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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ge7 | ||||||
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タイトル | Structure of the C-terminal dimerization domain of infectious bronchitis virus nucleocapsid protein | ||||||
要素 | Nucleocapsid proteinウイルス | ||||||
キーワード | VIRUS/VIRAL PROTEIN/RNA BINDING PROTEIN / Nucleocapsid protein (ウイルス) / N protein / Coronavirus (オルトコロナウイルス亜科) / IBV N protein / Dimerization domain / VIRUS-VIRAL PROTEIN-RNA BINDING PROTEIN COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / RNA binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Infectious bronchitis virus (伝染性気管支炎ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Jayaram, H. / Fan, H. / Bowman, B.R. / Ooi, A. / Jayaram, J. / Collisson, E.W. / Lescar, J. / Prasad, B.V. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Virol. / 年: 2006 タイトル: X-ray structures of the N- and C-terminal domains of a coronavirus nucleocapsid protein: implications for nucleocapsid formation. 著者: Jayaram, H. / Fan, H. / Bowman, B.R. / Ooi, A. / Jayaram, J. / Collisson, E.W. / Lescar, J. / Prasad, B.V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ge7.cif.gz | 54.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ge7.ent.gz | 40.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ge7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ge/2ge7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ge/2ge7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | Dimer in solution and in the assymetric unit |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12107.784 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Infectious bronchitis virus (伝染性気管支炎ウイルス) 属: Coronavirusオルトコロナウイルス亜科 / 株: Gray / 遺伝子: N / プラスミド: pET 41 Ek-LIC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: P32923 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.61 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: PEG 4000, 28.75% to 29.5 %, pH 4.8 Citrate, 0.1 M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 178 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97937 , 0.9795 | |||||||||
検出器 | タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月24日 詳細: Rosenbaum-Rock monochromator #1 high-resolution double-crystal sagittal focusing, Rosenbaum-Rock monochromator #2 double crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror | |||||||||
放射 | モノクロメーター: Rosenbaum-Rock monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.984→53.452 Å / Num. obs: 15780 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.4 % / Limit h max: 18 / Limit h min: 0 / Limit k max: 33 / Limit k min: 0 / Limit l max: 45 / Limit l min: 0 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 28.8 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.282 / Mean I/σ(I) obs: 0.73 / Rsym value: 0.282 / % possible all: 95 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→53.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 3.922 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.492 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→53.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.005→2.057 Å / Total num. of bins used: 20
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