PDB-2gr0: Crystal structure of Ferredoxin reductase, BphA4 (oxidized form, ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gr0

タイトル

Crystal structure of Ferredoxin reductase, BphA4 (oxidized form, NAD+ complex)

要素

ferredoxin reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Flavoprotein

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / flavin adenine dinucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas sp. KKS102 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / Difference Fourier / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Senda, T. / Senda, M.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Molecular Mechanism of the Redox-dependent Interaction between NADH-dependent Ferredoxin Reductase and Rieske-type [2Fe-2S] Ferredoxin
著者: Senda, M. / Kishigami, S. / Kimura, S. / Fukuda, M. / Ishida, T. / Senda, T.

履歴

登録	2006年4月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2007年10月3日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gr0.cif.gz	97 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gr0.ent.gz	72.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gr0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2gr0_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2gr0_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	2gr0_validation.xml.gz	19.4 KB	表示
CIF形式データ	2gr0_validation.cif.gz	29.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/2gr0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/2gr0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2e4pC 2e4qC 2gqwC 2yvfC 2yvgC 2yvjC 2gqy PDB 未公開エントリ 2gqz PDB 未公開エントリ 2gr1 2gr2 2gr3 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4h4p-1 4h4v-1 2gr3-1 4h4u-1 2gr2-1 4h4t-1 4h50-1 4h4z-1 2gr1-1 2gqw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (3) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (3) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: ferredoxin reductase

ヘテロ分子

44.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ferredoxin reductase

ヘテロ分子

A: ferredoxin reductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
88.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.283, 98.283, 171.245
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	ferredoxin reductase / Ferredoxin reductase BphA4 分子量: 43221.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas sp. KKS102 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: GenBank: 9929802, UniProt: Q52437*PLUS, ferredoxin-NADP+ reductase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: 2M Sodium formate, 0.1M Sodium acetate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月4日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 53813 / Num. obs: 53813 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 22.6
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.443 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 94.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
ADSC		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
XTALVIEW		精密化

精密化

構造決定の手法: Difference Fourier / 解像度: 1.7→32.17 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 3.273 / SU ML: 0.058 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20854	2732	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19233	-	-	-
all	0.19317	51060	-	-
obs	0.19317	51060	98.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.061 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.02 Å²	-0.51 Å²	0 Å²
2-	-	-1.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→32.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2991	0	80	302	3373

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	3140
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.385	2.002	4284
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.255	5	402
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.385	22.5	128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.413	15	474
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.136	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	499
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2382
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	1462
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	2140
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	257
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.188	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.19	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.78	1.5	2047
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.162	2	3184
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.921	3	1235
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.091	4.5	1099
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.285	191	-
R_work	0.224	3465	-
obs	-	-	93.77 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7622	-0.3632	0.188	1.0396	0.372	0.6384	-0.0388	-0.0546	0.0174	0.0768	0.0051	0.0565	0.0297	-0.0456	0.0337	-0.0096	0.0086	0.0137	-0.0492	-0.0124	-0.0415	53.743	12.138	11.937
2	0.4528	0.1843	-0.1586	0.7361	-0.3121	0.9343	-0.0509	0.0913	-0.0349	-0.0081	0.0045	-0.1028	-0.077	0.1849	0.0465	-0.0446	-0.0393	0.0071	0.0109	-0.0161	-0.0422	81.185	20.69	4.881
3	2.1729	-0.5114	-0.2826	2.3233	1.6416	3.7322	-0.1881	-0.303	0.1127	0.474	0.0628	-0.1212	0.1772	0.127	0.1253	0.0669	0.0362	-0.0515	-0.045	-0.0186	-0.0783	74.779	19.57	32.839
4	0.5655	0.7217	0.3426	1.1612	0.6039	0.3233	-0.087	0.1809	0.0215	-0.0534	0.0831	0.004	-0.0673	0.1657	0.0039	0.0295	0.018	0.0001	0.0055	-0.022	-0.009	63.239	12.901	9.365

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	6 - 111	6 - 111
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	238 - 317	238 - 317
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	112 - 237	112 - 237
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	318 - 406	318 - 406
5	X-RAY DIFFRACTION	4	A	B	1449	1

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関連情報:EMDBヘッダ

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