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- PDB-2gk0: Structure of Catalytic Elimination Antibody 13G5 from a twinned c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gk0
タイトルStructure of Catalytic Elimination Antibody 13G5 from a twinned crystal in space group C2
要素
  • Catalytic elimination antibody 13G5 heavy chain
  • Catalytic elimination antibody 13G5 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunoglobulin / catalytic antibody / elimination
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Kappa light chain C_region / Ighg protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Debler, E.W. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2007
タイトル: Bifunctional Catalysis of Proton Transfer at an Antibody Active Site.
著者: Muller, R. / Debler, E.W. / Steinmann, M. / Seebeck, F.P. / Wilson, I.A. / Hilvert, D.
履歴
登録2006年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Catalytic elimination antibody 13G5 light chain
H: Catalytic elimination antibody 13G5 heavy chain
A: Catalytic elimination antibody 13G5 light chain
B: Catalytic elimination antibody 13G5 heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,8424
ポリマ－94,8424
非ポリマー00
水1,27971
1
L: Catalytic elimination antibody 13G5 light chain
H: Catalytic elimination antibody 13G5 heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4212
ポリマ－47,4212
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3420 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19500 Å2
手法PISA
2
A: Catalytic elimination antibody 13G5 light chain
B: Catalytic elimination antibody 13G5 heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4212
ポリマ－47,4212
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3080 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.875, 84.619, 150.074
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.03, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-237-

HOH

詳細This entry contains the crystallographic asymmetric unit which consists of 2 biological molecules: LH, and AB

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要素

#1: 抗体 Catalytic elimination antibody 13G5 light chain


分子量: 23939.566 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab fragment / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q65ZC0
#2: 抗体 Catalytic elimination antibody 13G5 heavy chain


分子量: 23481.295 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab fragment / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q91Z05
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: PEG 4000, 0.3M NaHCOO, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9797 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. all: 31459 / Num. obs: 30830 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 49.2 Å2 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2.45→2.54 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.58 / % possible all: 92.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
ADSCデータ収集
DENZOデータ削減
AMoRE位相決定
SHELXL-97精密化
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GJZ

2gjz


解像度: 2.45→10 Å / σ(F): 4 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The crystal was twinned. The twin fraction is 0.49809. The twin operator is 1 0 0 0 -1 0 0 0 -1.
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2548 1188 RANDOM
Rwork0.1912 --
all0.2357 22676 -
obs0.2357 22222 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6621 0 0 71 6692
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d1.6
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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