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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3lcn | ||||||
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Title | Nab2:Gfd1 complex | ||||||
![]() |
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![]() | NUCLEAR PROTEIN / nuclear mRNA export / Metal-binding / Nucleus / RNA-binding / Zinc-finger / Membrane / mRNA transport / Nuclear pore complex / Phosphoprotein / Protein transport / Translocation / Transport | ||||||
Function / homology | ![]() spliceosome-depend formation of circular RNA / ribonuclease P RNA binding / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / 7S RNA binding / poly(A) binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / poly(A)+ mRNA export from nucleus / nuclear pore / mRNA export from nucleus / regulation of mRNA stability ...spliceosome-depend formation of circular RNA / ribonuclease P RNA binding / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / 7S RNA binding / poly(A) binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / poly(A)+ mRNA export from nucleus / nuclear pore / mRNA export from nucleus / regulation of mRNA stability / protein transport / 5S rRNA binding / nuclear membrane / tRNA binding / mRNA binding / protein-containing complex binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stewart, M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural basis for the function of the Saccharomyces cerevisiae Gfd1 protein in mRNA nuclear export. Authors: Zheng, C. / Fasken, M.B. / Marshall, N.J. / Brockmann, C. / Rubinson, M.E. / Wente, S.R. / Corbett, A.H. / Stewart, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 153.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 126.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 456.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 11.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 15.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 2v75S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 11461.874 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: sequence database residues 1-105 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: NAB2, YGL122C / Plasmid: pET20a / Production host: ![]() ![]() #2: Protein/peptide | Mass: 3543.208 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: sequence database residues 123-151 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: GFD1, YM9920.09, YMR255W / Plasmid: pGEX-TEV / Production host: ![]() ![]() #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.12 Å3/Da / Density % sol: 41.89 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 150 mM Zn acetate, 12% PEG400, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 8, 2008 / Details: Si (111) |
Radiation | Monochromator: Si (111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9879 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→20 Å / Num. all: 17741 / Num. obs: 17741 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 13.5 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.11 Å / Redundancy: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.335 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 95.3 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 2V75 Resolution: 2→19.073 Å / SU ML: 0.2 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 1.37 / Phase error: 19.7 / Stereochemistry target values: ML / Details: see publication for full details
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.552 Å2 / ksol: 0.438 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→19.073 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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