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- PDB-2gco: Crystal structure of the human RhoC-GppNHp complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gco
タイトルCrystal structure of the human RhoC-GppNHp complex
要素(Rho-related GTP-binding protein RhoC) x 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / GTP-binding protein / GTPase
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of lipase activity / skeletal muscle satellite cell migration / RHO GTPases Activate Rhotekin and Rhophilins / apical junction assembly / stereocilium / RHO GTPases Activate ROCKs / RHO GTPases activate CIT / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / wound healing, spreading of cells / small GTPase-mediated signal transduction ...positive regulation of lipase activity / skeletal muscle satellite cell migration / RHO GTPases Activate Rhotekin and Rhophilins / apical junction assembly / stereocilium / RHO GTPases Activate ROCKs / RHO GTPases activate CIT / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / wound healing, spreading of cells / small GTPase-mediated signal transduction / RHOC GTPase cycle / cleavage furrow / mitotic cytokinesis / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of stress fiber assembly / actin filament organization / regulation of actin cytoskeleton organization / positive regulation of protein-containing complex assembly / RHO GTPases Activate Formins / cell migration / G alpha (12/13) signalling events / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of cell migration / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / GTP binding / signal transduction / extracellular exosome / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Small GTPase Rho / Small GTPase Rho domain profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold ...Small GTPase Rho / Small GTPase Rho domain profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Rho-related GTP-binding protein RhoC
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Dias, S.M.G. / Cerione, R.A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: X-ray Crystal Structures Reveal Two Activated States for RhoC.
著者: Dias, S.M.G. / Cerione, R.A.
履歴
登録2006年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rho-related GTP-binding protein RhoC
B: Rho-related GTP-binding protein RhoC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5596
ポリマ－45,4662
非ポリマー1,0934
水9,044502
1
A: Rho-related GTP-binding protein RhoC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2873
ポリマ－22,7411
非ポリマー5472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Rho-related GTP-binding protein RhoC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2713
ポリマ－22,7251
非ポリマー5472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.092, 75.645, 82.903
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1068-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Rho-related GTP-binding protein RhoC / H9


分子量: 22740.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residue 107 in this chain is modified to S-OXY CYSTEINE
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RHOC, ARH9, ARHC / プラスミド: pet28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 (DE3) RP / 参照: UniProt: P08134
#2: タンパク質 Rho-related GTP-binding protein RhoC / H9


分子量: 22724.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RHOC, ARH9, ARHC / プラスミド: pet28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 (DE3) RP / 参照: UniProt: P08134
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 502 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.32 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 30% PEG 8000, 0.2M Sodium Acetate,1.2% Inositol, 0.1M Sodium Cacodylate, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.918
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→82.903 Å / Num. all: 77234 / Num. obs: 75377 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 4.3
反射 シェル解像度: 1.4→1.48 Å / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.508 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. measured all: 52822 / Num. unique obs: 11027 / Rsym value: 0.508 / % possible all: 95

-
位相決定

Phasing MRRfactor: 0.521 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.552
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å30.32 Å
Translation3 Å30.32 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Z2C

1z2c


解像度: 1.4→8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 1.871 / SU ML: 0.04 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 3768 5 %RANDOM
Rwork0.197 ---
all0.198 ---
obs0.19804 75014 94.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.087 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20 Å20 Å2
2--0.26 Å20 Å2
3----0.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2935 0 66 502 3503
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0223144
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3624283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1285392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.99623.973146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.7215563
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3181526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2472
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022358
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.21640
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3150.22138
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1170.2469
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.040.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1760.264
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1720.248
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6951.51937
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.10123078
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.62631360
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4114.51191
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.435 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 276 -
Rwork0.27 5139 -
obs-5415 95.47 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5196-0.1407-0.01560.44310.08241.48330.0072-0.0242-0.0491-0.00170.02620.00150.0508-0.068-0.0335-0.0398-0.00660.0032-0.01370.0108-0.023215.827-6.37230.946
20.50990.0430.28460.42180.0051.41020.0102-0.01170.03430.02890.0206-0.0018-0.0443-0.0696-0.0309-0.03910.0048-0.0012-0.0160.0061-0.018815.82221.96510.274
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA2 - 18022 - 200
21AA-12 - -48 - 16
32BB4 - 18024 - 200
42BB-11 - -49 - 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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