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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2gxf | ||||||
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タイトル | X-Ray Crystal Structure of Protein YybH from Bacillus subtilis. Northeast Structural Genomics Consortium Target SR506. | ||||||
![]() | Hypothetical protein yybH | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / alpha-beta protein. / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG | ||||||
機能・相同性 | SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta / Uncharacterized protein YybH![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Forouhar, F. / Abashidze, M. / Jayaraman, S. / Cunningham, K. / Fang, Y. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. ...Forouhar, F. / Abashidze, M. / Jayaraman, S. / Cunningham, K. / Fang, Y. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of the Hypothetical Protein YybH from Bacillus subtilis, Northeast Structural Genomics Target SR506 著者: Forouhar, F. / Abashidze, M. / Jayaraman, S. / Cunningham, K. / Fang, Y. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 103.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 86.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16408.705 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MES / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.94 % / 解説: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS. |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.15 詳細: 100mM MES (pH 6.15), 22% PEG5kMME, 200mM ammonium sulfate, and 5mM DTT., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月28日 / 詳細: mirrors. | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 3.1→29.42 Å / Num. all: 22751 / Num. obs: 22660 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 46.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 15.17 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.585 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 2252 / Rsym value: 0.584 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.266245 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 52.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→29.42 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.1→3.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
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