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- PDB-2gf6: CRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE THIOESTERASE (SSO2295) FROM SULFO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gf6
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE THIOESTERASE (SSO2295) FROM SULFOLOBUS SOLFATARICUS AT 1.91 A RESOLUTION
要素Conserved hypothetical protein
キーワードHYDROLASE / PUTATIVE THIOESTERASE / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty acyl-CoA hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
: / Thioesterase-like superfamily / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / Thioesterase superfamily protein
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Conserved hypothetical protein (13815598) from Sulfolobus solfataricus at 1.91 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2006年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Conserved hypothetical protein
B: Conserved hypothetical protein
C: Conserved hypothetical protein
D: Conserved hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,6789
ポリマ－63,5684
非ポリマー3,1105
水4,774265
1
A: Conserved hypothetical protein
B: Conserved hypothetical protein
ヘテロ分子

A: Conserved hypothetical protein
B: Conserved hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,6388
ポリマ－63,5684
非ポリマー3,0704
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area7330 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area23870 Å2
手法PISA, PQS
2
C: Conserved hypothetical protein
D: Conserved hypothetical protein
ヘテロ分子

C: Conserved hypothetical protein
D: Conserved hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,71810
ポリマ－63,5684
非ポリマー3,1506
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area7500 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area23260 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)53.690, 57.690, 194.480
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number17
Space group name H-MP2221

-
要素

#1: タンパク質
Conserved hypothetical protein


分子量: 15892.006 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: 13815598 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97WD2
#2: 化合物
ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.2945.89
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2771蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop828.0% PEG-400, 0.2M CaCl2, 0.1M TRIS, PH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K
2932蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop828.0% PEG-400, 0.2M CaCl2, 0.1M TRIS, PH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
放射光源
由来サイトビームラインID波長波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL1-510.918381
シンクロトロンSSRL BL1-520.979267, 0.918381
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 3151CCD2006年1月21日1m long Rh coated bent cylindrical mirror for horizontal and vertical focussing
ADSC QUANTUM 3152CCD2006年1月21日1m long Rh coated bent cylindrical mirror for horizontal and vertical focussing
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double-crystal monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Double-crystal monochromatorMADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9183811
20.9792671
反射解像度: 1.91→28.84 Å / Num. obs: 47208 / % possible obs: 89.8 % / Biso Wilson estimate: 28.618 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1,2

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.91-1.980.7141.414613755881.4
1.98-2.060.6711.514966773684.5
2.06-2.150.5781.814533756487.5
2.15-2.260.52.115268791889.8
2.26-2.410.4252.517036876991.3
2.41-2.590.3423.115680805392
2.59-2.850.257416443834492.4
2.85-3.260.1376.716796844893.5
3.260.061317123853393.6

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
XDSデータ削減
SHELX位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.91→28.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 10.857 / SU ML: 0.156 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. COENZYME A MODELED BASED ON PROPOSED FUNCTION, DENSITY AND SIMILARITY TO HOMOLOG 1NNG. 4. CA MODELED BASED ON DENSITY AND CRYSTALLIZATION CONDITIONS. 5. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 2395 5.1 %RANDOM
Rwork0.217 ---
obs0.219 47207 98.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.746 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å20 Å2
2--1.03 Å20 Å2
3----1.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→28.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4237 0 193 265 4695
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0224544
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024118
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.572.0096190
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7939607
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5255512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.66224.497189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.52215785
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.061512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2680
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024735
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02867
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.2823
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1770.24137
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1850.22201
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.22662
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1850.2258
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1720.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1450.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2270.2141
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2420.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6631.52704
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1491.51033
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.99924231
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.61332186
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4734.51959
LS精密化 シェル解像度: 1.91→1.96 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.385 191 -
Rwork0.345 3291 -
obs-3482 99.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.89330.295-0.17521.25260.41811.3239-0.00950.00750.0253-0.0152-0.02920.32290.0279-0.37550.0387-0.1373-0.0055-0.0262-0.10340.01-0.0829-13.235220.136838.0207
21.19470.09250.40292.7754-0.28051.3904-0.04550.26440.1802-0.25760.0217-0.2557-0.11180.42930.0238-0.1131-0.05660.0084-0.09680.0225-0.11248.501430.246234.0179
31.10290.41260.44480.83841.08233.32290.1985-0.2003-0.32630.1865-0.0313-0.15990.6330.0596-0.1673-0.0288-0.0193-0.0248-0.0548-0.0093-0.0667-21.4811-8.54987.0265
41.84260.20410.6430.8479-0.23374.1320.18840.029-0.4806-0.0053-0.08630.06160.6203-0.3514-0.1021-0.0529-0.0277-0.0149-0.0154-0.0597-0.0488-46.0647-10.5538-1.5925
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA1 - 1342 - 135
22BB1 - 1342 - 135
33CC6 - 1307 - 131
44DD6 - 1287 - 129

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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