PDB-2gop: The beta-propeller domain of the Trilobed protease from Pyrococcu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gop

タイトル

The beta-propeller domain of the Trilobed protease from Pyrococcus furiosus reveals an open velcro topology

要素

Trilobed Protease

キーワード

HYDROLASE / beta propeller / open velcro

機能・相同性

WD40-like beta propeller / WD40-like Beta Propeller Repeat / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / serine-type peptidase activity / Alpha/Beta hydrolase fold / : / Acylaminoacyl-peptidase-like protein

機能・相同性情報

生物種

Pyrococcus furiosus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Bosch, J. / Tamura, T. / Tamura, N. / Baumeister, W. / Essen, L.-O.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: The beta-propeller domain of the trilobed protease from Pyrococcus furiosus reveals an open Velcro topology.
著者: Bosch, J. / Tamura, T. / Tamura, N. / Baumeister, W. / Essen, L.O.

履歴

登録	2006年4月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年1月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

類似構造データ	3cyv-1 1x1q-d 1ock-d 22630 4y8e-d 1jpi-1 5dc7-d 4bia-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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「今月の分子」の関連する項目

#202 - 2016年10月
ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4)
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上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
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人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
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フィターゼ (Phytase)
類似性 (1)
#77 - 2006年5月
ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Trilobed Protease

B: Trilobed Protease

82.2 kDa, 2 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.747, 88.504, 153.966
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Trilobed Protease 分子量: 41108.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 18892268, UniProt: Q8U3Y3*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.76 %
結晶化	温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4 詳細: 100 mM sodium acetate pH 4.4, 20 mM MgCl2, 300 mM 1,6-hexanediol, 10 % PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	MPG/DESY, HAMBURG	BW6	1	1.00, 1.10, 1.03
シンクロトロン	ESRF	ID14-1	2	1.07

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MAR CCD 165 mm	1	CCD	2004年10月10日
ADSC QUANTUM 4	2	CCD	2004年12月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	1.1	1
3	1.03	1
4	1.07	1

反射

解像度: 2→18.72 Å / Num. all: 39936 / Num. obs: 39936 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

反射シェル

解像度: 2→2.107 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
ADSC		データ収集
MOSFLM		データ削減
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 2→18.72 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 9.112 / SU ML: 0.129 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.233 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25824	1235	3 %	RANDOM
R_work	0.2087	-	-	-
all	0.21014	39936	-	-
obs	0.21014	39936	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.852 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	-0.05 Å²	0 Å²
2-	-	0.05 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→18.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5198	0	0	242	5440

