PDB-2gx9: X-ray structure of influenza virus NS1 effector domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gx9

タイトル

X-ray structure of influenza virus NS1 effector domain

要素

NS1 Effector Domain

キーワード

TRANSCRIPTION / VIRUS/VIRAL PROTEIN / NS1 / Influenza / Effector Domain / alpha-helix beta-crescent / VIRUS-VIRAL PROTEIN COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

Inhibition of IFN-beta / Inhibition of PKR / Inhibition of Host mRNA Processing and RNA Silencing / symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / RIPK1-mediated regulated necrosis / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 /

多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Bornholdt, Z.A. / Prasad, B.V.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: X-ray structure of influenza virus NS1 effector domain.
著者: Bornholdt, Z.A. / Prasad, B.V.

履歴

登録	2006年5月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年5月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2020年9月9日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: struct / struct_conn ...struct / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _struct.title / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag ..._struct.title / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gx9.cif.gz	69.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gx9.ent.gz	50.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gx9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gx/2gx9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gx/2gx9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3p39-3 5dni-d 6qp5-d 1mdw-2 6oqc-d 3p39-2 7b43-1 3gls-1 6iuo-d 7b40-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #85 - 2007年1月インポーチン (Importins) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#85 - 2007年1月
インポーチン (Importins)
類似性 (1)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (1)
#165 - 2013年9月
人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (1)
#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (1)

登録構造単位

A: NS1 Effector Domain

B: NS1 Effector Domain

ヘテロ分子

29.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.000, 59.000, 268.022
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	95
Space group name H-M	P4₃22

#1: タンパク質	NS1 Effector Domain / Nonstructural protein NS1 分子量: 14736.932 Da / 分子数: 2 / 断片: NS1 Effector Domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス) 株: A/Puerto Rico/8/34 / 遺伝子: Segment 8 - NS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q71QT3, UniProt: Q6LD08*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.9 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 200 mM NaSCN, 100 mM Hepes pH 6.8, 16% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 200 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97909 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月13日
放射	モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97909 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 28692 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	33.897	21.535	12.743	S	20	1
2	50.016	18.506	10.346	S	20	0.994
3	18.436	17.218	15.004	S	20	0.911
4	6.851	15.778	4.784	S	20	0.893
5	2.093	16.338	11.334	S	20	0.856
6	45.262	13.521	6.259	S	20	0.852
7	29.496	19.605	14.058	S	20	0.792
8	-1.47	4.076	11.931	S	20	0.536
9	4.869	25.074	-0.103	S	20	0.4
10	22.869	19.477	13.896	S	20	0.371
11	11.374	12.696	28.464	S	20	0.346
12	9.135	23.312	23.769	S	20	0.312
13	39.622	11.198	-4.364	S	20	0.164
14	16.608	18.921	12.41	S	20	0.153
15	15.386	16.664	13.17	S	20	0.144
16	43.699	15.406	3.42	S	20	0.144
17	7.693	16.062	10.659	S	20	0.125
18	18.934	34.879	10.743	S	20	0.116
19	-3.644	17.285	29.048	S	20	0.104
20	17.505	14.097	11.915	S	20	0.091
21	49.459	17.082	14.182	S	20	0.079
22	32.604	21.159	16.215	S	20	0.036

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 33028

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
8.23-100	78.6	0.719	502
6.55-8.23	66.4	0.854	512
5.61-6.55	66.1	0.843	617
4.98-5.61	63.1	0.885	679
4.53-4.98	61.6	0.887	728
4.18-4.53	60.8	0.893	802
3.9-4.18	63	0.869	863
3.67-3.9	62.3	0.88	910
3.47-3.67	60.3	0.879	950
3.31-3.47	64.3	0.86	1032
3.16-3.31	61.9	0.861	1069
3.04-3.16	64.2	0.835	1104
2.93-3.04	62.5	0.828	1121
2.82-2.93	64.9	0.801	1186
2.73-2.82	63.4	0.816	1222
2.65-2.73	66.3	0.794	1253
2.57-2.65	63.4	0.782	1272
2.5-2.57	68.4	0.768	1338
2.44-2.5	64.2	0.777	1345
2.38-2.44	67.4	0.759	1381
2.33-2.38	70.8	0.747	1434
2.27-2.33	68.4	0.727	1422
2.23-2.27	72.7	0.721	1512
2.18-2.23	72.2	0.699	1497
2.14-2.18	73.8	0.706	1543
2.1-2.14	77.2	0.698	1544
2.06-2.1	76.8	0.686	1618
2-2.06	79.1	0.63	2572

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定
直接法	5	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 7.179 / SU ML: 0.097 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.137
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.223	1432	5 %	RANDOM
R_work	0.206	-	-	-
all	0.207	-	-	-
obs	0.207	28692	99.48 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.881 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.18 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1950	0	9	270	2229

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	1989
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.654	1.973	2689
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.045	5	247
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.642	23.976	83
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.156	15	363
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.12	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	315
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1452
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.233	0.2	889
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.298	0.2	1407
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.19	0.2	172
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.241	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.333	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.829	1.5	1246
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.614	2	2013
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.635	3	743
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.326	4.5	676

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.276	99	-
R_work	0.224	1940	-
obs	-	2039	99.8 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4407	0.3464	-3.0112	0.8924	-0.9492	2.6314	-0.0741	-0.3064	0.097	0.1212	0.0312	-0.0645	-0.062	0.0457	0.0429	-0.1979	0.0227	-0.0282	0.1911	-0.0088	-0.1126	39.4214	19.478	17.0457
2	2.181	0.1775	0.7655	0.8143	-0.0122	1.2415	-0.0627	-0.1129	-0.0407	0.0184	0.052	-0.0154	-0.0814	0.0365	0.0107	-0.1872	0.0239	-0.0029	0.1479	-0.02	-0.1018	12.041	20.8797	15.9008

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	79 - 205	1 - 127
2	2	B	B	86 - 207	8 - 129

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