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万見
- PDB-2gm0: Linear dimer of stemloop SL1 from HIV-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gm0
タイトルLinear dimer of stemloop SL1 from HIV-1
要素RNA (35-MER)
キーワードRNA / LINEAR DIMER / A-RICH INTERNAL LOOP / G-RICH INTERNAL LOOP
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / Restrained Metropolis Monte Carlo, restrained minimization in helical parameter's space
データ登録者Ulyanov, N.B. / Mujeeb, A. / Du, Z. / Tonelli, M. / Parslow, T.G. / James, T.L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: NMR Structure of the Full-length Linear Dimer of Stem-Loop-1 RNA in the HIV-1 Dimer Initiation Site.
著者: Ulyanov, N.B. / Mujeeb, A. / Du, Z. / Tonelli, M. / Parslow, T.G. / James, T.L.
履歴
登録2006年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (35-MER)
B: RNA (35-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7382
ポリマ－22,7382
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 20structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 RNA (35-MER)


分子量: 11368.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: RNA was prepared by in vitro transcription with T7 RNA polymerase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1212D TOCSY
2322D NOESY
1433D 13C-separated NOESY
155non-decoupled constant-time 1H-13C TROSY-HSQC
2642D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.75 mM unlabeled SL1 RNA, 10 mM potassium phosphate buffer, 250 mM NaCl, 0.1 mM MgCl2, pH 6.4, D2OD2O
20.75 mM unlabeled SL1 RNA, 10 mM potassium phosphate buffer, 250 mM NaCl, 0.1 mM MgCl2,pH 6.4, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
30.75 mM of uniformly 13C, 15N-labeled SL1 RNA, 10 mM potassium phosphate buffer, 250 mM NaCl, 0.1 mM MgCl2, pH 6.4, D2OD2O
40.75 mM of uniformly 13C, 15N-labeled SL1 RNA, 10 mM potassium phosphate buffer, 250 mM NaCl, 0.1 mM MgCl2, pH 6.4, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
50.75 mM of uniformly 13C, 15N-labeled SL1 RNA, 10 mM potassium phosphate buffer, 250 mM NaCl, 0.1 mM MgCl2, pH 6.4, filamentous phage Pf1, D2OD2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
110 mM potassium phosphate buffer, 250 mM NaCl, 0.1 mM Mg Cl2 6.4ambient 303 K
210 mM potassium phosphate buffer, 250 mM NaCl, 0.1 mM Mg Cl2 6.4ambient 288 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian Unity InovaVarianUnity Inova9002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1collection
NMRPipe2.3Delaglio解析
MARDIGRAS3.21Borgias et aliterative matrix relaxation
Sparky3.11Goddardデータ解析
DYANA1.5Guntert精密化
miniCarloZhurkin & Ulyanov精密化
精密化手法: Restrained Metropolis Monte Carlo, restrained minimization in helical parameter's space
ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are determined based on a total of 842 restraints; 608 are NOE-derived distance restraints, 104 hydrogen bond restraints, and 130 residual dipolar coupling (RDC) restraints
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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