PDB-2gwk: SpvB ADP-ribosylated actin: orthorhombic crystal form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gwk

タイトル

SpvB ADP-ribosylated actin: orthorhombic crystal form

要素

Actin, alpha skeletal muscle

キーワード

CONTRACTILE PROTEIN / actin / ADP-ribosylation

機能・相同性

機能・相同性情報

cytoskeletal motor activator activity / myosin heavy chain binding / tropomyosin binding / actin filament bundle / troponin I binding / filamentous actin / mesenchyme migration / actin filament bundle assembly / skeletal muscle myofibril / striated muscle thin filament ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Stebbins, C.E. / Margarit, S.M.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: A steric antagonism of actin polymerization by a salmonella virulence protein.
著者: Margarit, S.M. / Davidson, W. / Frego, L. / Stebbins, C.E.

履歴

登録	2006年5月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gwk.cif.gz	171.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gwk.ent.gz	134.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gwk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2gwk_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2gwk_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	2gwk_validation.xml.gz	43 KB	表示
CIF形式データ	2gwk_validation.cif.gz	58.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/2gwk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/2gwk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2gwjC 2gwlC 2gwmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1lcu-d 1rfq-d 4yvi-d 6izv-d 4gdk-d 6jxn-d 4g0b-3 4yvk-d 5nmw-1 4ade-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (10) #18 - 2001年6月ミオシン (Myosin) 類似性 (9) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Actin, alpha skeletal muscle

B: Actin, alpha skeletal muscle

ヘテロ分子

83.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.385, 102.348, 123.803
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Actin, alpha skeletal muscle / Alpha-actin-1 分子量: 41387.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P68135
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 618 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.97 %

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 0.979 Å
検出器	日付: 2004年10月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→99 Å / Num. obs: 85152

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類	NB
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→32 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 6.683 / SU ML: 0.089 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.211	4084	5.1 %	RANDOM
R_work	0.171	-	-	-
all	0.173	-	-	-
obs	0.172	80138	92.47 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.432 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.37 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5708	0	64	618	6390

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	5897
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	5329
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.835	1.983	8001
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.217	3	12417
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.297	5	720
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.824	23.944	251
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.685	15	1008
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.152	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	890
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	6446
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1162
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.246	0.2	1273
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.212	0.2	5519
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	2862
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.093	0.2	3262
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.218	0.2	487
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.29	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.049	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.209	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.28	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.199	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.004	1.5	3757
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.273	1.5	1481
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.343	2	5862
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.593	3	2511
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.642	4.5	2139

