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万見
- PDB-2ghw: Crystal structure of SARS spike protein receptor binding domain i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ghw
タイトルCrystal structure of SARS spike protein receptor binding domain in complex with a neutralizing antibody, 80R
要素
  • Spike glycoprotein
  • anti-sars scFv antibody, 80R
キーワードVIRUS/VIRAL PROTEIN/ANTIBIOTIC / SARS / S protein / neutralizing antibody / VIRUS-VIRAL PROTEIN-ANTIBIOTIC COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / immunoglobulin complex / Attachment and Entry / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / adaptive immune response / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / membrane fusion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / immunoglobulin complex / Attachment and Entry / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / adaptive immune response / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / membrane fusion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike protein, C-terminal core receptor binding subdomain / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily ...Spike protein, C-terminal core receptor binding subdomain / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Alpha-Beta Plaits / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein / Single-chain Fv
類似検索 - 構成要素
生物種SARS coronavirus (SARS コロナウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Hwang, W.C. / Lin, Y. / Santelli, E. / Sui, J. / Jaroszewski, L. / Stec, B. / Farzan, M. / Marasco, W.A. / Liddington, R.C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structural basis of neutralization by a human anti-severe acute respiratory syndrome spike protein antibody, 80R.
著者: Hwang, W.C. / Lin, Y. / Santelli, E. / Sui, J. / Jaroszewski, L. / Stec, B. / Farzan, M. / Marasco, W.A. / Liddington, R.C.
履歴
登録2006年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月5日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE THE SEQUENCE OF ANTI-SARS SCFV ANTIBODY, 80R IS NOT AVAILABLE AT UNIPROT SEQUENCE DATABASE ...SEQUENCE THE SEQUENCE OF ANTI-SARS SCFV ANTIBODY, 80R IS NOT AVAILABLE AT UNIPROT SEQUENCE DATABASE AT THE TIME OF PROCESSING.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spike glycoprotein
B: anti-sars scFv antibody, 80R
C: Spike glycoprotein
D: anti-sars scFv antibody, 80R
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,8549
ポリマ－98,6764
非ポリマー1775
水8,467470
1
A: Spike glycoprotein
B: anti-sars scFv antibody, 80R
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4806
ポリマ－49,3382
非ポリマー1424
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2820 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area18620 Å2
手法PISA
2
C: Spike glycoprotein
D: anti-sars scFv antibody, 80R
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3743
ポリマ－49,3382
非ポリマー351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2490 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area18600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.453, 175.902, 67.561
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.55, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
31A
41C
51A
61C
12B
22D

NCSドメイン領域:

Refine code: 2

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111LEULEUVALVALAA322 - 3499 - 36
211LEULEUVALVALCC322 - 3499 - 36
321PHEPHEVALVALAA361 - 36948 - 56
421PHEPHEVALVALCC361 - 36948 - 56
531ASNASNGLUGLUAA381 - 50268 - 189
631ASNASNGLUGLUCC381 - 50268 - 189
112GLUGLUSERSERBB1 - 2403 - 242
212GLUGLUSERSERDD1 - 2403 - 242

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Spike glycoprotein / Peplomer protein / E2 / RBD


分子量: 22883.830 Da / 分子数: 2 / 断片: RBD of spike protein S1 (318-510) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SARS coronavirus (SARS コロナウイルス)
属: Coronavirus / 遺伝子: S / プラスミド: pAcGP67A
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P59594
#2: 抗体 anti-sars scFv antibody, 80R


分子量: 26454.303 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET22b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q65ZC9
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 470 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.21 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 12.5% PEG4000, 0.1M sodium acetate, 0.2M ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1.11587 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→50 Å / Num. all: 51915 / Num. obs: 51915 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -4 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.145 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 2.29→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.571 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 87

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
Blu-Iceデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2AJF CHAIN F, 1DZB CHAIN A

2ajf

1dzb


解像度: 2.3→45.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.897 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.848 / SU B: 37.1 / SU ML: 0.237 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.408 / ESU R Free: 0.285 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29537 2308 5.1 %RANDOM
Rwork0.24843 ---
obs0.25085 43380 93.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.106 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.64 Å20 Å20.51 Å2
2---2.58 Å20 Å2
3---4.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→45.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6614 0 5 470 7089
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0226802
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024620
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2171.9479266
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.853.00311135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6625836
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.32323.141312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.71151026
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.2681547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2984
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.027672
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021503
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1650.21192
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.190.24902
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.23162
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0790.23726
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1710.2345
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0530.23
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1770.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1910.269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1450.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5241.55330
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0691.51699
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.61226760
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.87733225
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.3084.52506
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A930tight positional0.030.05
2B1319tight positional0.030.05
1A1487medium positional0.140.5
2B1983medium positional0.130.5
1A930tight thermal0.090.5
2B1319tight thermal0.080.5
1A1487medium thermal0.752
2B1983medium thermal0.712
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.391 169 -
Rwork0.301 2990 -
obs--87.39 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2784-0.68140.75472.19580.31511.3683-0.0176-0.0623-0.15420.09590.0020.04260.1855-0.00730.0156-0.1336-0.03910.066-0.1788-0.0009-0.1579-3.327-24.40415.357
22.1035-0.5523-0.82722.1672-0.28711.15550.0445-0.04940.16470.0373-0.0597-0.1275-0.17380.03460.0152-0.1368-0.032-0.0491-0.1580.0149-0.146627.22356.96315.233
33.03560.5675-0.20132.6452-0.27610.51130.0736-0.12910.2510.1468-0.0906-0.2222-0.03610.12620.0171-0.16240.00070.0469-0.1586-0.0311-0.184413.6841.8623.45
42.240.85260.20432.79060.02230.70730.0977-0.2278-0.23310.1663-0.080.2730.0181-0.1195-0.0177-0.17940.0093-0.0266-0.14410.0388-0.136410.18930.66523.425
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1BB1 - 2443 - 246
2X-RAY DIFFRACTION2CC318 - 5055 - 192
3X-RAY DIFFRACTION3DD1 - 2453 - 247
4X-RAY DIFFRACTION4AA319 - 5096 - 196

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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