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- PDB-2gfi: Crystal structure of the phytase from D. castellii at 2.3 A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gfi
タイトルCrystal structure of the phytase from D. castellii at 2.3 A
要素phytase
キーワードHYDROLASE / 3-phytase
機能・相同性
機能・相同性情報


3-phytase / acid phosphatase activity / fungal-type cell wall
類似検索 - 分子機能
Histidine acid phosphatase, eukaryotic / Histidine acid phosphatases active site signature. / Histidine acid phosphatase active site / Histidine phosphatase superfamily, clade-2 / Histidine phosphatase superfamily (branch 2) / Phosphoglycerate mutase-like / Histidine phosphatase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Debaryomyces castellii (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Hoh, F.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2009
タイトル: Structure of Debaryomyces castellii CBS 2923 phytase.
著者: Ragon, M. / Hoh, F. / Aumelas, A. / Chiche, L. / Moulin, G. / Boze, H.
履歴
登録2006年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE No database reference was available at the time of processing.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: phytase
B: phytase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,2347
ポリマ－102,1282
非ポリマー1,1065
水11,241624
1
A: phytase
B: phytase
ヘテロ分子

A: phytase
B: phytase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,46814
ポリマ－204,2564
非ポリマー2,21210
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area22350 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area60260 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)121.655, 121.655, 332.245
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
詳細The biological assembly is a tetramer generated from the dimer by the operation: -y, -x, 1/6-z

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要素

#1: タンパク質 phytase


分子量: 51063.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Debaryomyces castellii (酵母) / 株: CBS 2923 / 発現宿主: Debaryomyces castellii (酵母) / 参照: UniProt: A2TBB4, 3-phytase
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 624 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.59 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.02M CaCl2 15% MPD, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.93 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 5.1 % / Av σ(I) over netI: 5 / 数: 320802 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rsym value: 0.11 / D res high: 2.3 Å / D res low: 65.541 Å / Num. obs: 62779 / % possible obs: 95.2
Diffraction reflection shell

ID: 1

最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)Rmerge(I) obsRsym valueRedundancy
7.2776.7223895.80.0570.0575.4
5.147.27387397.40.0770.0775.9
4.25.144946980.0890.0896
3.644.2580598.20.1010.1016
3.253.64649797.90.1170.1175.9
2.973.25712097.60.1340.1345.9
2.752.97769097.40.160.165.7
2.572.75824597.60.1950.1955.4
2.422.57844094.20.1970.1973.6
2.32.42792584.30.2190.2192.8
反射解像度: 2.29→65.541 Å / Num. obs: 62779 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 2.29→2.42 Å / % possible obs: 84.3 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.219 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. measured all: 21949 / Num. unique obs: 7925 / Rsym value: 0.219 / % possible all: 83

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QFX

1qfx


解像度: 2.29→65.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 9.935 / SU ML: 0.112 / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.181 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 3186 5.1 %RANDOM
Rwork0.154 ---
all0.157 ---
obs-62778 94.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.449 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20.04 Å20 Å2
2--0.07 Å20 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.29→65.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7192 0 70 624 7886
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0227444
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5121.94510135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2585914
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.15325.344378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.537151144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9121524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.21102
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025812
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.24422
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.320.25359
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2190.2873
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2090.2146
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2110.246
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.041.54613
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.75427347
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.98733179
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9194.52785
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.55137792
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free6.5953628
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.66137265
LS精密化 シェル解像度: 2.29→2.346 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 179 -
Rwork0.161 3600 -
obs-3779 79.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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