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万見
- PDB-2gcd: TAO2 kinase domain-staurosporine structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gcd
タイトルTAO2 kinase domain-staurosporine structure
要素Serine/threonine-protein kinase TAO2
キーワードTRANSFERASE / TAO2 / MAP3K / inhibitor / staurosporine
機能・相同性
機能・相同性情報


basal dendrite morphogenesis / basal dendrite arborization / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / neuropilin binding / focal adhesion assembly / regulation of postsynapse organization / regulation of synaptic membrane adhesion / mitogen-activated protein kinase kinase binding / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / dendritic growth cone ...basal dendrite morphogenesis / basal dendrite arborization / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / neuropilin binding / focal adhesion assembly / regulation of postsynapse organization / regulation of synaptic membrane adhesion / mitogen-activated protein kinase kinase binding / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / dendritic growth cone / regulation of MAPK cascade / MAP kinase kinase kinase activity / axonal growth cone / stress-activated MAPK cascade / neuron projection morphogenesis / axonogenesis / cytoplasmic vesicle membrane / regulation of actin cytoskeleton organization / positive regulation of JNK cascade / MAPK cascade / actin cytoskeleton / regulation of cell shape / actin cytoskeleton organization / cytoplasmic vesicle / neuron projection / receptor complex / non-specific serine/threonine protein kinase / postsynapse / positive regulation of MAPK cascade / axon / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / glutamatergic synapse / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...: / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
STAUROSPORINE / Serine/threonine-protein kinase TAO2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Zhou, T. / Sun, L. / Gao, Y. / Earnest, S. / Cobb, M.H. / Goldsmith, E.J.
引用ジャーナル: Acta Biochim.Biophys.Sinica / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of the MAP3K TAO2 kinase domain bound by an inhibitor staurosporine.
著者: Zhou, T.J. / Sun, L.G. / Gao, Y. / Goldsmith, E.J.
履歴
登録2006年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase TAO2
B: Serine/threonine-protein kinase TAO2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,8064
ポリマ－70,8732
非ポリマー9332
水4,990277
1
A: Serine/threonine-protein kinase TAO2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9032
ポリマ－35,4371
非ポリマー4671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Serine/threonine-protein kinase TAO2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9032
ポリマ－35,4371
非ポリマー4671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
A: Serine/threonine-protein kinase TAO2
ヘテロ分子

A: Serine/threonine-protein kinase TAO2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,8064
ポリマ－70,8732
非ポリマー9332
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area3490 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area27650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)186.019, 186.019, 94.641
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

-
要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase TAO2 / Thousand and one amino acid protein 2


分子量: 35436.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: tao2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9JLS3, EC: 2.7.1.37
#2: 化合物 ChemComp-STU / STAUROSPORINE / スタウロスポリン


分子量: 466.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H26N4O3
コメント: 抗がん剤, 抗真菌剤, 抗生剤, alkaloid*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.1 %

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→25 Å / Num. obs: 31295 / % possible obs: 97.7 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Χ2: 1.022 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル
解像度 (Å)% possible obs (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2
2.55-2.5987.40.5813540.714
2.59-2.6493.60.57614820.738
2.64-2.6994.30.47814870.784
2.69-2.7595.70.39714880.715
2.75-2.8195.80.38715100.813
2.81-2.8797.50.31615490.802
2.87-2.9498.20.26715360.829
2.94-3.0298.30.22415510.871
3.02-3.1198.50.21115620.843
3.11-3.2199.50.18515731.006
3.21-3.3399.80.14515961.183
3.33-3.461000.1115751.082
3.46-3.621000.08616011.157
3.62-3.8199.80.07715991.335
3.81-4.041000.06115971.13
4.04-4.351000.04716141.092
4.35-4.7999.90.0416211.094
4.79-5.4899.60.04316281.075
5.48-6.8899.30.04416521.102
6.88-2597.10.02817201.249

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.55→160.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 9.572 / SU ML: 0.203 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.416 / ESU R Free: 0.289 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 1585 5.1 %RANDOM
Rwork0.199 ---
all0.203 ---
obs0.203 31259 97.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.13 Å20.56 Å20 Å2
2--1.13 Å20 Å2
3----1.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→160.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4980 0 70 277 5327
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0330.0225182
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.8581.987032
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.355616
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.47823.984246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.04915.033908
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.7561534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.180.2748
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.023924
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2820.22769
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3440.23535
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1860.2331
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2620.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1650.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8091.53210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.96724976
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.51532663
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.4794.52056
LS精密化 シェル解像度: 2.548→2.615 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.419 117 -
Rwork0.342 2008 -
obs-2125 92.47 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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