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- PDB-2gie: HincII bound to cognate DNA GTTAAC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gie
タイトルHincII bound to cognate DNA GTTAAC
要素
  • 5'-D(*GP*CP*CP*GP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*CP*GP*G)-3'
  • Type II restriction enzyme HincII
キーワードHYDROLASE/DNA / protein DNA complex / indirect readout / DNA intercalation / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Restriction endonuclease, type II, HincII / Restriction endonuclease HincII / DNA mismatch repair MutH/Restriction endonuclease, type II / DNA mismatch repair MutH/Type II restriction endonuclease superfamily / ECO RV Endonuclease; Chain A / Restriction endonuclease type II-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Type II restriction enzyme HincII / Type II restriction enzyme HindII
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Horton, N.C. / Joshi, H.K. / Etzkorn, C. / Chatwell, L. / Bitinaite, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Alteration of Sequence Specificity of the Type II Restriction Endonuclease HincII through an Indirect Readout Mechanism.
著者: Joshi, H.K. / Etzkorn, C. / Chatwell, L. / Bitinaite, J. / Horton, N.C.
履歴
登録2006年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: 5'-D(*GP*CP*CP*GP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*CP*GP*G)-3'
F: 5'-D(*GP*CP*CP*GP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*CP*GP*G)-3'
G: 5'-D(*GP*CP*CP*GP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*CP*GP*G)-3'
H: 5'-D(*GP*CP*CP*GP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*CP*GP*G)-3'
A: Type II restriction enzyme HincII
B: Type II restriction enzyme HincII
C: Type II restriction enzyme HincII
D: Type II restriction enzyme HincII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,2749
ポリマ－135,2518
非ポリマー231
水9,152508
1
E: 5'-D(*GP*CP*CP*GP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*CP*GP*G)-3'
F: 5'-D(*GP*CP*CP*GP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*CP*GP*G)-3'
A: Type II restriction enzyme HincII
B: Type II restriction enzyme HincII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,6485
ポリマ－67,6254
非ポリマー231
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: 5'-D(*GP*CP*CP*GP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*CP*GP*G)-3'
H: 5'-D(*GP*CP*CP*GP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*CP*GP*G)-3'
C: Type II restriction enzyme HincII
D: Type II restriction enzyme HincII


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,6254
ポリマ－67,6254
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.243, 175.472, 253.896
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121

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要素

#1: DNA鎖
5'-D(*GP*CP*CP*GP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*CP*GP*G)-3'


分子量: 3992.598 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質
Type II restriction enzyme HincII / E.C.3.1.21.4 / Endonuclease HincII / R.HincII


分子量: 29820.066 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
遺伝子: hincIIR / プラスミド: pCCR101HincII.R / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2393
参照: UniProt: P44413, UniProt: P17743*PLUS, type II site-specific deoxyribonuclease
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 508 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.33 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 25% PEG 4K, 0.15 M NaCl, 0.1 M citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 4K11
2NaCl11
3citrate11
4H2O11
5PEG 4K12
6NaCl12
7citrate12
8H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月3日
放射モノクロメーター: 180 frames, 1 degree oscillation each, 100 sec
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 46277 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 62.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.952 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
ADSCデータ収集
HKL-2000データ削減
CNS精密化
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1TX3

1tx3


解像度: 2.6→50 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.306 2269 Random 5%
Rwork0.238 --
obs0.226 42973 -
all-45242 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8231 1060 1 508 9800
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.22
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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