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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2gs4 | ||||||
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タイトル | The crystal structure of the E.coli stress protein YciF. | ||||||
![]() | Protein yciF | ||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / STRESS PROTEINS / RUBRERYTHRIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hindupur, A. / Liu, D. / Zhao, Y. / Bellamy, H.D. / White, M.A. / Fox, R.O. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of the E. coli stress protein YciF. 著者: Hindupur, A. / Liu, D. / Zhao, Y. / Bellamy, H.D. / White, M.A. / Fox, R.O. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 69.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 57 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 430.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 433.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18812.756 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 株 (発現宿主): DH10B / 参照: UniProt: P21362 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.55 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 0.1M citric acid pH 3.5-4.0, 1.9-2.1M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() | ||||||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月28日 / 詳細: Channel Cut Monochromator | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) Channel Cut / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. all: 19196 / Num. obs: 19196 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 22.6 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.199 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique all: 1913 / Rsym value: 0.199 / % possible all: 91.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: RESOLVE 解像度: 2→29.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 3476612.91 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: variable / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 58.9908 Å2 / ksol: 0.398518 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→29.49 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / Rfactor Rfree error: 0.049 / Total num. of bins used: 20
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Xplor file |
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