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万見
- PDB-2gm2: NMR structure of Xanthomonas campestris XCC1710: Northeast Struct... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gm2
タイトルNMR structure of Xanthomonas campestris XCC1710: Northeast Structural Genomics Consortium target XcR35
要素conserved hypothetical protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / MTH938-like fold / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性Hypothetical Protein Mth938; Chain: A, / MTH938-like / NDUFAF3/Mth938 domain-containing protein / MTH938-like superfamily / Protein of unknown function (DUF498/DUF598) / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / : / Xcc1710-like domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Xanthomonas campestris pv. campestris str. ATCC 33913 (バクテリア)
手法溶液NMR / THE INITIAL STRUCTURE WAS DETERMINED USING AUTOMATED STRUCTURE DETERMINATION (AUTOSTRUCTURE), REFINED MANUALLY. A FINAL REFINEMENT USED SIMULTATED ANNEALING IN EXPLICIT SOLVENT.
データ登録者Cort, J.R. / Xiao, R. / Wang, D.Y. / Ma, L.C. / Ciano, M. / Montelione, G.T. / Ramelot, T.A. / Kennedy, M.A. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR structure of Xanthomonas campestris XCC1710 protein
著者: Cort, J.R. / Ramelot, T.A. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A.
履歴
登録2006年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: conserved hypothetical protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4681
ポリマ－14,4681
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 40structures with fewest restraint violations, low restraint violation energies, and acceptable geometry
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 conserved hypothetical protein


分子量: 14468.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas campestris pv. campestris str. ATCC 33913 (バクテリア)
生物種: Xanthomonas campestris / 株: pv. campestris str. ATCC 33913 / 遺伝子: XCC1710 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: GenBank: 21112802, UniProt: Q8P9Y3*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 13C-separated NOESY
1323D 13C-separated NOESY
1424D 13C-separated NOESY
151HNHA

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM XCC1710pH 6.5 MES, 100 mM NaCl, 20 mM CaCl2, 10 mM DTT, 0.02% NaN3, 5% D2O
20.5 mM XCC1710pH 6.5 MES, 100 mM NaCl, 20 mM CaCl2, 10 mM DTT, 0.02% NaN3, 100% D2O
試料状態イオン強度: 100 mM NaCl, 20 mM CaCl2 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS5001
Varian INOVAVarianINOVA6002
Varian INOVAVarianINOVA7503

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1.CVariancollection
Felix98MSI解析
Sparky3.106T.D. Goddard & D.G. Knellerデータ解析
AutoStructure2.1.1G.T. Montelione & J. Huang構造決定
X-PLORNIHA. Brunger et al構造決定
CNS1.1A. Brunger et al構造決定
CNS1.1A. Brunger et al精密化
精密化手法: THE INITIAL STRUCTURE WAS DETERMINED USING AUTOMATED STRUCTURE DETERMINATION (AUTOSTRUCTURE), REFINED MANUALLY. A FINAL REFINEMENT USED SIMULTATED ANNEALING IN EXPLICIT SOLVENT.
ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 935 RESTRAINTS. SUMMARY OF EXPERIMENTAL CONSTRAINTS RESTRAINING DISTANCE RESTRAINTS: TOTAL = 758; INTRA-RESIDUE [I=J] = 174; SEQUENTIAL [(I-J)=1] = 174; ...詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 935 RESTRAINTS. SUMMARY OF EXPERIMENTAL CONSTRAINTS RESTRAINING DISTANCE RESTRAINTS: TOTAL = 758; INTRA-RESIDUE [I=J] = 174; SEQUENTIAL [(I-J)=1] = 174; MEDIUM RANGE [1<(I-J)<5] = 109; LONG RANGE [(I-J)>=5] = 301; HYDROGEN BOND RESTRAINTS = 56 (2 PER H-BOND); NUMBER OF RESTRAINING DISTANCE RESTRAINTS PER RESTRAINED RESIDUE = 7.3; DIHEDRAL-ANGLE RESTRAINTS = 121 (60 PHI, 59 PSI, 2 CHI-1); TOTAL NUMBER OF RESTRAINTS PER RESTRAINED RESIDUE = 8.3; NUMBER OF LONG RANGE NOE DISTANCE RESTRAINTS PER RESTRAINED RESIDUE = 2.7; NUMBER OF STRUCTURES COMPUTED = 40; NUMBER OF STRUCTURES USED = 20; AVERAGE DISTANCE VIOLATIONS >0.0001 ANG = 19.8 +/- 3.5; AVERAGE R.M.S. DISTANCE VIOLATION = 0.0009 +/- 0.0003 ANG; MAXIMUM NUMBER OF DISTANCE VIOLATIONS 25; MAXIMUM DISTANCE VIOLATION = 0.03 ANG; AVERAGE DIHEDRAL ANGLE VIOLATIONS: >0.0001 DEG = 2.5+/-1.3; MAX NUMBER OF DIHEDRAL ANGLE VIOLATIONS = 4; AVERAGE R.M.S. DIHEDRAL ANGLE VIOLATION = 0.02 +/- .01 DEG.; RMSD VALUES TO AVERAGE STRUCTURE: BACKBONE ATOMS (N,C,C' RESIDUES 12-125) = 0.88 ANG, ALL HEAVY ATOMS = 1.38 ANG; BACKBONE ATOMS (N,C,C' RESIDUES 32-122) = 0.71 ANG, ALL HEAVY ATOMS = 1.21 ANG; BACKBONE ATOMS (N,C,C' RESIDUES 16-17,21-36,39-41,44-46,53-73,76-122) = 0.70 ANG, ALL HEAVY ATOMS = 1.14 ANG; PROCHECK (RESIDUES 16-17,21-36,39-41,44-46,53-73,76-122): MOST FAVORED REGIONS = 84.6%; ADDITIONAL ALLOWED REGIONS = 14.0%; GENEROUSLY ALLOWED REGIONS = 0.2%; DISALLOWED REGIONS = 1.2%; PROCHECK (RESIDUES 12-125): MOST FAVORED REGIONS = 77.8%; ADDITIONAL ALLOWED REGIONS = 19.2%; GENEROUSLY ALLOWED REGIONS = 2.0%; DISALLOWED REGIONS = 1.0%.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with fewest restraint violations, low restraint violation energies, and acceptable geometry
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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