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万見
- PDB-2gfb: CRYSTAL STRUCTURE OF A CATALYTIC FAB HAVING ESTERASE-LIKE ACTIVITY -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gfb
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A CATALYTIC FAB HAVING ESTERASE-LIKE ACTIVITY
要素
  • IGG2A CNJ206 FAB (HEAVY CHAIN)
  • IGG2A CNJ206 FAB (LIGHT CHAIN)
キーワードIMMUNOGLOBULIN
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / : / :
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 3 Å
データ登録者Golinelli-Pimpaneau, B. / Knossow, M.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1994
タイトル: Crystal structure of a catalytic antibody Fab with esterase-like activity.
著者: Golinelli-Pimpaneau, B. / Gigant, B. / Bizebard, T. / Navaza, J. / Saludjian, P. / Zemel, R. / Tawfik, D.S. / Eshhar, Z. / Green, B.S. / Knossow, M.
#1: ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 1994
タイトル: Differences in the Biochemical Properties of Esterolytic Antibodies Correlate with Structural Diversity
著者: Zemel, R. / Schindler, D.G. / Tawfik, D.S. / Eshhar, Z. / Green, B.S.
履歴
登録1994年7月7日処理サイト: BNL
改定 1.01994年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IGG2A CNJ206 FAB (LIGHT CHAIN)
B: IGG2A CNJ206 FAB (HEAVY CHAIN)
C: IGG2A CNJ206 FAB (LIGHT CHAIN)
D: IGG2A CNJ206 FAB (HEAVY CHAIN)
E: IGG2A CNJ206 FAB (LIGHT CHAIN)
F: IGG2A CNJ206 FAB (HEAVY CHAIN)
G: IGG2A CNJ206 FAB (LIGHT CHAIN)
H: IGG2A CNJ206 FAB (HEAVY CHAIN)
I: IGG2A CNJ206 FAB (LIGHT CHAIN)
J: IGG2A CNJ206 FAB (HEAVY CHAIN)
K: IGG2A CNJ206 FAB (LIGHT CHAIN)
L: IGG2A CNJ206 FAB (HEAVY CHAIN)
M: IGG2A CNJ206 FAB (LIGHT CHAIN)
N: IGG2A CNJ206 FAB (HEAVY CHAIN)
O: IGG2A CNJ206 FAB (LIGHT CHAIN)
P: IGG2A CNJ206 FAB (HEAVY CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)374,86416
ポリマ－374,86416
非ポリマー00
水00
1
A: IGG2A CNJ206 FAB (LIGHT CHAIN)
B: IGG2A CNJ206 FAB (HEAVY CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8582
ポリマ－46,8582
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3560 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area18820 Å2
手法PISA
2
C: IGG2A CNJ206 FAB (LIGHT CHAIN)
D: IGG2A CNJ206 FAB (HEAVY CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8582
ポリマ－46,8582
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3580 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area18750 Å2
手法PISA
3
E: IGG2A CNJ206 FAB (LIGHT CHAIN)
F: IGG2A CNJ206 FAB (HEAVY CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8582
ポリマ－46,8582
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3580 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area18780 Å2
手法PISA
4
G: IGG2A CNJ206 FAB (LIGHT CHAIN)
H: IGG2A CNJ206 FAB (HEAVY CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8582
ポリマ－46,8582
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3560 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area18740 Å2
手法PISA
5
I: IGG2A CNJ206 FAB (LIGHT CHAIN)
J: IGG2A CNJ206 FAB (HEAVY CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8582
ポリマ－46,8582
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3580 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area18840 Å2
手法PISA
6
K: IGG2A CNJ206 FAB (LIGHT CHAIN)
L: IGG2A CNJ206 FAB (HEAVY CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8582
ポリマ－46,8582
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3560 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area18780 Å2
手法PISA
7
M: IGG2A CNJ206 FAB (LIGHT CHAIN)
N: IGG2A CNJ206 FAB (HEAVY CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8582
ポリマ－46,8582
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3540 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area18770 Å2
手法PISA
8
