PDB-2grg: Solution NMR Structure of Protein YNR034W-A from Saccharomyces ce...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2grg

タイトル

Solution NMR Structure of Protein YNR034W-A from Saccharomyces cerevisiae. Northeast Structural Genomics Consortium Target YT727; Ontario Center for Structural Proteomics Target yst6499.

要素

hypothetical protein; Ynr034w-ap

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / helix/beta strand protein / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG

機能・相同性

機能・相同性情報

cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics, molecular dynamics

データ登録者

Wu, B. / Yee, A. / Ramelot, T. / Lemak, A. / Semesi, A. / Kennedy, M. / Edward, A. / Arrowsmith, C.H. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of hypothetical protein yst6499 from Saccharomyces cerevisiae/ Northeast Structural Genomics Consortium Target YT727/ Ontario Center for Structural Proteomics Target yst6499
著者: Wu, B. / Yee, A. / Ramelot, T. / Lemak, A. / Semesi, A. / Kennedy, M. / Edward, A. / Arrowsmith, C.H.

履歴

登録	2006年4月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年5月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2grg.cif.gz	599.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2grg.ent.gz	498.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2grg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2grg_validation.pdf.gz	342.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2grg_full_validation.pdf.gz	468 KB	表示
XML形式データ	2grg_validation.xml.gz	30.3 KB	表示
CIF形式データ	2grg_validation.cif.gz	51.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/2grg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/2grg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2ogp-d 2l7x-d 3c0f-d 5c0k-d 3uiw-2 3lys-2 3fg7-2 6fu8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: YST6499 TargetDB: YT727

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: hypothetical protein; Ynr034w-ap

13.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	hypothetical protein; Ynr034w-ap 分子量: 13365.083 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) プラスミド: p11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3 gold) / 参照: GenBank: 9755343, UniProt: Q3E841*PLUS

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	3D 13C-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1mM yst6499, U-15N,13C; 250 mM NaCl, 10 mM Tris; 1 mM Benzamidine, 1 x inhibitor cocktail, 0.01% NaN3; 95% H2O, 5% D2O 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料状態	イオン強度: 250 mM NaCl, 10 mM Tris / pH: 7.1 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	600	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	750	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
NMRPipe	2.3	Delaglio, F.	解析
Sparky	3.95	Goddard, T.D. and Kneller, D.G.	データ解析
CYANA	2.1	Gunter, P.	構造決定
CNS	1	Brunger, A.T. et al	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: 2890 NOE-derived distance restraints and 110 torsion angle restraints

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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