PDB-2gue: Crystal structure of a complex of griffithsin with N-acetylglucosamine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gue

タイトル

Crystal structure of a complex of griffithsin with N-acetylglucosamine

要素

griffithsin

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / griffithsin / lectins / domain swapping / mannose binding / HIV / SARS

機能・相同性

機能・相同性情報

N-acetylgalactosamine binding / D-glucose binding / D-mannose binding / carbohydrate binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Griffithsia (真核生物)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.02 Å

データ登録者

Ziolkowska, N.E. / Wlodawer, A.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: Domain-swapped structure of the potent antiviral protein griffithsin and its mode of carbohydrate binding.
著者: Ziolkowska, N.E. / O'keefe, B.R. / Mori, T. / Zhu, C. / Giomarelli, B. / Vojdani, F. / Palmer, K.E. / McMahon, J.B. / Wlodawer, A.

履歴

登録	2006年4月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年8月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gue.cif.gz	63.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gue.ent.gz	47.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gue.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/2gue ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/2gue	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2gtySC 2gucC 2gudC 2guxC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5zh6-d 3r0h-8 5a67-d 3v85-d 3r0h-3 3r0h-7 2gty-d 1pu7-2 1pu7-1 1pu8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: griffithsin

B: griffithsin

ヘテロ分子

27.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	33.83, 65.45, 96.18
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

griffithsin / GRFT

分子量: 12726.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Griffithsia (真核生物) / 属: Griffithsia / 発現宿主:

Nicotiana benthamiana (ナス科) / 参照: UniProt: P84801

#2: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#3: 化合物

...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル

分子量: 62.068 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.18 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 30% PEG 4000; crystal soaked in a reservoir solution supplemented with 50mM N-acetylglucosamine, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年12月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.02→50 Å / Num. all: 13606 / Num. obs: 13606 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / R_sym value: 0.085
反射シェル	解像度: 2.02→2.09 Å / % possible all: 56

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
DENZO		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2GTY

2gty

解像度: 2.02→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 11.632 / SU ML: 0.103 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.256 / ESU R Free: 0.23 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.274	670	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1993	-	-	-
all	0.1993	13606	-	-
obs	0.1993	13563	93.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.875 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.57 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.59 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.02→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1798	0	124	124	2046

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.021	1941
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.969	1.987	2578
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.227	5	240
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.123	23.494	83
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.085	15	274
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.033	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.121	0.2	260
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1451
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.246	0.2	926
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	1222
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.287	0.2	149
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.25	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.236	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.098	1.5	1219
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.796	2	1865
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.94	3	825
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.928	4.5	713
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.02→2.076 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.293	26	-
R_work	0.24	570	-
obs	-	-	54.23 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8719	-0.566	0.2861	2.8848	-0.8537	1.5006	-0.05	-0.1374	0.0768	0.1078	0.0909	-0.125	-0.0991	-0.0793	-0.0409	-0.0898	-0.0032	-0.0049	-0.0146	-0.0125	-0.0957	20.3385	46.1136	12.7534
2	1.2712	-0.2859	0.9654	3.6634	-0.9387	1.8651	0.1261	0.0272	-0.0813	-0.4282	-0.0832	0.2021	0.4403	0.0111	-0.0429	-0.0123	0.0125	-0.0063	-0.0984	0.0079	-0.1031	13.6904	29.5235	3.9095

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 121	1 - 121
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 121	1 - 121

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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