O: IGG2A CNJ206 FAB (LIGHT CHAIN)
P: IGG2A CNJ206 FAB (HEAVY CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8582
ポリマ－46,8582
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3580 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area18670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)198.700, 68.060, 83.660
Angle α, β, γ (deg.)71.90, 112.20, 119.60
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO A 8 / 2: CIS PROLINE - PRO A 141 / 3: CIS PROLINE - PRO B 149 / 4: CIS PROLINE - PRO B 151 / 5: CIS PROLINE - PRO B 200 / 6: CIS PROLINE - PRO C 8 / 7: CIS PROLINE - PRO C 141 / 8: CIS PROLINE - PRO D 149 / 9: CIS PROLINE - PRO D 151 / 10: CIS PROLINE - PRO D 200 / 11: CIS PROLINE - PRO E 8 / 12: CIS PROLINE - PRO E 141 / 13: CIS PROLINE - PRO F 149 / 14: CIS PROLINE - PRO F 151 / 15: CIS PROLINE - PRO F 200 / 16: CIS PROLINE - PRO G 8 / 17: CIS PROLINE - PRO G 141 / 18: CIS PROLINE - PRO H 149 / 19: CIS PROLINE - PRO H 151 / 20: CIS PROLINE - PRO H 200 / 21: CIS PROLINE - PRO I 8 / 22: CIS PROLINE - PRO I 141 / 23: CIS PROLINE - PRO J 149 / 24: CIS PROLINE - PRO J 151 / 25: CIS PROLINE - PRO J 200 / 26: CIS PROLINE - PRO K 8 / 27: CIS PROLINE - PRO K 141 / 28: CIS PROLINE - PRO L 149 / 29: CIS PROLINE - PRO L 151 / 30: CIS PROLINE - PRO L 200 / 31: CIS PROLINE - PRO M 8 / 32: CIS PROLINE - PRO M 141 / 33: CIS PROLINE - PRO N 149 / 34: CIS PROLINE - PRO N 151 / 35: CIS PROLINE - PRO N 200 / 36: CIS PROLINE - PRO O 8 / 37: CIS PROLINE - PRO O 141 / 38: CIS PROLINE - PRO P 149 / 39: CIS PROLINE - PRO P 151 / 40: CIS PROLINE - PRO P 200
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.52249, 0.01167, -0.85257), (-0.15299, -0.98496, 0.08027), (-0.83881, 0.17237, 0.51642)39.6062, 15.04773, 5.90891
2given(0.9994, 0.01652, 0.03053), (-0.01662, 0.99986, 0.00286), (-0.03047, -0.00337, 0.99953)14.50359, -6.66494, -38.9651
3given(-0.55038, -0.00422, -0.8349), (-0.14525, -0.98425, 0.10073), (-0.82218, 0.17671, 0.5411)64.35666, 14.17812, -31.27496
4given(0.99975, 0.01341, 0.01762), (-0.01339, 0.99991, -0.00151), (-0.01764, 0.00127, 0.99984)-99.1524, 1.15631, 1.51389
5given(-0.53447, 0.00263, -0.84518), (-0.15043, -0.98432, 0.09206), (-0.83169, 0.17635, 0.52649)93.4847, 29.82811, 87.38438
6given(0.99857, 0.02359, 0.04803), (-0.0242, 0.99963, 0.01219), (-0.04773, -0.01333, 0.99877)-85.6058, -4.57523, -34.4724
7given(-0.58233, -0.02994, -0.8124), (-0.13289, -0.98237, 0.13146), (-0.80202, 0.18452, 0.56809)121.9802, 24.8057, 45.7937
詳細THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX 1* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAINS A AND B WHEN APPLIED TO CHAINS C AND D, RESPECTIVELY. THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX 2* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAINS A AND B WHEN APPLIED TO CHAINS E AND F, RESPECTIVELY. THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX 3* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAINS A AND B WHEN APPLIED TO CHAINS G AND H, RESPECTIVELY. THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX 4* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAINS A AND B WHEN APPLIED TO CHAINS I AND J, RESPECTIVELY. THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX 5* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAINS A AND B WHEN APPLIED TO CHAINS K AND L, RESPECTIVELY. THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX 6* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAINS A AND B WHEN APPLIED TO CHAINS M AND N, RESPECTIVELY. THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX 7* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAINS A AND B WHEN APPLIED TO CHAINS O AND P, RESPECTIVELY.

