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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 3lcn | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | Nab2:Gfd1 complex | ||||||
要素 |
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キーワード | NUCLEAR PROTEIN / nuclear mRNA export / Metal-binding / Nucleus / RNA-binding / Zinc-finger / Membrane / mRNA transport / Nuclear pore complex / Phosphoprotein / Protein transport / Translocation / Transport | ||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報spliceosome-depend formation of circular RNA / ribonuclease P RNA binding / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / 7S RNA binding / poly(A) binding / poly(A)+ mRNA export from nucleus / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / nuclear pore / mRNA export from nucleus / regulation of mRNA stability ...spliceosome-depend formation of circular RNA / ribonuclease P RNA binding / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / 7S RNA binding / poly(A) binding / poly(A)+ mRNA export from nucleus / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / nuclear pore / mRNA export from nucleus / regulation of mRNA stability / protein transport / nuclear membrane / 5S rRNA binding / tRNA binding / mRNA binding / protein-containing complex binding / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
| 生物種 | ![]() | ||||||
| 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Stewart, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010タイトル: Structural basis for the function of the Saccharomyces cerevisiae Gfd1 protein in mRNA nuclear export. 著者: Zheng, C. / Fasken, M.B. / Marshall, N.J. / Brockmann, C. / Rubinson, M.E. / Wente, S.R. / Corbett, A.H. / Stewart, M. | ||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 3lcn.cif.gz | 153.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb3lcn.ent.gz | 126.3 KB | 表示 | PDB形式 |
| PDBx/mmJSON形式 | 3lcn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/3lcn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/3lcn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
| 関連構造データ | ![]() 2v75S S: 精密化の開始モデル |
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| 類似構造データ |
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リンク
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集合体
| 登録構造単位 | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| 単位格子 |
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| Components on special symmetry positions |
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要素
| #1: タンパク質 | 分子量: 11461.874 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 1-105 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: NAB2, YGL122C / プラスミド: pET20a / 発現宿主: ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3543.208 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 123-151 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: GFD1, YM9920.09, YMR255W / プラスミド: pGEX-TEV / 発現宿主: ![]() #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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試料調製
| 結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.89 % |
|---|---|
| 結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 150 mM Zn acetate, 12% PEG400, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
| 回折 | 平均測定温度: 100 K |
|---|---|
| 放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9879 Å |
| 検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月8日 / 詳細: Si (111) |
| 放射 | モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
| 放射波長 | 波長: 0.9879 Å / 相対比: 1 |
| 反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. all: 17741 / Num. obs: 17741 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 13.5 |
| 反射 シェル | 解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.335 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 95.3 |
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解析
| ソフトウェア |
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| 精密化 | 構造決定の手法: 分子置換開始モデル: PDB entry 2V75 解像度: 2→19.073 Å / SU ML: 0.2 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.7 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: see publication for full details
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| 溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.552 Å2 / ksol: 0.438 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 原子変位パラメータ |
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| 精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→19.073 Å
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| 拘束条件 |
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| LS精密化 シェル |
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| 精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| 精密化 TLSグループ |
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コントローラー
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