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万見
- PDB-2gec: Structure of the N-terminal domain of avian infectious bronchitis... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gec
タイトルStructure of the N-terminal domain of avian infectious bronchitis virus nucleocapsid protein (strain Gray) in a novel dimeric arrangement
要素Nucleocapsid protein
キーワードVIRAL PROTEIN / Nucleocapsid protein / N protein / Coronavirus / IBV N protein / VIRAL
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / viral nucleocapsid / host cell Golgi apparatus / ribonucleoprotein complex / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Nucleocapsid protein, gammacoronavirus / Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, C-terminal / Nucleocapsid protein, N-terminal / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Infectious bronchitis virus (伝染性気管支炎ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Jayaram, H. / Fan, H. / Bowman, B.R. / Ooi, A. / Jayaram, J. / Collisson, E.W. / Lescar, J. / Prasad, B.V.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2006
タイトル: X-ray structures of the N- and C-terminal domains of a coronavirus nucleocapsid protein: implications for nucleocapsid formation.
著者: Jayaram, H. / Fan, H. / Bowman, B.R. / Ooi, A. / Jayaram, J. / Collisson, E.W. / Lescar, J. / Prasad, B.V.
履歴
登録2006年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleocapsid protein
B: Nucleocapsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2212
ポリマ－31,2212
非ポリマー00
水3,153175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.055, 46.210, 74.176
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 121.06, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-163-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B
51A
61B
71A
81B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROLYSLYSAA25 - 504 - 29
21PROPROLYSLYSBB25 - 504 - 29
32PHEPHEARGARGAA51 - 7630 - 55
42PHEPHEARGARGBB51 - 7630 - 55
53PHEPHEVALVALAA77 - 8756 - 66
63PHEPHEVALVALBB77 - 8756 - 66
74PROPROASPASPAA88 - 15067 - 129
84PROPROASPASPBB88 - 15067 - 129
詳細N-terminal domain Possibly dimer in solution. Dimer in the assymetric unit

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要素

#1: タンパク質 Nucleocapsid protein / N structural protein / NC


分子量: 15610.264 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Infectious bronchitis virus (伝染性気管支炎ウイルス)
属: Coronavirus / 株: Gray / 遺伝子: N / プラスミド: pET 41 Ek-LIC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: P32923
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.61 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 25 % PEG 4000,100 mM MES Sodium Salt, pH 6.2, 200 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 178 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月19日
詳細: Bent conical Si-mirror (Rh coated) Bent Ge(111) monochromator
放射モノクロメーター: Bent conical Si-mirror (Rh coated) Bent Ge(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 90638 / % possible obs: 87.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 49.3
反射 シェル解像度: 1.3→1.4 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.227 / Mean I/σ(I) obs: 49.3 / Rsym value: 0.227 / % possible all: 99.9

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位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å26.99 Å
Translation2.5 Å26.99 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
ADSCデータ収集
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 2BTL

2btl


解像度: 1.3→25.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 1.91 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24612 3256 5.1 %RANDOM
Rwork0.20534 ---
obs0.20737 60751 89.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.148 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å20 Å2-0.49 Å2
2--0.13 Å20 Å2
3----0.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→25.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2217 0 0 175 2392
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0222181
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.231.9242960
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6515261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.323.393112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.45715318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.0451517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1480.2273
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.021777
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2390.2927
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3220.21477
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.290.2133
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.6890.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.9360.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3581.51343
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.41322108
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.063999
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.6054.5852
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.19632342
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free3.2553465
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.25132118
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 862 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
MEDIUM POSITIONAL1.120.5
MEDIUM THERMAL1.22
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 187 -
Rwork0.281 2856 -
obs--58.09 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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