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.273	309	-
R_work	0.208	5324	-
obs	-	5633	89.26 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5662	-0.8479	0.9242	2.0736	-0.3611	2.8305	-0.0104	0.1118	-0.1763	-0.1661	-0.0332	0.2388	0.0723	-0.1991	0.0436	-0.2185	-0.0314	-0.0232	-0.1344	-0.0105	-0.1142	30.907	20.177	55.422
2	3.2487	-1.155	-1.1261	1.2067	0.9099	0.8719	-0.1038	-0.138	0.1176	0.0559	0.0556	-0.0276	-0.1399	0.0074	0.0483	-0.1956	-0.0218	-0.027	-0.1364	0.0175	-0.1478	40.624	25.289	66.56
3	5.7178	0.6833	1.6514	3.1379	0.455	4.1317	-0.1722	0.0831	0.0659	-0.0091	0.0359	-0.0959	-0.3343	0.1744	0.1362	-0.2229	-0.0167	0.0252	-0.1564	0.0035	-0.1645	55.735	21.22	58.973
4	5.4022	-0.0753	0.3055	4.0564	0.6454	4.6985	0.1508	1.4732	-1.1865	-0.7797	-0.1385	0.4694	0.3923	-0.3831	-0.0123	0.1089	-0.0112	-0.0698	0.4555	-0.3849	0.1331	48.271	5.913	36.653
5	4.3067	-0.0551	0.6367	1.3817	0.5586	1.2991	-0.056	0.4369	-0.448	-0.2173	0.0371	-0.1431	0.0404	0.1639	0.0189	-0.1611	-0.015	0.0478	-0.0663	-0.0522	-0.097	61.493	14.122	54.139
6	1.0438	-2.2413	-0.5305	11.1148	3.3759	1.0635	-0.2266	-0.4955	0.1314	0.6175	0.4005	-0.6292	0.013	0.1345	-0.1739	-0.0772	0.0049	-0.0103	-0.0382	0.0166	-0.0939	41.681	23.914	74.208
7	2.0584	-0.6838	-0.0338	3.9913	1.1778	3.3973	-0.1577	-0.1914	0.3885	0.2081	0.0999	-0.0943	-0.4907	0.1526	0.0578	-0.0255	-0.046	-0.0356	-0.1549	-0.098	-0.0788	59.558	45.952	98.231
8	2.2522	-1.0321	1.0474	3.563	-1.2837	2.5641	-0.0284	-0.0095	0.0199	-0.1284	-0.0257	0.2334	-0.105	-0.184	0.0542	-0.0952	-0.0323	0.0103	-0.1845	-0.0845	-0.0992	53.499	36.409	87.82
9	3.7415	1.0492	1.1949	9.9429	4.4674	5.4475	0.111	-0.1481	-0.2961	0.1723	-0.1614	0.3997	0.2061	-0.4364	0.0505	-0.05	-0.0404	0.0276	-0.1707	0.0042	-0.0393	53.988	21.47	97.391
10	3.765	-0.4111	1.4625	5.971	-0.2579	6.7474	-0.0049	-1.105	0.1265	1.7073	0.0526	-1.1991	-0.2162	0.4499	-0.0477	0.6576	-0.0425	-0.3626	0.282	-0.0239	0.1914	69.34	28.908	119.696
11	1.9624	0.4635	1.2725	5.602	-0.1192	3.1994	0.1864	-0.3063	-0.6257	0.759	-0.0678	-0.2154	0.4803	-0.0062	-0.1186	0.1446	-0.0284	-0.0556	-0.1225	0.0296	0.1026	59.61	15.312	103.297
12	8.4604	-2.6316	4.4828	1.1309	-1.2533	2.4389	0.3438	0.5227	-0.4767	-0.5952	-0.1232	0.1774	0.2371	0.1189	-0.2206	0.0062	-0.0213	0.0055	-0.0833	-0.0912	-0.0194	55.044	34.298	80.518
13	5.7958	-0.1199	-0.7298	18.6455	12.2641	8.1399	0.0626	0.9771	-0.6689	-0.1452	0.0976	-0.1879	0.2993	-0.0511	-0.1602	-0.1422	-0.0247	-0.0056	-0.0526	-0.12	-0.0943	44.441	12.453	50.504
14	0.6231	-2.5594	0.4639	10.5134	-1.9056	0.3454	-0.1972	-0.0215	0.0323	0.9024	-0.0349	-0.7483	-0.1608	0.1474	0.2321	0.0036	-0.0387	-0.0431	-0.0405	-0.0553	-0.0757	64.157	32.147	105.125
15	0.3894	0.078	0.2757	0.2754	0.1938	0.7963	-0.0204	0.0154	0.0065	0.0148	0.0228	-0.0002	-0.0187	-0.0073	-0.0024	-0.0417	-0.0171	0.0149	-0.0588	0.0047	0.0145	50.4409	25.1767	71.0363

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	5 - 99	1 - 95
2	2	A	A	100 - 146	96 - 142
3	3	A	A	147 - 181	143 - 177
4	4	A	A	182 - 261	178 - 257
5	5	A	A	262 - 338	258 - 334
6	6	A	A	339 - 375	335 - 371
7	7	B	B	5 - 99	1 - 95
8	8	B	B	100 - 146	96 - 142
9	9	B	B	147 - 181	143 - 177
10	10	B	B	182 - 261	178 - 257
11	11	B	B	262 - 338	258 - 334
12	12	B	B	339 - 375	335 - 371
13	13	A	C	1401	1
14	14	B	D	1501	1
15	15	A	G	1403 - 1671	1 - 269

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見について

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)