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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2h0e | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of PucM in the absence of substrate | ||||||
要素 | Transthyretin-like protein pucM | ||||||
キーワード | HYDROLASE / BETA SANDWITCH / HIU | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hydroxyisourate hydrolase / hydroxyisourate hydrolase activity / urate catabolic process / purine nucleobase metabolic process / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Rhee, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006 タイトル: Structural and functional analysis of PucM, a hydrolase in the ureide pathway and a member of the transthyretin-related protein family. 著者: Jung, D.-K. / Lee, Y. / Park, S.G. / Park, B.C. / Kim, G.-H. / Rhee, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2h0e.cif.gz | 60 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2h0e.ent.gz | 43.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2h0e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2h0e_validation.pdf.gz | 448.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2h0e_full_validation.pdf.gz | 453.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2h0e_validation.xml.gz | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2h0e_validation.cif.gz | 16.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/2h0e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/2h0e | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | Chain A and B independently forms a homotetrmer. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13703.716 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O32142 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.25 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.2 / 詳細: pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6B / 波長: 0.97948, 0.97964, 0.97180 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: BRUKER PROTEUM 300 / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月12日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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Reflection | D res high: 2.2 Å / D res low: 50 Å
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Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 20441 / Num. obs: 20441 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Χ2: 1.035 / Net I/σ(I): 12.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 多波長異常分散 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing set |
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Phasing MAD | D res high: 2.32 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.56 / 反射: 17215 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set |
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Phasing MAD set site |
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Phasing MAD shell |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→50 Å / σ(F): 3393 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 34.267 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.352 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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