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要素

#1: 抗体
IGG2A CNJ206 FAB (LIGHT CHAIN)


分子量: 23502.881 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: GenBank: 12002892
#2: 抗体
IGG2A CNJ206 FAB (HEAVY CHAIN)


分子量: 23355.168 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: GenBank: 4091056
Has protein modificationY
配列の詳細RESIDUE NUMBERING IS ACCORDING TO KABAT (E.A. KABAT, T.T. WU, H.M. PERRY, K.S. GOTTESMAN AND C. ...RESIDUE NUMBERING IS ACCORDING TO KABAT (E.A. KABAT, T.T. WU, H.M. PERRY, K.S. GOTTESMAN AND C. FOELLER, SEQUENCES OF PROTEINS OF IMMUNOLOGICAL INTEREST, 1991). THIS RESIDUE NUMBERING DIFFERS FROM THE ONE USED IN THE PAPER IDENTIFYING THE DEPOSITED SET OF COORDINATES. THE SEQUENCES OF THE CONSTANT DOMAINS OF THE HEAVY CHAINS (RESIDUES 110 - 227) AND OF THE LIGHT CHAINS (RESIDUES 106 - 214) HAVE NOT BEEN DETERMINED FOR THIS IMMUNOGLOBULIN. THEY HAVE BEEN ASSIGNED THE CONSENSUS SEQUENCES FOR THE CONSTANT DOMAIN OF MOUSE KAPPA LIGHT CHAIN AND FOR THE FIRST CONSTANT DOMAIN OF MOUSE GROUP IIA HEAVY CHAINS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.74 %
結晶化
*PLUS
pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
217 %(w/v)PEG100001drop
320 %(v/v)glycerol1drop
40.1 MTris-HCl1drop
517 %(w/v)PEG100001reservoir
620 %(v/v)glycerol1reservoir
70.1 MTris-HCl1reservoir
80.15 M1reservoirNaCl
1protein1drop0.004ml

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 3 Å / Num. obs: 64830 / % possible obs: 93 % / Num. measured all: 115376 / Rmerge(I) obs: 0.072
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 3.08 Å / Rmerge(I) obs: 0.143

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 3→7 Å / σ(F): 2
詳細: RESIDUES 100A - 103 AND 128 - 136 OF THE HEAVY CHAINS ARE POORLY DEFINED BY THE ELECTRON DENSITY. CARE SHOULD ALSO BE EXERCISED IN INTERPRETING THIS MODEL, DUE TO THE LIMITED RESOLUTION. ...詳細: RESIDUES 100A - 103 AND 128 - 136 OF THE HEAVY CHAINS ARE POORLY DEFINED BY THE ELECTRON DENSITY. CARE SHOULD ALSO BE EXERCISED IN INTERPRETING THIS MODEL, DUE TO THE LIMITED RESOLUTION. REFINEMENT AT HIGHER RESOLUTION IS PRESENTLY BEING PURSUED; IN THIS WORK, RESIDUE 114 OF THE HEAVY CHAIN, WHICH IS MISSING IN THIS ENTRY, HAS BEEN LOCATED, WHICH LEADS TO MODIFICATION OF THE ATOMIC POSITIONS OF THE SURROUNDING RESIDUES.
Rfactor反射数
Rwork0.213 -
obs0.213 64830
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26336 0 0 0 26336
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.213
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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