ソフトウェア 名称 バージョン 分類 NB REFMAC5.2.0005精密化 Show SCALAデータスケーリング Show PDB_EXTRACT1.701 データ抽出 Show MOSFLMデータ削減 CCP4(SCALA)データスケーリング SOLVE位相決定
精密化 構造決定の手法 : 多波長異常分散 / 解像度 : 2.3→49.61 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.948 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.917 / SU B : 15.341 / SU ML : 0.201 / TLS residual ADP flag : LIKELY RESIDUAL / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.358 / ESU R Free : 0.248 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONSRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.252 1345 5 % RANDOM Rwork 0.198 - - - all 0.201 - - - obs - 26666 98.98 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso mean : 37.389 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -3.03 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - 2.14 Å2 0 Å2 3- - - 0.89 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2.3→49.61 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 4171 0 2 240 4413
拘束条件 大きな表を表示 (5 x 24) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.012 0.021 4338 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0.001 0.02 3845 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.225 1.935 5911 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg0.768 3 8896 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg6.225 5 534 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg31.11 23.524 210 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg14.455 15 689 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg17.118 15 31 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.069 0.2 625 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.004 0.02 4899 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.001 0.02 907 X-RAY DIFFRACTION r_nbd_refined0.17 0.2 804 X-RAY DIFFRACTION r_nbd_other0.175 0.2 3957 X-RAY DIFFRACTION r_nbtor_refined0.171 0.2 2065 X-RAY DIFFRACTION r_nbtor_other0.082 0.2 2555 X-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_refined0.165 0.2 215 X-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_refined0.111 0.2 14 X-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_other0.154 0.2 41 X-RAY DIFFRACTION r_symmetry_hbond_refined0.152 0.2 5 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_it1.599 3 2712 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_other0.377 3 1073 X-RAY DIFFRACTION r_mcangle_it2.081 5 4254 X-RAY DIFFRACTION r_scbond_it3.819 8 1894 X-RAY DIFFRACTION r_scangle_it5.296 11 1656
Refine LS restraints NCS Dom-ID : 1 / Auth asym-ID : A / Ens-ID : 1 / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
数 タイプ Rms dev position (Å)Weight position 3643 MEDIUM POSITIONAL0.4 0.5 123 LOOSE POSITIONAL0.87 5 3643 MEDIUM THERMAL0.65 2 123 LOOSE THERMAL3.3 10
LS精密化 シェル 解像度 : 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.36 87 - Rwork 0.24 1683 - obs - 1770 91.14 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 4) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 2.9184 -0.9115 -0.5042 1.6083 0.1519 3.6062 0.0334 0.1292 0.5661 0.023 0.0229 0.0401 -0.3334 -0.1526 -0.0563 -0.1465 -0.0214 0.018 -0.1705 0.0098 0.049 -29.8061 2.798 8.2976 2 0.1811 -0.259 -0.7291 0.7275 0.8287 3.0646 0.0197 0.1098 -0.0037 0.078 -0.0154 -0.0395 0.0307 -0.0113 -0.0043 -0.0421 -0.0352 -0.0145 0.0615 0.0105 -0.037 -27.1858 -10.5551 37.5332 3 2.8052 -0.2422 0.0669 5.511 -0.9798 1.7211 0.1133 -0.1727 -0.2289 0.2116 -0.2103 -0.2855 0.2123 0.4311 0.097 -0.1167 0.0283 -0.0344 0.1039 0.031 -0.1023 -4.4779 -18.5194 17.0769 4 3.3057 1.1953 -0.0344 1.1176 0.47 3.175 -0.0966 -0.1248 -0.576 0.0258 0.0597 0.0428 0.7194 -0.4041 0.0368 0.0877 -0.1045 0.0071 0.0222 0.0032 0.088 -35.2552 -26.8324 13.7802
精密化 TLSグループ Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION / Selection : ALL
ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Label asym-ID Auth seq-ID Label seq-ID 1 1 AA-7 - 127 5 - 139 2 2 AA128 - 257 140 - 269 3 3 BB-4 - 127 8 - 139 4 4 BB128 - 256 140 - 268