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- PDB-2gej: Crystal Structure of phosphatidylinositol mannosyltransferase (Pi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gej
タイトルCrystal Structure of phosphatidylinositol mannosyltransferase (PimA) from Mycobacterium smegmatis in complex with GDP-Man
要素PHOSPHATIDYLINOSITOL MANNOSYLTRANSFERASE (PimA)
キーワードTRANSFERASE / GT4 GLYCOSYLTRANSFERASE / MANNOSYLTRANSFERASE / ROSSMANN FOLD / BINARY COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


GDP-Man:Man(3)GlcNAc(2)-PP-Dol alpha-1,2-mannosyltransferase activity / phosphatidyl-myo-inositol alpha-mannosyltransferase / phosphatidylinositol alpha-mannosyltransferase activity / glycolipid biosynthetic process / phosphatidylinositol metabolic process / phospholipid biosynthetic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Glycosyltransferase Family 4 / Glycosyltransferase subfamily 4-like, N-terminal domain / Glycosyl transferases group 1 / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE-ALPHA-D-MANNOSE / Phosphatidyl-myo-inositol mannosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Guerin, M.E. / Buschiazzo, A. / Kordulakova, J. / Jackson, M. / Alzari, P.M.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Molecular recognition and interfacial catalysis by the essential phosphatidylinositol mannosyltransferase PimA from mycobacteria.
著者: Guerin, M.E. / Kordulakova, J. / Schaeffer, F. / Svetlikova, Z. / Buschiazzo, A. / Giganti, D. / Gicquel, B. / Mikusova, K. / Jackson, M. / Alzari, P.M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2005
タイトル: Crystallization and preliminary crystallographic analysis of PimA, an essential mannosyltransferase from Mycobacterium smegmatis
著者: Guerin, M.E. / Buschiazzo, A. / Kordulakova, J. / Jackson, M. / Alzari, P.M.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Definition of the first mannosylation step in phosphatidylinositol mannoside synthesis
著者: Kordulakova, J. / Gilleron, M. / Mikusova, K. / Puzo, G. / Brennan, P.J. / Gicquel, B. / Jackson, M.
#3: ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2004
タイトル: Mycbacterial lipoarabinomannan and related lipoglycans: from biogenesis to modulation of the immune response
著者: Briken, V. / Porcelli, S.A. / Besra, G.S. / Kremer, L.
#4: ジャーナル: Biochimie / 年: 2003
タイトル: Lipoarabinomannans: from structure to biosynthesis
著者: Nigou, J. / Gilleron, M. / Puzo, G.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: An evolving hierarchical family classification for glycosyltransferases
著者: Coutinho, P.M. / Deleury, E. / Davies, G.J. / Henrissat, B.
履歴
登録2006年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE NO SUITABLE SEQUENCE DATABASE REFERENCE WAS AVAILABLE AT THE TIME OF PROCESSING THIS ENTRY.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHATIDYLINOSITOL MANNOSYLTRANSFERASE (PimA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0462
ポリマ－43,4401
非ポリマー6051
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.071, 72.747, 137.166
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PHOSPHATIDYLINOSITOL MANNOSYLTRANSFERASE (PimA)


分子量: 43440.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
株: MC2 155 / 遺伝子: PIMA / プラスミド: PET14B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pLysS / 参照: UniProt: A0QWG6
#2: 化合物 ChemComp-GDD / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE-ALPHA-D-MANNOSE


分子量: 605.341 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H25N5O16P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.08 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1 mM GDP, 10-18% PEG 8000, 200 mM CALCIUM ACETATE, 50 mM HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月13日
放射モノクロメーター: DIAMOND (111), GE (220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→49.903 Å / Num. all: 12054 / Num. obs: 12054 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.349 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. measured all: 6110 / Num. unique obs: 1703 / Rsym value: 0.349 / % possible all: 100

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位相決定

Phasing MRRfactor: 0.367 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.72 / Cor.coef. Io to Ic: 0.697
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å15 Å
Translation3 Å15 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→49.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 21.978 / SU ML: 0.242 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 2.151 / ESU R Free: 0.324 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 894 7.4 %RANDOM
Rwork0.192 ---
all0.196 12013 --
obs0.196 12013 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.634 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.4 Å20 Å20 Å2
2---2.56 Å20 Å2
3---0.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→49.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2679 0 39 23 2741
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0222773
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8291.9853780
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8285359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.97722.946112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.9715417
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.0851523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2439
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022098
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2440.21294
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3190.21873
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.2114
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1890.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1150.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7421.51835
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.19222846
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.02531064
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1664.5934
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.373 64 -
Rwork0.291 805 -
obs-869 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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