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- PDB-2gks: Crystal Structure of the Bi-functional ATP Sulfurylase-APS Kinase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gks
タイトルCrystal Structure of the Bi-functional ATP Sulfurylase-APS Kinase from Aquifex aeolicus, a Chemolithotrophic Thermophile
要素Bifunctional SAT/APS kinase
キーワードTRANSFERASE / Kinase / Sulfurylase
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfur amino acid metabolic process / sulfate assimilation via adenylyl sulfate reduction / sulfate assimilation, phosphoadenylyl sulfate reduction by phosphoadenylyl-sulfate reductase (thioredoxin) / adenylyl-sulfate kinase / sulfate adenylyltransferase / adenylylsulfate kinase activity / sulfate adenylyltransferase (ATP) activity / sulfate assimilation / hydrogen sulfide biosynthetic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Sulphate adenylyltransferase, prokaryotic-type / Sulfate adenylyltransferase / Sulfate adenylyltransferase / Sulphate adenylyltransferase / Sulphate adenylyltransferase catalytic domain / ATP-sulfurylase PUA-like domain / ATP-sulfurylase / PUA-like domain / Adenylylsulphate kinase / Adenylyl-sulfate kinase ...Sulphate adenylyltransferase, prokaryotic-type / Sulfate adenylyltransferase / Sulfate adenylyltransferase / Sulphate adenylyltransferase / Sulphate adenylyltransferase catalytic domain / ATP-sulfurylase PUA-like domain / ATP-sulfurylase / PUA-like domain / Adenylylsulphate kinase / Adenylyl-sulfate kinase / PUA-like superfamily / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Roll / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Probable bifunctional SAT/APS kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Yu, Z. / MacRea, I.J. / Lansdon, E.B. / Segel, I.H. / Fisher, A.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of the bifunctional ATP sulfurylase-APS kinase from the chemolithotrophic thermophile Aquifex aeolicus.
著者: Yu, Z. / Lansdon, E.B. / Segel, I.H. / Fisher, A.J.
履歴
登録2006年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE Authors indicate that position 21 is a Glu. Sequence in the database could be a variant

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional SAT/APS kinase
B: Bifunctional SAT/APS kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,4796
ポリマ－125,7702
非ポリマー1,7094
水5,386299
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6420 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area46760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.228, 67.283, 108.728
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.43, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a dimer in the asymmetric

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要素

#1: タンパク質 Bifunctional SAT/APS kinase


分子量: 62885.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: sat/cysC / プラスミド: pET23a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O67174, sulfate adenylyltransferase, adenylyl-sulfate kinase
#2: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 40% ethanol, 1.0% PEG 6000, 50 mM NaAc, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 50214 / Num. obs: 49813 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.056
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.328 / Mean I/σ(I) obs: 4.01 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1I2D

1i2d


解像度: 2.31→19.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 14.548 / SU ML: 0.183 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.4 / ESU R Free: 0.245 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23979 2475 5 %RANDOM
Rwork0.196 ---
all0.19821 47281 --
obs0.19821 47281 98.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.798 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å20 Å20.12 Å2
2---0.07 Å20 Å2
3---0.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→19.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8446 0 108 299 8853
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0228755
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.235211859
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.37851046
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.16923.483379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.629151582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8681563
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21301
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.026495
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1880.23995
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.25870
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1340.2439
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1760.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1950.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.431.55445
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.71228507
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1933830
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8764.53352
LS精密化 シェル解像度: 2.31→2.37 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 154 -
Rwork0.218 3244 -
obs--93.15 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5171-0.0059-1.31333.27580.31312.5248-0.08620.2074-0.1995-0.3734-0.07920.32610.0736-0.00080.1654-0.14240.0778-0.0733-0.2073-0.0766-0.165819.3240.16468.957
22.6847-0.8577-0.30453.75440.64452.5058-0.3265-0.7132-0.42860.65030.12660.56560.30730.12950.1999-0.04790.15450.08920.03240.046-0.178213.1473.86993.732
325.3483-7.471716.80753.2006-7.073515.64370.3341-1.7708-1.90740.27820.89711.09330.5866-1.0787-1.23110.08250.15430.05990.144-0.00230.0806-4.63415.77494.62
46.95840.4053-1.06112.54580.59582.0378-0.31790.7222-0.1495-0.29450.09990.40450.1987-0.40620.218-0.0528-0.0597-0.0396-0.1338-0.0591-0.0227-20.2121.60267.47
53.3372-1.02232.1773.1314-1.20714.4967-0.2487-0.08140.2808-0.14250.0712-0.1781-0.3891-0.20540.1774-0.15190.0326-0.0377-0.1927-0.0462-0.2558-35.02456.89571.664
63.6269-0.93022.02653.9588-0.71754.3868-0.3644-1.05440.19450.73450.2-0.0851-0.3929-0.62430.1644-0.02650.1484-0.00660.1862-0.0555-0.3048-29.30549.54295.726
718.1283-2.9092-9.48767.15528.21421.46360.6898-0.4920.31040.12040.542-1.2704-0.45411.93-1.23180.00760.0628-0.09380.1684-0.0338-0.0273-9.61939.01596.362
84.14170.191-1.85011.0338-0.59352.67540.1441-0.01870.8794-0.05120.17270.1068-0.27160.1374-0.3168-0.0824-0.0059-0.032-0.2502-0.08270.03318.28734.76268.049
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA4 - 1404 - 140
2X-RAY DIFFRACTION2AA141 - 321141 - 321
3X-RAY DIFFRACTION3AA337 - 370337 - 370
4X-RAY DIFFRACTION4AA371 - 546371 - 546
5X-RAY DIFFRACTION5BB3 - 1403 - 140
6X-RAY DIFFRACTION6BB141 - 321141 - 321
7X-RAY DIFFRACTION7BB337 - 370337 - 370
8X-RAY DIFFRACTION8BB371 - 546371 - 546

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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