PDB-2gk4: The Crystal Structure of the DNA/Pantothenate Metabolism Flavopro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gk4

タイトル

The Crystal Structure of the DNA/Pantothenate Metabolism Flavoprotein from Streptococcus pneumoniae

要素

conserved hypothetical protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / alpha-beta-alpha sandwich / Flavoprotein / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

Phosphopantothenate--cysteine ligase / CoaB-like / DNA/pantothenate metabolism flavoprotein, C-terminal / CoaB-like superfamily / DNA / pantothenate metabolism flavoprotein / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.83 Å

データ登録者

Kim, Y. / Zhou, M. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of the DNA/Pantothenate Metabolism Flavoprotein from Streptococcus pneumoniae
著者: Kim, Y. / Zhou, M. / Abdullah, J. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2006年3月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年5月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gk4.cif.gz	111.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gk4.ent.gz	91 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gk4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2gk4_validation.pdf.gz	453.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2gk4_full_validation.pdf.gz	463 KB	表示
XML形式データ	2gk4_validation.xml.gz	24.2 KB	表示
CIF形式データ	2gk4_validation.cif.gz	35.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/2gk4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/2gk4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1hia-d 3nfg-4 3elz-d 4wso-d 5pyl-d 3qu5-d 6vrp-d 3zh9-d 5f9p-d 2irp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC80454

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: conserved hypothetical protein

B: conserved hypothetical protein

ヘテロ分子

52.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.118, 64.594, 92.839
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.14, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	conserved hypothetical protein 分子量: 26257.479 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 株: TIGR4 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q97QI1, UniProt: A0A0H2UQ78*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 404 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.83 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100 mM Tris pH 8.5, 30 % PEG 10000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97912 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月20日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator, Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97912 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.83→37.66 Å / Num. all: 42130 / Num. obs: 40925 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.5 % / R_merge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 9.3
反射シェル	解像度: 1.83→1.86 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.427 / Mean I/σ(I) obs: 1.96 / Num. unique all: 1706 / % possible all: 80.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MLPHARE		位相決定
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.83→37.66 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 5.833 / SU ML: 0.092 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.147
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22945	4093	10 %	RANDOM
R_work	0.17825	-	-	-
all	0.18334	36794	-	-
obs	0.18334	36794	97.65 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.782 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.49 Å²	0 Å²	0.52 Å²
2-	-	-0.53 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.83→37.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3537	0	18	404	3959

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	3869
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.371	1.971	5274
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.74	5	500
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.66	26.235	170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.228	15	748
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.766	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	634
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2853
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	1905
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	2736
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	396
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.196	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.154	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.943	1.5	2501
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.526	2	3968
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.485	3	1520
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.955	4.5	1306
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.83→1.863 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.279	219	-
R_work	0.214	2108	-
obs	-	2108	75.11 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3759	-0.0797	0.0997	0.134	-0.0245	0.2253	-0.0153	-0.0044	-0.024	-0.0118	0.0242	-0.0057	-0.0187	-0.0036	-0.0089	-0.0148	-0.0064	-0.0114	-0.0283	-0.0104	-0.0257	6.2509	10.0046	-10.0978
2	0.2801	0.2213	0.0149	0.6741	0.1786	0.3658	0.0098	0.0325	-0.0597	-0.0779	-0.0051	-0.0978	-0.0093	-0.0077	-0.0047	-0.0142	0.0069	0.0157	-0.0311	-0.0126	-0.0272	-9.4279	-3.6775	-34.1403

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	0 - 228	3 - 231
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	-1 - 228	2 - 231

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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