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万見
- PDB-2gem: 2.1A crystal structure of Salmonella tyhpimurium YeaZ, a putative... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gem
タイトル2.1A crystal structure of Salmonella tyhpimurium YeaZ, a putative Gram-negative RPF, form-A
要素Putative Gram negative resuscitation promoting factor
キーワードCHAPERONE / M22 / glycoprotease / yeaZ / actin-like-fold
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / cytosol
類似検索 - 分子機能
tRNA threonylcarbamoyl adenosine modification protein TsaB / Gcp-like domain / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Nichols, C.E. / Stammers, D.K.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2006
タイトル: Structural Characterization of Salmonella typhimurium YeaZ, an M22 O-Sialoglycoprotein Endopeptidase Homolog
著者: Nichols, C.E. / Johnson, C. / Lockyer, M. / Charles, I.G. / Lamb, H.K. / Hawkins, A.R. / Stammers, D.K.
履歴
登録2006年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: reflns / software / Item: _reflns.percent_possible_obs
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative Gram negative resuscitation promoting factor
B: Putative Gram negative resuscitation promoting factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5322
ポリマ－49,5322
非ポリマー00
水7,260403
1
A: Putative Gram negative resuscitation promoting factor

A: Putative Gram negative resuscitation promoting factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5322
ポリマ－49,5322
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+2/31
2
B: Putative Gram negative resuscitation promoting factor

B: Putative Gram negative resuscitation promoting factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5322
ポリマ－49,5322
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)40.700, 40.700, 464.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細Asymetric unit dimer and putative biological dimer are equivalent

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要素

#1: タンパク質 Putative Gram negative resuscitation promoting factor


分子量: 24766.170 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: SL3261 / 遺伝子: yegS,YeaZ / プラスミド: pMUT101 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q7CQE0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 22% PEG3350 + 0.2M Sodium Malonate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K, pH 7.0

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF BM1410.89843, 0.97925
シンクロトロンESRF ID14-120.934
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2004年7月23日mirrors
ADSC QUANTUM 42CCD2004年8月6日Beryllium compound refractive lenses + diamond monochromator
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1MirrorsMADMx-ray1
2DiamondSINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.898431
20.979251
30.9341
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 23568 / Num. obs: 28024 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 29.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 28.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.327 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 1188 / % possible all: 44

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ProDCデータ収集
DENZOデータ削減
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→29.11 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 2526793.24 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: native data was used for refinement and was solved by transferring output model/phases from RESOLVE which were generated from a different almost isomorphous SeMet crystal.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 2323 9.9 %Random
Rwork0.22 ---
all0.247 23568 --
obs0.22 28024 84.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 42.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.3 Å20.37 Å20 Å2
2--2.3 Å20 Å2
3----4.59 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.37 Å0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3224 0 0 403 3627
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.76
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.038 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.41 116 9.8 %
Rwork0.378 1072 -
obs-1188 44.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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