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- PDB-2ghs: CRYSTAL STRUCTURE OF A CALCIUM-BINDING PROTEIN, REGUCALCIN (AGR_C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ghs
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A CALCIUM-BINDING PROTEIN, REGUCALCIN (AGR_C_1268) FROM AGROBACTERIUM TUMEFACIENS STR. C58 AT 1.55 A RESOLUTION
要素AGR_C_1268p
キーワードCalcium-BINDING PROTEIN / REGUCALCIN / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


Senescence marker protein-30 (SMP-30) / SMP-30/Gluconolactonase/LRE-like region / SMP-30/Gluconolactonase/LRE-like region / TolB, C-terminal domain / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Calcium-binding protein, regucalcin
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium tumefaciens str. C58 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Calcium-binding protein, regucalcin (15155668) from AGROBACTERIUM TUMEFACIENS at 1.55 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2006年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AGR_C_1268p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0974
ポリマ－35,9601
非ポリマー1373
水6,810378
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.258, 75.703, 81.538
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 AGR_C_1268p


分子量: 35959.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens str. C58 (バクテリア)
生物種: Agrobacterium tumefaciens / 株: C58 / ATCC 33970 / 遺伝子: 15155668 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7D0W3
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 378 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.4 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
詳細: 22% PEG 3350, 0.2M NA_Potassium Chloride, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.918370, 0.979156, 0.979535
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月16日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.9791561
30.9795351
反射解像度: 1.55→29.3 Å / Num. obs: 32369 / % possible obs: 76.7 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsRsym value% possible all
1.55-1.6330.62.10.4061.318360.40630.6
1.63-1.7345.82.50.282.726120.28
1.73-1.8564.330.2053.634660.205
1.85-293.23.50.154.646750.15
2-2.1999.83.70.1086.246630.108
2.19-2.4599.83.70.0887.342190.088
2.45-2.8399.73.70.0787.937480.078
2.83-3.4799.53.70.0599.831930.059
3.47-4.999.53.60.0569.625240.056
4.9-29.2997.83.40.0656.914330.065

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT1.601データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.55→29.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 2.569 / SU ML: 0.047 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.089
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: (1) HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. (2) THE NOMINAL RESOLUTION IS 1.70 A WITH 3511 OBSERVED REFLECTIONS BETWEEN 1.70-1.55 (34.9% COMPLETE FOR THIS SHELL) INCLUDED IN THE ...詳細: (1) HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. (2) THE NOMINAL RESOLUTION IS 1.70 A WITH 3511 OBSERVED REFLECTIONS BETWEEN 1.70-1.55 (34.9% COMPLETE FOR THIS SHELL) INCLUDED IN THE REFINEMENT. (3) TLSMD WAS USED TO EVALUATE TLS GROUPINGS. (4) K+ AND CL- IONS WERE MODELED BASED ON DENSITY HEIGHT, COORDINATION, ENVIRONMENT AND CRYSTALLIZATION CONDITIONS. (5) THERE IS SOME DIFFERENCE DENSITY NEAR GLU-40 THAT WAS LEFT UNMODELED. THE HOMOLOGOUS SITE IN 1E1A IS A LOW AFINITY CA2+ BINDING SITE. THE DENSITY DOES NOT LOOK LIKE CA2+ IN THIS STRUCTURE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.176 1606 5 %RANDOM
Rwork0.137 ---
all0.139 ---
obs0.13911 30729 76.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.803 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.92 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→29.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2229 0 6 378 2613
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0222332
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022128
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5281.9593180
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8134938
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1685310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.80823.23299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.54915369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.5061517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2355
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022656
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02484
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.2361
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1920.22123
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1690.21140
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.21435
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1510.2231
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1070.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0680.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.250.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1540.223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.68431480
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5243614
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.70152381
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1388857
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.24111791
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.591 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 42 -
Rwork0.223 784 -
obs--26.68 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.12-1.77064.91172.795-0.32415.34460.16020.1087-0.0755-0.0338-0.07480.00290.5045-0.0651-0.08540.04840.01430.02980.0016-0.0026-0.01339.43527.777-7.397
20.1340.21730.16241.4117-0.19491.7559-0.00740.0073-0.00940.0021-0.0261-0.15990.13720.21760.0334-0.01210.0090.00220.05550.01940.024619.81438.74312.746
30.4484-0.00040.27060.4628-0.36871.6105-0.0243-0.08310.04180.0882-0.00050.0335-0.1118-0.13580.02490.00570.0120.00590.02620.0010.00677.15748.25516.944
40.4269-0.08390.1271.06240.09131.24180.0055-0.0019-0.0066-0.1381-0.05590.0607-0.0375-0.19140.0503-0.01720.0112-0.0050.0364-0.0009-0.00240.88243.3230.195
52.63731.835-1.02372.6797-0.25243.44410.03790.08350.0417-0.1260.0674-0.03640.11910.0857-0.10520.00580.02340.00220.03250.01840.038414.11636.303-0.544
60.84860.30330.68471.45530.36862.4950.1042-0.0797-0.1065-0.0293-0.05040.06130.3619-0.1144-0.05390.0287-0.00730.01360.04230.02180.029712.22432.7294.769
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: all / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1120 - 3032 - 42
2231 - 10343 - 115
33104 - 168116 - 180
44169 - 258181 - 270
55259 - 273271 - 285
66274 - 314286 - 326

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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