain / COMM domain / COMM domain / COMM domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
COMM domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR
データ登録者Sommerhalter, M. / Zhang, Y. / Rosenzweig, A.C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Solution Structure of the COMMD1 N-terminal Domain.
著者: Sommerhalter, M. / Zhang, Y. / Rosenzweig, A.C.
履歴
登録2006年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COMM domain-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9111
ポリマ－11,9111
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 80structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 COMM domain-containing protein 1 / Protein Murr1


分子量: 11910.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COMMD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N668

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-edited NOESY
1223D 13C-edited NOESY
1322D aromatic NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.6mM N-COMMD1, U-15N,13C 25mM phosphate buffer, 50mM NaCl, pH 6.1, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
20.95mM N-COMMD1, U-15N,13C 25mM phosphate buffer, 50mM NaCl, pH 6.1, 100% D2O100% D2O
試料状態イオン強度: 50mM NaCl / pH: 6.1 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeDeLaglio解析
ARIA1.2Linge構造決定
ARIA1.2Linge精密化
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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