PDB-2gcl: Structure of the Pob3 Middle domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gcl

タイトル

Structure of the Pob3 Middle domain

要素

Hypothetical 63.0 kDa protein in DAK1-ORC1 intergenic region

キーワード

REPLICATION / chromaint / double PH domain / yFACT / DNA replication / RPA

機能・相同性

機能・相同性情報

Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / FACT complex / regulation of chromatin organization / nucleosome organization / replication fork protection complex / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / DNA-templated DNA replication / chromatin organization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.21 Å

データ登録者

VanDemark, A.P.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2006
タイトル: The Structure of the yFACT Pob3-M Domain, Its Interaction with the DNA Replication Factor RPA, and a Potential Role in Nucleosome Deposition.
著者: VanDemark, A.P. / Blanksma, M. / Ferris, E. / Heroux, A. / Hill, C.P. / Formosa, T.

履歴

登録	2006年3月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年5月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gcl.cif.gz	209.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gcl.ent.gz	169.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gcl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/2gcl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/2gcl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2gcjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2gcj-2 2gcj-1 5cem-d 2gcj-3 2qms-4 3vkx-d 5yd8-3 1rxm-d 3rig-1 4utz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#40 - 2003年4月 RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase) 類似性 (2) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (2) #67 - 2005年7月 TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Hypothetical 63.0 kDa protein in DAK1-ORC1 intergenic region

B: Hypothetical 63.0 kDa protein in DAK1-ORC1 intergenic region

ヘテロ分子

61.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hypothetical 63.0 kDa protein in DAK1-ORC1 intergenic region

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Hypothetical 63.0 kDa protein in DAK1-ORC1 intergenic region

登録者が定義した集合体
30.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.110, 57.770, 156.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

Biological unit is the monomer

#1: タンパク質	Hypothetical 63.0 kDa protein in DAK1-ORC1 intergenic region 分子量: 30628.822 Da / 分子数: 2 / 断片: Middle domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Codon+ / 参照: UniProt: Q04636
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.64 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 21% PEG 3350, 20% glycerol, 200mM NaCl, 50mM Ammonium sulphate, 100mM Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月24日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.21→50 Å / Num. all: 26598 / Num. obs: 26598 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 2.21→2.29 Å / % possible all: 96.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
ADSC		データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.21→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU B: 13.392 / SU ML: 0.179 / Isotropic thermal model: Isotropic with TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.318 / ESU R Free: 0.24
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2641	1337	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20715	-	-	-
obs	0.20999	25015	98.76 %	-
all	-	25015	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.494 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.5 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.85 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.21→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3803	0	4	243	4050

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	3877
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.439	1.964	5228
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.16	5	457
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.63	24.2	200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.938	15	718
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.749	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	574
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2929
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	1533
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	2597
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	241
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.201	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.179	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.608	1.5	2374
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.946	2	3747
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.598	3	1682
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.487	4.5	1481
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.211→2.268 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.338	116	-
R_work	0.223	1683	-
obs	-	-	94.09 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8128	-0.1055	2.2509	4.6215	-1.1129	1.8115	-0.1272	0.038	-0.1584	-0.2096	0.1098	0.182	0.1412	0.0713	0.0174	-0.2009	0.0221	0.0491	-0.2474	0.0118	-0.1518	14.4499	-17.6002	-1.3269
2	10.3707	3.8396	-5.0164	6.137	-5.5895	6.5924	-0.5137	-0.2747	-0.324	0.3521	0.1399	-0.2562	0.0771	-0.1074	0.3738	-0.0466	0.1003	0.0158	-0.1452	0	-0.1662	17.3881	-12.731	8.4357
3	5.8891	1.8626	0.9949	5.5841	-1.0856	4.5769	-0.1345	0.1558	0.1989	-0.1131	0.2172	0.2428	-0.1868	-0.3988	-0.0828	-0.1371	0.0124	-0.0166	-0.2538	0.0649	-0.1502	9.395	-4.5806	-8.2502
4	4.6989	0.3788	7.3349	1.8967	6.1546	28.0347	-0.657	0.0238	0.8225	-0.6473	0.1686	-1.1893	-2.8843	1.6472	0.4885	0.4043	-0.1254	-0.0686	0.0251	0.0175	0.28	15.8999	4.8164	17.1556
5	11.4938	-2.8743	2.9295	6.4479	-0.7115	7.3487	-0.09	-0.569	-0.4062	-0.0311	0.1218	-0.5539	-0.1925	0.1395	-0.0318	-0.0413	0.0585	0.0034	-0.0242	0.0177	-0.1909	13.6354	-7.4537	20.8361
6	12.9909	0.6529	-3.3383	7.605	-2.8647	5.034	-0.1903	-1.2209	0.1461	0.9479	0.3852	-0.1811	0.1038	0.0453	-0.1949	0.1255	0.1292	-0.0364	0.1313	0.0171	-0.1692	11.1193	-7.0489	30.9392
7	7.7	1.0582	-0.1204	7.5187	-1.0757	5.4182	-0.2674	-0.9815	0.7276	1.4457	0.3857	-0.5405	-1.4085	0.1398	-0.1183	0.3977	0.1167	-0.1232	0.1426	-0.2135	-0.01	9.7136	4.0516	29.2368
8	3.7824	-1.5872	-2.0278	9.0394	1.4379	3.9319	0.1412	0.0172	0.1271	-0.1348	-0.0064	-0.16	-0.2289	-0.2754	-0.1348	-0.0346	0.0137	-0.0612	-0.2277	0.0247	-0.1244	-13.4478	18.1108	11.8325
9	2.6887	0.8273	0.7275	6.0636	2.9862	6.2029	0.1884	-0.2481	0.1412	0.6766	-0.1769	-0.0978	-0.1941	0.1138	-0.0116	0.0517	-0.0208	-0.0589	-0.1546	0.0056	-0.0789	-11.9628	10.2542	14.9642
10	4.6749	2.8168	1.1957	7.6708	0.4627	5.5412	0.1065	-0.0835	-0.5159	0.4771	0.1385	-0.8885	-0.0188	0.6121	-0.2451	-0.0932	0.0154	-0.0861	-0.2099	-0.037	-0.0443	-7.4979	3.7891	8.5606
11	4.6453	-0.3171	-0.6633	5.0074	2.8133	7.4389	0.0661	-0.614	-0.1913	0.4101	0.0316	0.2193	0.5904	0.1426	-0.0977	0.2469	-0.0026	0.0434	0.0527	0.0433	-0.128	-11.192	2.8508	38.7841

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	237 - 285	20 - 68
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	286 - 321	69 - 104
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	322 - 368	105 - 151
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	369 - 383	152 - 166
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	384 - 418	167 - 201
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	419 - 454	202 - 237
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	455 - 474	238 - 257
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	238 - 281	21 - 64
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	282 - 341	65 - 124
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	342 - 367	125 - 150
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	B	368 - 475	151 - 258

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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