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	5366
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3807
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.134	1.952	7235
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.825	3	9239
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.149	5	634
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.131	24.207	271
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.637	15	1018
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.486	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.133	0.2	759
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	5866
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1137
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.18	0.2	871
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.185	0.2	3805
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	2420
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.081	0.2	2992
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.12	0.2	274
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.206	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.16	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.194	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.987	4	4117
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.387	4	1271
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.34	6	5057
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.454	6	2760
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.388	10	2170
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.107 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.285	190	-
R_work	0.239	6797	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4835	1.715	-0.6164	2.3466	-1.2344	6.8918	0.572	-0.0742	-0.0744	0.4134	-0.4429	-0.2746	0.127	0.6825	-0.129	0.1434	-0.0945	-0.0524	0.0984	-0.0444	0.1007	42.9409	29.162	34.7559
2	4.6867	-0.7187	1.0777	2.218	-0.6219	2.5552	0.0245	-0.3111	0.2559	0.3613	-0.0043	-0.0159	-0.3352	-0.0321	-0.0202	0.1503	-0.0215	0.0341	0.0698	-0.0932	0.0631	31.7836	34.4991	32.3358
3	9.8459	2.3403	3.8808	26.3061	-17.3685	23.2659	0.4357	-0.5525	-0.2242	1.1265	-0.5382	-0.4779	0.2392	-0.6775	0.1025	0.2657	-0.0346	0.0286	0.047	-0.003	0.0422	23.2005	17.878	39.1217
4	0.3577	0.053	-0.847	3.0336	0.7032	3.4131	0.0141	-0.0113	0.1301	0.1813	-0.0012	0.11	0.1239	-0.3425	-0.0129	0.0327	0.0142	0.0253	0.1154	-0.0373	0.118	20.554	27.6524	25.7871
5	15.3364	8.0383	2.0544	11.7848	-0.0254	0.4356	0.1302	-1.0654	-0.8843	0.3597	0.4208	0.0794	0.1411	-0.1564	-0.551	0.3497	0.0482	-0.089	0.2388	0.265	0.2057	27.0124	14.644	28.5507
6	2.0864	0.151	-1.3299	2.3591	0.8554	4.8258	-0.0432	-0.0189	-0.2184	0.0873	-0.0109	0.0617	0.3754	-0.2825	0.0541	0.0331	-0.0571	-0.0154	0.1112	0.0128	0.1242	21.5346	16.9876	15.7107
7	2.5118	1.1707	0.8602	1.7887	-0.8004	2.2173	-0.0785	0.0824	-0.1124	-0.0191	0.0251	-0.0459	0.0589	-0.0961	0.0534	0.0265	-0.0009	0.0237	0.1308	-0.0172	0.0812	25.8114	19.1582	6.5024
8	2.154	0.8667	1.344	24.1001	39.1716	63.6706	-1.6429	0.5998	-0.0752	-0.4064	1.6066	0.1967	2.1615	1.9361	0.0362	0.3527	-0.1432	0.0927	0.4454	-0.1524	0.3325	41.7846	9.7896	1.4362
9	14.1561	-6.219	10.3701	4.9436	-5.0773	7.7196	-0.0226	0.4487	-0.1265	-0.2984	-0.1377	-0.1262	0.1956	0.301	0.1603	0.0116	-0.0007	0.0488	0.139	-0.0005	0.1015	37.2324	19.8523	2.2855
10	0.9619	-0.0938	-0.3943	0.7923	0.2487	2.2225	0.0317	-0.014	0.1844	0.0252	0.0345	-0.1417	-0.2872	0.1612	-0.0661	0.0404	-0.0536	-0.007	0.0999	-0.0073	0.1338	45.1574	31.4702	16.0042
11	27.9602	11.2983	-8.145	7.0112	0.4082	7.9686	-0.3863	-0.7589	1.9659	-0.4632	0.8645	0.5057	-0.0489	0.2871	-0.4782	0.0557	-0.0827	-0.1428	0.1638	-0.2703	0.2853	50.3763	40.8687	35.3305
12	12.3964	-3.1749	5.2021	3.4585	-2.4741	4.9082	-0.1081	0.6752	-0.7442	-1.2738	-0.0917	0.0376	0.953	0.0378	0.1998	0.8213	-0.0742	0.0707	-0.1514	-0.0825	-0.1187	41.2322	-12.3982	6.8353
13	3.0392	-1.6292	-1.0593	4.3725	-0.0291	6.0123	-0.1341	-0.2299	-0.5906	-1.4155	0.0582	0.4909	1.4309	-0.7794	0.076	0.7588	-0.2486	-0.0187	-0.2629	0.0032	0.0315	37.5998	-16.9512	13.991
14	22.6057	-3.8959	-7.8328	3.9163	1.2144	5.6179	-0.1764	0.8644	-2.0886	-0.2583	-0.8022	0.6879	1.6816	-1.7364	0.9786	0.6099	-0.3115	0.0418	-0.0741	0.109	0.2006	35.7424	-22.0559	22.1733
15	7.1645	-3.3147	-2.6599	7.4213	0.0366	6.1615	-0.2319	-0.2219	0.0063	-0.3638	0.2765	0.4237	0.5934	-0.4969	-0.0446	0.1623	-0.0539	0.0856	0.0161	0.1012	0.0129	39.2468	-8.3212	28.2751
16	3.0973	2.0079	-1.6262	5.1023	-2.2943	4.7516	-0.0316	-0.0347	-0.0384	-0.1168	-0.1354	0.1097	0.5059	-0.0771	0.167	0.1183	0.0076	0.0613	0.0508	0.058	0.0396	41.5832	-7.059	33.0629
17	6.6282	-4.7419	2.8284	8.4247	-2.5336	8.1319	-0.4253	-0.3243	-0.5329	0.3088	0.1295	0.043	0.8065	-0.2803	0.2958	0.1528	-0.0494	-0.0541	0.0607	-0.0106	0.1255	40.9078	18.7781	31.4844
18	1.0717	0.4037	-0.713	2.9831	-1.8351	4.0957	-0.0382	-0.1426	-0.0378	0.1167	-0.3288	-0.4573	0.0054	0.4868	0.367	-0.0284	0.0269	0.0133	0.1299	0.1339	0.1245	54.1084	4.8275	24.4645
19	4.8739	1.7547	0.2781	4.7669	-0.7911	4.9146	-0.1054	0.4095	-0.2425	-1.133	-0.1731	-0.5374	1.3547	0.3551	0.2785	0.4228	0.1617	0.2575	-0.081	0.042	-0.0755	54.0014	-6.0835	5.0144

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	12 - 20	12 - 20
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	21 - 78	21 - 78
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	79 - 86	79 - 86
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	87 - 124	87 - 124
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	125 - 150	125 - 150
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	151 - 201	151 - 201
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	202 - 233	202 - 233
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	234 - 240	234 - 240
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	241 - 255	241 - 255
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	256 - 338	256 - 338
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	339 - 347	339 - 347
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	13 - 39	13 - 39
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	B	40 - 87	40 - 87
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	B	88 - 103	88 - 103
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	B	104 - 151	104 - 151
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	B	152 - 189	152 - 189
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	B	190 - 198	190 - 198
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	B	199 - 287	199 - 287
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	B	288 - 342	288 - 342

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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